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Die AlphaFold-Proteinstrukturdatenbank als API, bereitgestellt von EMBL-EBI und Google DeepMind. AlphaFold sagt die dreidimensionale Struktur eines Proteins aus seiner Aminosäuresequenz mit experimenteller Genauigkeit voraus, und die Datenbank umfasst jetzt über 200 Millionen Proteine – nahezu jede Sequenz in UniProt. Rufen Sie das AlphaFold-Modell für jedes Protein anhand seiner UniProt-Zugangsnummer ab und erhalten Sie dessen Gen- und Proteinbeschreibung, Organismus und Sequenzlänge, Modellversion und Erstellungsdatum, den globalen Konfidenzwert, die vollständige Aminosäuresequenz sowie direkte Download-Links zur vorhergesagten Struktur als mmCIF, PDB und BinaryCIF zusammen mit dem Bild und den Daten des vorhergesagten Ausrichtungsfehlers (PAE); und lesen Sie die strukturelle Abdeckung eines Proteins – die vorhergesagten AlphaFold-Modelle und alle verknüpften Strukturen mit ihrem Anbieter, ihrer Modellkategorie, ihrer Methode und dem abgedeckten UniProt-Restbereich. Ideal für Strukturbiologie, Wirkstoffforschung und Zielbewertung, Protein-Engineering, molekulare Visualisierung und Lehre. Proteine werden durch UniProt-Zugangsnummern identifiziert (z. B. P00520 oder P38398). Daten aus der AlphaFold DB (CC-BY 4.0). Für experimentell bestimmte 3D-Strukturen siehe die PDB API, für Proteinsequenzen und funktionale Annotation die UniProt API und für Familien & Domänen InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

Das Complex Portal als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – eine manuell kuratierte, enzyklopädische Datenbank stabiler makromolekularer Komplexe: Ansammlungen von zwei oder mehr Proteinen (und manchmal Nukleinsäuren, Liganden oder kleinen Molekülen), die als eine einzige funktionelle Einheit zusammenarbeiten, wie Ribosomen, Proteasomen, RNA- und DNA-Polymerasen, das Spleißosom, Atmungskettenkomplexe und Tausende weitere in vielen Spezies. Durchsuchen Sie die Komplexe nach Stichwort und optional nach Organismus, und erhalten Sie für jeden Komplex die Complex Portal-Zugangsnummer (CPX-…), den Namen, den Organismus, die Beschreibung und ob er rechnerisch vorhergesagt ist; lesen Sie den vollständigen kuratierten Datensatz eines Komplexes, einschließlich seiner empfohlenen und systematischen Namen, Synonyme, Spezies, biologischen Funktion, der beteiligten Untereinheiten jeweils mit ihrer Molekülkennung (z. B. einer UniProt-Zugangsnummer) und Stöchiometrie, aller zugehörigen Liganden und Krankheiten, des Evidenztyps und Querverweisen zu UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata und mehr; und rufen Sie nur die Untereinheitenzusammensetzung eines Komplexes ab. Ideal für Struktur- und Systembiologie, Signalweg- und Netzwerkanalyse, Proteinfunktionsforschung und Bioinformatik-Pipelines. Komplexzugänge sehen aus wie CPX-6036. Daten vom EMBL-EBI Complex Portal (IMEx-Konsortium, CC-BY). Für Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke siehe die STRING API, für Proteinsequenzen UniProt, für biologische Signalwege Reactome und für Familien & Domänen InterPro.

api.oanor.com/complexes-api