MGnify API
MGnify als API, betrieben von EMBL-EBI – der weltweit größten kostenlosen Ressource für die Analyse und Archivierung von Mikrobiom-Sequenzierungsdaten und der metagenomischen Schwester von PRIDE (Proteomik) und MetaboLights (Metabolomik). MGnify enthält Zehntausende öffentlicher Metagenomik- und Metabarcoding-Studien, die das menschliche Darmmikrobiom, Meeres- und Süßwasserumgebungen, Böden, Abwasser, die gebaute Umwelt und wirtsassoziierte Gemeinschaften abdecken. Durchsuchen Sie die Studien nach Stichworten und erhalten Sie die MGnify-Zugangsnummer (MGYS...), den Namen, die Zusammenfassung, das Biom, die Probenanzahl und das zugrunde liegende Sequenzierungs-BioProject jeder Studie; lesen Sie die vollständigen Metadaten einer Studie, einschließlich Name und Zusammenfassung, Biom-Klassifizierung, Anzahl der Proben, einreichendes Zentrum, öffentlicher Status, Datenherkunft und Datum der letzten Aktualisierung; und durchsuchen Sie den GOLD-ähnlichen Biom-Klassifizierungsbaum – von root:Host-associated:Human:Digestive system bis root:Environmental:Aquatic:Marine – mit Proben- und Studienanzahlen pro Biom, zur Entdeckung nach Umgebung. Ideal für Mikrobiom- und Umweltgenomik-Forschung, Datennutzung und Metaanalyse, Bioinformatik-Pipelines und Lehre. Studienzugänge sehen aus wie MGYS00006862. Daten von EMBL-EBI MGnify.
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