#protein-interactions

Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke als API — betrieben von STRING, der Datenbank bekannter und vorhergesagter Proteinassoziationen, die Evidenz aus Laborexperimenten, kuratierten Pathway-Datenbanken, Gen-Coexpression, genomischem Kontext und automatisiertem Text-Mining zu einem einzigen Konfidenzwert kombiniert, über Tausende von Organismen hinweg. Erhalten Sie die wichtigsten Interaktionspartner eines Proteins (jeweils mit dem kombinierten Konfidenzwert und den sieben Evidenzkanal-Unterwerten), das Interaktionsnetzwerk zwischen beliebigen Proteinsätzen als bewertete Kanten und funktionale Anreicherung für einen Gensatz — die überrepräsentierten GO-Terme, KEGG-Pathways, Pfam-Domänen und mehr, jeweils mit p-Wert, FDR und Mitgliedsgenen. Übergeben Sie Gensymbole (TP53) oder STRING/Ensembl-IDs, für menschlich (Standard) oder jede Spezies nach NCBI-Taxon-ID. Es ist ein Eckpfeiler der Systembiologie — ideal für Netzwerkanalyse, funktionale Genomik, Pathway- und Bioinformatik-Tools. Eine Protein-Interaktionsnetzwerk-Ressource — unterschieden von biologischen Pathways (Reactome), kuratierten Proteinkomplexen (Complex Portal) und Gene-Ontology-Annotationen (QuickGO). Offene Daten von STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

Die STRING-Protein-Protein-Interaktionsdatenbank als API – das kuratierte und vorhergesagte Netzwerk funktionaler Assoziationen zwischen Proteinen, unterstützt durch die offizielle STRING API. Lösen Sie Gen- oder Proteinnamen in STRING-Identifikatoren mit Annotationen auf; erhalten Sie die wichtigsten Interaktionspartner eines Proteins mit einem kombinierten Konfidenzwert und kanalspezifischen Evidenzen (experimentell, kuratierte Datenbanken, Co-Expression, Text-Mining, Genfusion, Nachbarschaft und Co-Occurrence); erstellen Sie das Interaktionsnetzwerk zwischen einer Gruppe von Proteinen als bewertete Kanten; führen Sie eine funktionale Anreicherung eines Gensets über Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro und mehr mit p-Werten und False-Discovery-Raten durch; und bewerten Sie die Homologie zwischen Proteinen. Deckt über 12.000 Organismen ab (Standard Mensch, NCBI-Taxon 9606). Ideal für Systembiologie- und Netzwerkbiologie-Pipelines, Gen-Set- und Pathway-Analysen, Drug-Target- und Krankheitsgen-Forschung sowie Bioinformatik-Dashboards.

api.oanor.com/string-api