#cryo-em

El Banco de Datos de Microscopía Electrónica (EMDB) como API, impulsado por EMBL-EBI — el archivo público de mapas de densidad tridimensionales de microscopía electrónica de proteínas, ácidos nucleicos y grandes complejos macromoleculares. EMDB es la contraparte de microscopía electrónica del Protein Data Bank, que alberga mapas resueltos mediante criomicroscopía electrónica de partícula única, tomografía electrónica y cristalografía electrónica, la técnica detrás de la reciente "revolución de la resolución" en biología estructural. /v1/search?q=ribosoma busca en el archivo y devuelve el ID de EMDB de cada entrada coincidente (p. ej., EMD-1010), título, método de microscopía electrónica y resolución en ångström. /v1/entry?id=EMD-1010 devuelve los metadatos de una entrada: su título, el método de EM (partícula única, tomografía, …), el estado de agregación, la resolución, la muestra biológica estudiada, palabras clave de clasificación, las fechas de depósito, publicación del mapa y última actualización, y los autores depositantes. Los IDs de EMDB tienen el formato EMD-1010, y puede pasar solo el número. Ideal para herramientas de biología estructural y criomicroscopía electrónica, aplicaciones de comparación y visualización de estructuras, y educación. Datos de EMBL-EBI EMDB (dominio público). Este es el archivo de MAPAS experimentales de microscopía electrónica — distinto de las estructuras de coordenadas atómicas (PDB), estructuras predichas (AlphaFold) y bases de datos de secuencias de proteínas (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

El Banco de Datos de Proteínas RCSB como una API — estructuras macromoleculares 3D de proteínas, ácidos nucleicos y complejos, impulsado por los datos y servicios de búsqueda oficiales de RCSB PDB. Obtén una entrada de estructura por su ID de PDB de 4 caracteres para su título, método experimental (rayos X, crio-EM, RMN), resolución, palabras clave, fechas de depósito y publicación, autores, cita principal y recuentos de entidades y ensamblajes; realiza búsquedas de texto completo en todo el archivo devolviendo IDs de PDB coincidentes y el recuento total de resultados; lee una entidad polimérica para su nombre de proteína o ácido nucleico, secuencia de una letra, longitud, organismo fuente, cadenas e IDs de UniProt vinculados; lee un ensamblaje biológico para su estado oligomérico, simetría y recuentos de cadenas y átomos; lista los ligandos unidos en una estructura con sus IDs de componente y nombres; y busca cualquier componente químico (ligando) por código para su fórmula, peso, SMILES e InChIKey. Ideal para herramientas de biología estructural y descubrimiento de fármacos, visores moleculares, tuberías de bioinformática, aplicaciones educativas y paneles de investigación.

api.oanor.com/pdb-api