Sequence analysis
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API de Sequência de DNA
Matemática de análise de sequências de DNA/RNA como uma API, computada local e deterministicamente. O endpoint analyze relata o comprimento e a composição de bases de uma sequência, o conteúdo GC e AT, o complemento, o reverso e o complemento reverso (a fita oposta lida 5'→3'), e o peso molecular aproximado de fita simples. O endpoint translate transcreve DNA para mRNA (T→U) e o traduz para proteína com o código genético padrão no quadro de leitura 1, 2 ou 3, fornecendo a sequência de aminoácidos em código de uma letra, o comprimento da proteína e o número de códons de parada. O endpoint melting estima a temperatura de melting de um primer com a regra de Wallace, 4·(G+C) + 2·(A+T), para oligonucleotídeos curtos e uma fórmula básica ajustada por sal para os mais longos. As sequências são insensíveis a maiúsculas/minúsculas e espaços em branco e aceitam A, C, G, T para DNA ou U para RNA. Tudo é computado local e deterministicamente, portanto é instantâneo e privado. Ideal para bioinformática, biologia molecular, genômica e desenvolvedores de aplicativos de laboratório, ferramentas de design de primers e inspeção de sequências, e educação em biologia. Computação puramente local — sem chave, sem serviço de terceiros, instantâneo. Ao vivo, nada armazenado. 3 endpoints. Esta é análise de sequência; para dados de montagem de genoma, use uma API de genomas.
API salute
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Altro APIs con tag sovrapposti.
API de Temperatura de Fusão do DNA
Matemática de DNA-oligo e PCR-primer como uma API, computada local e deterministicamente. O endpoint tm calcula a temperatura de fusão de uma sequência de primer de três maneiras: a regra de Wallace 2·(A+T) + 4·(G+C) para oligos curtos de até 13 nt, a fórmula GC de Marmur–Wallace 64.9 + 41·(nGC − 16.4)/N para sequências mais longas, e a ajustada por sal 81.5 + 0.41·%GC − 675/N + 16.6·log10[Na+] para uma dada concentração de sódio, e recomenda o método correto para o comprimento — um ATGCATGC de oito bases derrete a 24 °C por Wallace, um primer de 20 bases com 50% GC a cerca de 51.8 °C por Marmur. O endpoint gc-content relata as porcentagens de GC e AT, as contagens por base e o peso molecular de fita simples. O endpoint reverse-complement retorna o complemento, o reverso e o complemento reverso de uma fita. As sequências usam A/C/G/T (insensível a maiúsculas/minúsculas, espaços em branco ignorados) e [Na+] está em mol/L. Tudo é computado local e deterministicamente, então é instantâneo e privado. Ideal para desenvolvedores de aplicativos de biologia molecular, biotecnologia, PCR, design de primers, bioinformática e automação de laboratório, calculadoras de oligo e primer, e software LIMS. Fórmulas de estimativa para design de primers, não um substituto para a termodinâmica de vizinhos mais próximos. Computação puramente local — sem chave, sem serviço de terceiros, instantâneo. Ao vivo, nada armazenado. 3 endpoints. Esta é a temperatura de fusão de oligo; para frequências alélicas de genética populacional, use uma API de genética.
api.oanor.com/dnamelt-api
Ensembl API
The Ensembl genome database as an API, powered by the official Ensembl REST service from EMBL-EBI. Look up any gene by symbol or Ensembl stable id for its biotype, genomic location, strand, description and transcripts; resolve any feature (gene, transcript, exon) by stable id; pull external database cross-references; fetch sequence variants by rsID with their alleles, most-severe consequence, minor-allele frequency, clinical significance and genomic mappings; list the genes, transcripts, exons, variations or repeats overlapping any genomic region; retrieve genomic, cDNA, CDS or protein sequences by id; and read genome-assembly metadata including the karyotype and chromosome lengths. Across human, mouse and 300+ vertebrate species. Ideal for bioinformatics pipelines, genome browsers and variant-annotation tools, genetics research apps, clinical-genomics dashboards and life-science chatbots.
api.oanor.com/ensembl-api
Genome Assemblies API
Reference genome assemblies as an API — powered by NCBI Assembly, the registry of genome builds for organisms across the tree of life. Search assemblies by organism (or free text) and look up any assembly's metadata: its accession (GCF_… RefSeq or GCA_… GenBank), name (e.g. GRCh38.p14), organism and taxon id, assembly level (complete genome, chromosome, scaffold or contig), contiguity statistics (contig and scaffold N50), sequencing coverage, RefSeq category, UCSC and Ensembl names, the submitting organization, release date and FTP download paths. From the human reference genome to any sequenced microbe, plant or animal, it turns the genome-assembly registry into a clean search-and-fetch API. A genome-assembly registry — distinct from sequence (ENA), genome annotation (Ensembl), variant (ClinVar, dbVar) and gene-expression (GEO) databases. Open data from NCBI Assembly (public domain).
api.oanor.com/genomes-api
Gene Expression API
Functional-genomics experiments as an API — powered by NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), the largest public repository of gene-expression data. GEO archives expression series and curated datasets from microarray and high-throughput-sequencing experiments across every organism. Search experiments by keyword and optionally by organism, and look up any series or dataset to get its metadata: title, summary, assay type (expression profiling by array or by sequencing), organism, number of samples, platform and the publication behind it. From β-cell stress studies to cancer transcriptomics across human and mouse, it turns the GEO archive into a simple search-and-fetch API for transcriptomics, bioinformatics and research-data discovery. A gene-expression / functional-genomics dataset repository — distinct from sequence (ENA), variant (ClinVar, dbVar), structure (PDB) and ontology databases. Open data from NCBI GEO (public domain).
api.oanor.com/geodatasets-api
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Come ottengo una chiave API per API de Sequência de DNA?
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curl https://api.oanor.com/dna-api/SOME_PATH \
-H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/dna-api/SOME_PATH", {
headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/dna-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
"https://api.oanor.com/dna-api/SOME_PATH",
headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())
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