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PDB API

gesund 4,496 Subscribers

Die RCSB Protein Data Bank als API — 3D-makromolekulare Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und Komplexen, unterstützt durch die offiziellen RCSB PDB-Daten und Suchdienste. Rufen Sie einen Struktureintrag anhand seiner 4-stelligen PDB-ID ab für Titel, experimentelle Methode (Röntgen, Kryo-EM, NMR), Auflösung, Schlüsselwörter, Hinterlegungs- und Veröffentlichungsdaten, Autoren, Primärzitat sowie Anzahl der Entitäten und Assemblies; führen Sie eine Volltextsuche über das gesamte Archiv durch, die übereinstimmende PDB-IDs und die Gesamtzahl der Treffer zurückgibt; lesen Sie eine Polymer-Entität für ihren Protein- oder Nukleinsäurenamen, die Einbuchstabensequenz, Länge, Quellorganismus, Ketten und verknüpfte UniProt-IDs aus; lesen Sie eine biologische Assembly für ihren oligomeren Zustand, Symmetrie sowie Ketten- und Atomanzahl; listen Sie die in einer Struktur gebundenen Liganden mit ihren Komponenten-IDs und Namen auf; und schlagen Sie jede chemische Komponente (Ligand) anhand des Codes für Formel, Gewicht, SMILES und InChIKey nach. Ideal für Strukturbiologie- und Wirkstoffforschungs-Tools, molekulare Viewer, Bioinformatik-Pipelines, Bildungs-Apps und Forschungs-Dashboards.

#pdb #protein-structure #structural-biology #crystallography #cryo-em #bioinformatics #rcsb
api.oanor.com/pdb-api
API-Key holen Im Playground testen → Anbieter kontaktieren

Maschinenlesbare Spezifikation, damit KI-Agenten diese API integrieren können.

/api/pdb-api/openapi.json
/api/pdb-api/llms.txt

Discovery: GET /api/index.json listet alle APIs.

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Andere APIs mit überschneidenden Tags.

AlphaFold API

Die AlphaFold-Proteinstrukturdatenbank als API, bereitgestellt von EMBL-EBI und Google DeepMind. AlphaFold sagt die dreidimensionale Struktur eines Proteins aus seiner Aminosäuresequenz mit experimenteller Genauigkeit voraus, und die Datenbank umfasst jetzt über 200 Millionen Proteine – nahezu jede Sequenz in UniProt. Rufen Sie das AlphaFold-Modell für jedes Protein anhand seiner UniProt-Zugangsnummer ab und erhalten Sie dessen Gen- und Proteinbeschreibung, Organismus und Sequenzlänge, Modellversion und Erstellungsdatum, den globalen Konfidenzwert, die vollständige Aminosäuresequenz sowie direkte Download-Links zur vorhergesagten Struktur als mmCIF, PDB und BinaryCIF zusammen mit dem Bild und den Daten des vorhergesagten Ausrichtungsfehlers (PAE); und lesen Sie die strukturelle Abdeckung eines Proteins – die vorhergesagten AlphaFold-Modelle und alle verknüpften Strukturen mit ihrem Anbieter, ihrer Modellkategorie, ihrer Methode und dem abgedeckten UniProt-Restbereich. Ideal für Strukturbiologie, Wirkstoffforschung und Zielbewertung, Protein-Engineering, molekulare Visualisierung und Lehre. Proteine werden durch UniProt-Zugangsnummern identifiziert (z. B. P00520 oder P38398). Daten aus der AlphaFold DB (CC-BY 4.0). Für experimentell bestimmte 3D-Strukturen siehe die PDB API, für Proteinsequenzen und funktionale Annotation die UniProt API und für Familien & Domänen InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

EMDB API

Die Electron Microscopy Data Bank (EMDB) als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – das öffentliche Archiv für dreidimensionale elektronenmikroskopische Dichtekarten von Proteinen, Nukleinsäuren und großen makromolekularen Komplexen. EMDB ist das elektronenmikroskopische Gegenstück zur Protein Data Bank und enthält Karten, die durch Einzelpartikel-Kryo-EM, Elektronentomographie und Elektronenkristallographie gelöst wurden – die Technik hinter der jüngsten „Auflösungsrevolution“ in der Strukturbiologie. /v1/search?q=ribosome durchsucht das Archiv und gibt für jeden Treffer die EMDB-ID (z. B. EMD-1010), den Titel, die elektronenmikroskopische Methode und die Auflösung in Ångström zurück. /v1/entry?id=EMD-1010 gibt die Metadaten eines Eintrags zurück – seinen Titel, die EM-Methode (Einzelpartikel, Tomographie, …), den Aggregatzustand, die Auflösung, die untersuchte biologische Probe, Klassifikationsschlüsselwörter, die Daten der Hinterlegung, Kartenfreigabe und letzten Aktualisierung sowie die hinterlegenden Autoren. EMDB-IDs sehen aus wie EMD-1010, und Sie können nur die Nummer übergeben. Ideal für strukturbiologische und Kryo-EM-Werkzeuge, Strukturvergleichs- und Visualisierungs-Apps sowie Bildung. Daten von EMBL-EBI EMDB (Public Domain). Dies ist das Archiv experimenteller elektronenmikroskopischer KARTEN – zu unterscheiden von Atomkoordinatenstrukturen (PDB), vorhergesagten Strukturen (AlphaFold) und Proteinsequenzdatenbanken (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

Complex Portal API

Das Complex Portal als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – eine manuell kuratierte, enzyklopädische Datenbank stabiler makromolekularer Komplexe: Ansammlungen von zwei oder mehr Proteinen (und manchmal Nukleinsäuren, Liganden oder kleinen Molekülen), die als eine einzige funktionelle Einheit zusammenarbeiten, wie Ribosomen, Proteasomen, RNA- und DNA-Polymerasen, das Spleißosom, Atmungskettenkomplexe und Tausende weitere in vielen Spezies. Durchsuchen Sie die Komplexe nach Stichwort und optional nach Organismus, und erhalten Sie für jeden Komplex die Complex Portal-Zugangsnummer (CPX-…), den Namen, den Organismus, die Beschreibung und ob er rechnerisch vorhergesagt ist; lesen Sie den vollständigen kuratierten Datensatz eines Komplexes, einschließlich seiner empfohlenen und systematischen Namen, Synonyme, Spezies, biologischen Funktion, der beteiligten Untereinheiten jeweils mit ihrer Molekülkennung (z. B. einer UniProt-Zugangsnummer) und Stöchiometrie, aller zugehörigen Liganden und Krankheiten, des Evidenztyps und Querverweisen zu UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata und mehr; und rufen Sie nur die Untereinheitenzusammensetzung eines Komplexes ab. Ideal für Struktur- und Systembiologie, Signalweg- und Netzwerkanalyse, Proteinfunktionsforschung und Bioinformatik-Pipelines. Komplexzugänge sehen aus wie CPX-6036. Daten vom EMBL-EBI Complex Portal (IMEx-Konsortium, CC-BY). Für Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke siehe die STRING API, für Proteinsequenzen UniProt, für biologische Signalwege Reactome und für Familien & Domänen InterPro.

api.oanor.com/complexes-api

Crystallography API

Kristallstrukturen als API — betrieben durch die Crystallography Open Database (COD), die offene, gemeinfreie Sammlung von über 500.000 Kristallstrukturen organischer, anorganischer, metallorganischer Verbindungen und Mineralien. Durchsuchen Sie die Datenbank nach chemischer Formel (jede übliche Schreibweise — TiO2, Al2O3, H2O — wird automatisch normalisiert) oder per Freitextsuche über Mineralnamen, Titel und Kommentare, rufen Sie dann jede Struktur auf, um ihre vollständigen kristallographischen Daten zu erhalten: chemische und Zellformel, Raumgruppe (Hermann-Mauguin und Hall), die vollständige Elementarzelle (a, b, c, alpha, beta, gamma und Volumen), die Quellenpublikation (Titel, Autoren, Zeitschrift, Jahr, DOI) und einen Link zur CIF-Datei. Von Quarz, Calcit und Diamant bis zu Anatas, Korund und Diopsid ist es ideal für Materialwissenschaften, Festkörperchemie, Mineralogie, Kristallographie-Lehre und Forschungswerkzeuge. Dies ist eine Kristallstruktur- und Materialdatenbank — unterschieden von Moleküleigenschafts- (Chemie/PubChem) und Proteinstrukturdatenbanken (PDB). Offene Daten aus der Crystallography Open Database (CC0/gemeinfrei).

api.oanor.com/cod-api

Häufig gestellte Fragen

Schnelle Antworten zu Preisen, Kontingenten und Integration.

Wie bekomme ich einen API-Key für PDB API?
Registriere dich kostenlos auf oanor.com, erstelle einen API-Key im Entwickler-Dashboard und rufe PDB API mit dem x-oanor-key-Header auf. Keine Kreditkarte für den Free-Tier nötig.
Wie hoch ist das Rate-Limit für PDB API?
Der Free-Tier erlaubt 1 Anfrage pro Sekunde. Bezahlte Pläne skalieren bis zu 50 Anfragen pro Sekunde im Mega-Tier. Harte Limits liefern HTTP 429 oberhalb der Quote — keine überraschenden Mehrkosten.
Was kostet PDB API?
PDB API hat einen Free-Tier mit 100 Calls / Monat. Bezahlte Pläne starten bei €7.10 / Monat mit höheren Kontingenten und schnelleren Rate-Limits.
Kann ich mein Abo jederzeit kündigen?
Ja. Pläne werden monatlich abgerechnet und du kannst jederzeit in deinem Billing-Dashboard kündigen. Keine Mindestlaufzeit und keine Kündigungsgebühr.
Ist PDB API DSGVO-konform?
Alle Anfragen an PDB API laufen über unser EU-Gateway. Dein Upstream-API-Key verlässt nie unseren Server und es werden keine personenbezogenen Daten an den Upstream-Anbieter weitergegeben außer der Anfrage selbst.

Wähle einen Endpoint aus der Liste links — Details und Playground erscheinen hier.

Code-Snippets

Registrieren, um einen API-Key zu bekommen, dann jeden Pfad unter deinem Slug aufrufen.

curl https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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