#protein-structure

Die AlphaFold-Proteinstrukturdatenbank als API, bereitgestellt von EMBL-EBI und Google DeepMind. AlphaFold sagt die dreidimensionale Struktur eines Proteins aus seiner Aminosäuresequenz mit experimenteller Genauigkeit voraus, und die Datenbank umfasst jetzt über 200 Millionen Proteine – nahezu jede Sequenz in UniProt. Rufen Sie das AlphaFold-Modell für jedes Protein anhand seiner UniProt-Zugangsnummer ab und erhalten Sie dessen Gen- und Proteinbeschreibung, Organismus und Sequenzlänge, Modellversion und Erstellungsdatum, den globalen Konfidenzwert, die vollständige Aminosäuresequenz sowie direkte Download-Links zur vorhergesagten Struktur als mmCIF, PDB und BinaryCIF zusammen mit dem Bild und den Daten des vorhergesagten Ausrichtungsfehlers (PAE); und lesen Sie die strukturelle Abdeckung eines Proteins – die vorhergesagten AlphaFold-Modelle und alle verknüpften Strukturen mit ihrem Anbieter, ihrer Modellkategorie, ihrer Methode und dem abgedeckten UniProt-Restbereich. Ideal für Strukturbiologie, Wirkstoffforschung und Zielbewertung, Protein-Engineering, molekulare Visualisierung und Lehre. Proteine werden durch UniProt-Zugangsnummern identifiziert (z. B. P00520 oder P38398). Daten aus der AlphaFold DB (CC-BY 4.0). Für experimentell bestimmte 3D-Strukturen siehe die PDB API, für Proteinsequenzen und funktionale Annotation die UniProt API und für Familien & Domänen InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

Die RCSB Protein Data Bank als API — 3D-makromolekulare Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und Komplexen, unterstützt durch die offiziellen RCSB PDB-Daten und Suchdienste. Rufen Sie einen Struktureintrag anhand seiner 4-stelligen PDB-ID ab für Titel, experimentelle Methode (Röntgen, Kryo-EM, NMR), Auflösung, Schlüsselwörter, Hinterlegungs- und Veröffentlichungsdaten, Autoren, Primärzitat sowie Anzahl der Entitäten und Assemblies; führen Sie eine Volltextsuche über das gesamte Archiv durch, die übereinstimmende PDB-IDs und die Gesamtzahl der Treffer zurückgibt; lesen Sie eine Polymer-Entität für ihren Protein- oder Nukleinsäurenamen, die Einbuchstabensequenz, Länge, Quellorganismus, Ketten und verknüpfte UniProt-IDs aus; lesen Sie eine biologische Assembly für ihren oligomeren Zustand, Symmetrie sowie Ketten- und Atomanzahl; listen Sie die in einer Struktur gebundenen Liganden mit ihren Komponenten-IDs und Namen auf; und schlagen Sie jede chemische Komponente (Ligand) anhand des Codes für Formel, Gewicht, SMILES und InChIKey nach. Ideal für Strukturbiologie- und Wirkstoffforschungs-Tools, molekulare Viewer, Bioinformatik-Pipelines, Bildungs-Apps und Forschungs-Dashboards.

api.oanor.com/pdb-api