#metadata

BioSamples ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που αποθηκεύει και συνδέει τα μεταδεδομένα βιολογικών δειγμάτων, τα φυσικά δείγματα πίσω από βιολογικά πειράματα. Ένα δείγμα στο BioSamples φέρει μια σταθερή πρόσβαση (όπως SAMEA3231268) και ένα πλούσιο σύνολο χαρακτηριστικών — οργανισμός, ιστός ή μέρος οργανισμού, τύπος κυττάρου, φύλο, ασθένεια, αναπτυξιακό στάδιο, στέλεχος και οποιαδήποτε χαρακτηριστικά παρέχονται από τον υποβάλλοντα — και αναφέρεται από άλλα αρχεία του EBI, συμπεριλαμβανομένων του European Nucleotide Archive (ENA), του ArrayExpress και του PRIDE. Το /v1/search?q=liver αναζητά δείγματα με ελεύθερο κείμενο και επιστρέφει την πρόσβαση, το όνομα, τον οργανισμό και την ημερομηνία κυκλοφορίας κάθε αντιστοιχίας. Το /v1/sample?id=SAMEA3231268 επιστρέφει τα μεταδεδομένα ενός δείγματος — την πρόσβαση, το όνομα, το αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI, τον οργανισμό, τις ημερομηνίες κυκλοφορίας και ενημέρωσης, τον αριθμό σχέσεων με άλλα δείγματα και τα χαρακτηριστικά του που έχουν μετατραπεί σε έναν καθαρό χάρτη κλειδιού→τιμής. Οι προσβάσεις μοιάζουν με SAMEA…, SAMN… ή SAMD…· μπορείτε να λάβετε μία από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ενοποίηση δεδομένων βιοεπιστημών, παρακολούθηση δειγμάτων, εναρμόνιση μεταδεδομένων και σύνδεση δεδομένων αλληλούχισης ή έκφρασης με το αρχικό δείγμα. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioSamples (δημόσια). Πρόκειται για ένα μητρώο μεταδεδομένων βιολογικών δειγμάτων — διακριτό από βάσεις δεδομένων μελετών (BioStudies), αλληλουχιών (ENA), παραλλαγών (ClinVar) και δομών.

api.oanor.com/biosamples-api

Το BioStudies ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που περιέχει τις περιγραφές βιολογικών μελετών και συνδέει τα δεδομένα τους σε όλους τους πόρους του EBI, συμπεριλαμβανομένων της απεικόνισης (BioImage Archive), της λειτουργικής γονιδιωματικής (ArrayExpress), της πρωτεομικής και της βιβλιογραφίας (Europe PMC). Κάθε μελέτη έχει έναν κωδικό πρόσβασης, έναν τίτλο και μια περίληψη, τη συλλογή στην οποία ανήκει και συνδέσμους προς τα υποκείμενα δεδομένα και τις δημοσιεύσεις της. Το /v1/search?query=covid αναζητά τις μελέτες και επιστρέφει τον κωδικό πρόσβασης κάθε αντιστοιχίας (π.χ. S-EPMC8017430), τον τίτλο, τον συγγραφέα, τον τύπο μελέτης, την ημερομηνία κυκλοφορίας και τον αριθμό συνδέσμων/αρχείων. Το /v1/study?id=S-EPMC8017430 επιστρέφει τα μεταδεδομένα μιας μελέτης — τον κωδικό πρόσβασης, τη συλλογή στην οποία ανήκει (όπως EuropePMC, ArrayExpress ή BioImages), τον τίτλο, την περίληψη, την ημερομηνία κυκλοφορίας, τους συγγραφείς και τον αριθμό των συνδεδεμένων πόρων. Οι κωδικοί πρόσβασης μοιάζουν με S-EPMC8017430 ή S-BSST123· λάβετε έναν από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ανακάλυψη ερευνητικών δεδομένων, σύνδεση βιβλιογραφίας με τα υποκείμενα σύνολα δεδομένων, συστηματικές ανασκοπήσεις και εργαλεία αναπαραγωγιμότητας. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioStudies (δημόσια). Πρόκειται για ένα ευρετήριο μεταδεδομένων μελετών και συνόλων δεδομένων — διακριτό από τις βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (UniProt, ENA), δομής (PDB, EMDB), παραλλαγών (ClinVar) και οντολογιών.

api.oanor.com/biostudies-api