#metadata

BioSamples als API, aangedreven door EMBL-EBI — de database die de metadata van biologische monsters opslaat en koppelt, de fysieke specimens achter biologische experimenten. Een monster in BioSamples heeft een stabiele toegang (zoals SAMEA3231268) en een rijke set kenmerken — organisme, weefsel of orgaandeel, celtype, geslacht, ziekte, ontwikkelingsstadium, stam en alle door de indiener verstrekte attributen — en wordt gerefereerd door andere EBI-archieven, waaronder het European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress en PRIDE. /v1/search?q=liver doorzoekt monsters op vrije tekst en retourneert de toegang, naam, organisme en releasedatum van elke overeenkomst. /v1/sample?id=SAMEA3231268 retourneert de metadata van een monster — de toegang, naam, NCBI-taxon-id, organisme, release- en updatedatums, het aantal relaties met andere monsters, en de kenmerken afgevlakt tot een schone sleutel→waarde-kaart. Toegangen zien eruit als SAMEA…, SAMN… of SAMD…; haal er een uit het zoekendpoint. Ideaal voor levenswetenschappelijke data-integratie, monstertracking, metadata-harmonisatie en het koppelen van sequencing- of expressiegegevens terug naar het oorspronkelijke specimen. Gegevens van EMBL-EBI BioSamples (openbaar). Dit is een biologisch-monster-metadataregister — te onderscheiden van studie- (BioStudies), sequentie- (ENA), variant- (ClinVar) en structuurdatabases.

api.oanor.com/biosamples-api

BioStudies als API, aangedreven door EMBL-EBI — de database die de beschrijvingen van biologische studies bevat en hun gegevens verbindt over EBI-bronnen heen, waaronder beeldvorming (BioImage Archive), functionele genomica (ArrayExpress), proteomics en de literatuur (Europe PMC). Elke studie heeft een accession, een titel en samenvatting, de collectie waartoe het behoort en links naar de onderliggende gegevens en publicaties. /v1/search?query=covid doorzoekt de studies en retourneert de accession (bijv. S-EPMC8017430), titel, auteur, studietype, releasedatum en link/bestandtellingen van elke overeenkomst. /v1/study?id=S-EPMC8017430 retourneert de metadata van een studie — de accession, de collectie waartoe het behoort (zoals EuropePMC, ArrayExpress of BioImages), titel, samenvatting, releasedatum, auteurs en het aantal gekoppelde bronnen. Accessions zien eruit als S-EPMC8017430 of S-BSST123; haal er een uit het zoekendpoint. Ideaal voor onderzoeksgegevensontdekking, het koppelen van literatuur aan de onderliggende datasets, systematische reviews en reproduceerbaarheidstools. Gegevens van EMBL-EBI BioStudies (openbaar). Dit is een index van studies en datasets metadata — verschillend van de sequentie- (UniProt, ENA), structuur- (PDB, EMDB), variant- (ClinVar) en ontologiedatabases.

api.oanor.com/biostudies-api