#structural-biology

Η Τράπεζα Δεδομένων Ηλεκτρονικής Μικροσκοπίας (EMDB) ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το δημόσιο αρχείο τρισδιάστατων χαρτών πυκνότητας ηλεκτρονικής μικροσκοπίας πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων και μεγάλων μακρομοριακών συμπλόκων. Το EMDB είναι το αντίστοιχο της Τράπεζας Δεδομένων Πρωτεϊνών για την ηλεκτρονική μικροσκοπία, περιέχοντας χάρτες που επιλύθηκαν με κρυο-ΗΜ μονοσωματιδίου, ηλεκτρονική τομογραφία και ηλεκτρονική κρυσταλλογραφία, την τεχνική πίσω από την πρόσφατη «επανάσταση ανάλυσης» στη δομική βιολογία. Το /v1/search?q=ribosome αναζητά στο αρχείο και επιστρέφει για κάθε αντίστοιχη εγγραφή το αναγνωριστικό EMDB (π.χ. EMD-1010), τον τίτλο, τη μέθοδο ηλεκτρονικής μικροσκοπίας και την ανάλυση σε ångström. Το /v1/entry?id=EMD-1010 επιστρέφει τα μεταδεδομένα μιας εγγραφής — τον τίτλο της, τη μέθοδο ΗΜ (μονοσωματίδιο, τομογραφία, …), την κατάσταση συσσωμάτωσης, την ανάλυση, το βιολογικό δείγμα που μελετήθηκε, λέξεις-κλειδιά ταξινόμησης, τις ημερομηνίες κατάθεσης, απελευθέρωσης χάρτη και τελευταίας ενημέρωσης, και τους συγγραφείς κατάθεσης. Τα αναγνωριστικά EMDB μοιάζουν με EMD-1010, και μπορείτε να περάσετε μόνο τον αριθμό. Ιδανικό για εργαλεία δομικής βιολογίας και κρυο-ΗΜ, εφαρμογές σύγκρισης δομών και οπτικοποίησης, και εκπαίδευση. Δεδομένα από το EMBL-EBI EMDB (δημόσιος τομέας). Αυτό είναι το αρχείο πειραματικών ΧΑΡΤΩΝ ηλεκτρονικής μικροσκοπίας — διακριτό από δομές ατομικών συντεταγμένων (PDB), προβλεπόμενες δομές (AlphaFold) και βάσεις δεδομένων αλληλουχιών πρωτεϊνών (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

Η βάση δεδομένων δομών πρωτεϊνών AlphaFold ως API, με την υποστήριξη των EMBL-EBI και Google DeepMind. Το AlphaFold προβλέπει την τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης από την αλληλουχία αμινοξέων της με ακρίβεια πειραματικού επιπέδου και η βάση δεδομένων καλύπτει πλέον πάνω από 200 εκατομμύρια πρωτεΐνες — σχεδόν κάθε αλληλουχία στο UniProt. Αναζητήστε το μοντέλο AlphaFold για οποιαδήποτε πρωτεΐνη με το αναγνωριστικό UniProt της και λάβετε την περιγραφή γονιδίου και πρωτεΐνης, τον οργανισμό και το μήκος αλληλουχίας, την έκδοση μοντέλου και την ημερομηνία δημιουργίας, τη συνολική μετρική εμπιστοσύνης, την πλήρη αλληλουχία αμινοξέων και άμεσους συνδέσμους λήψης της προβλεπόμενης δομής ως mmCIF, PDB και BinaryCIF μαζί με την εικόνα και τα δεδομένα του Προβλεπόμενου Σφάλματος Ευθυγράμμισης (PAE)· και διαβάστε τη δομική κάλυψη μιας πρωτεΐνης — τα προβλεπόμενα μοντέλα AlphaFold και τυχόν συνδεδεμένες δομές με τον πάροχο, την κατηγορία μοντέλου, τη μέθοδο και το εύρος υπολειμμάτων UniProt που καλύπτεται. Ιδανικό για δομική βιολογία, ανακάλυψη φαρμάκων και αξιολόγηση στόχων, πρωτεϊνική μηχανική, μοριακή οπτικοποίηση και διδασκαλία. Οι πρωτεΐνες αναγνωρίζονται με αναγνωριστικό UniProt (για παράδειγμα P00520 ή P38398). Δεδομένα από τη βάση δεδομένων AlphaFold (CC-BY 4.0). Για πειραματικά προσδιορισμένες τρισδιάστατες δομές, δείτε το API PDB, για αλληλουχίες πρωτεϊνών και λειτουργική σήμανση το API UniProt και για οικογένειες και τομείς το InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

Το Complex Portal ως API, υποστηριζόμενο από το EMBL-EBI — μια χειροκίνητα επιμελημένη, εγκυκλοπαιδική βάση δεδομένων σταθερών μακρομοριακών συμπλόκων: συναρμολογήσεις δύο ή περισσότερων πρωτεϊνών (και μερικές φορές νουκλεϊκών οξέων, προσδεμάτων ή μικρών μορίων) που λειτουργούν μαζί ως μια ενιαία λειτουργική μονάδα, όπως ριβοσώματα, πρωτεασώματα, RNA και DNA πολυμεράσες, το σωμάτιο ματίσματος, σύμπλοκα της αναπνευστικής αλυσίδας και χιλιάδες ακόμη σε πολλά είδη. Αναζητήστε τα σύμπλοκα με λέξη-κλειδί και προαιρετικά με οργανισμό, λαμβάνοντας για κάθε σύμπλοκο την πρόσβαση του Complex Portal (CPX-…), το όνομα, τον οργανισμό, την περιγραφή και αν είναι υπολογιστικά προβλεπόμενο· διαβάστε μια πλήρη επιμελημένη εγγραφή συμπλόκου, συμπεριλαμβανομένων των προτεινόμενων και συστηματικών ονομάτων, συνωνύμων, είδους, βιολογικής λειτουργίας, των συμμετεχόντων υπομονάδων με το αναγνωριστικό μορίου τους (για παράδειγμα μια πρόσβαση UniProt) και στοιχειομετρία, τυχόν σχετικούς προσδέτες και ασθένειες, τον τύπο απόδειξης και διασταυρούμενες αναφορές σε UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata και άλλα· και εξάγετε μόνο τη σύνθεση υπομονάδων ενός συμπλόκου. Ιδανικό για δομική και συστημική βιολογία, ανάλυση μονοπατιών και δικτύων, έρευνα λειτουργίας πρωτεϊνών και βιοπληροφορικές αγωγούς. Οι προσβάσεις συμπλόκων μοιάζουν με CPX-6036. Δεδομένα από το EMBL-EBI Complex Portal (IMEx consortium, CC-BY). Για δίκτυα αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών-πρωτεϊνών δείτε το STRING API, για αλληλουχίες πρωτεϊνών το UniProt, για βιολογικά μονοπάτια το Reactome και για οικογένειες & τομείς το InterPro.

api.oanor.com/complexes-api

Η RCSB Protein Data Bank ως API — τρισδιάστατες μακρομοριακές δομές πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων και συμπλόκων, υποστηριζόμενες από τα επίσημα δεδομένα και τις υπηρεσίες αναζήτησης του RCSB PDB. Λάβετε μια καταχώρηση δομής με το 4-χαρακτήρων αναγνωριστικό PDB για τον τίτλο, τη μέθοδο πειραματισμού (ακτίνες Χ, cryo-EM, NMR), την ανάλυση, λέξεις-κλειδιά, ημερομηνίες κατάθεσης και δημοσίευσης, συγγραφείς, κύρια παραπομπή και μετρήσεις οντοτήτων & συναρμολογήσεων· εκτελέστε αναζήτηση πλήρους κειμένου σε ολόκληρο το αρχείο επιστρέφοντας τα αντίστοιχα αναγνωριστικά PDB και τον συνολικό αριθμό αποτελεσμάτων· διαβάστε μια πολυμερή οντότητα για το όνομα της πρωτεΐνης ή του νουκλεϊκού οξέος, την αλληλουχία μονογραμμάτων, το μήκος, τον οργανισμό προέλευσης, τις αλυσίδες και τα συνδεδεμένα αναγνωριστικά UniProt· διαβάστε μια βιολογική συναρμολόγηση για την ολιγομερή κατάσταση, τη συμμετρία και τις μετρήσεις αλυσίδων & ατόμων· λίστα των συνδεδεμένων προσδετών σε μια δομή με τα αναγνωριστικά συστατικών και τα ονόματά τους· και αναζητήστε οποιοδήποτε χημικό συστατικό (προσδέτη) με κωδικό για τον τύπο, το βάρος, το SMILES και το InChIKey. Ιδανικό για εργαλεία δομικής βιολογίας και ανακάλυψης φαρμάκων, μοριακούς θεατές, βιοπληροφορικές αγωγούς, εκπαιδευτικές εφαρμογές και πίνακες ελέγχου έρευνας.

api.oanor.com/pdb-api