An EM entry metadata
API · /emdb-api
EMDB API
υγιής
3,751 Συνδρομητές
Η Τράπεζα Δεδομένων Ηλεκτρονικής Μικροσκοπίας (EMDB) ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το δημόσιο αρχείο τρισδιάστατων χαρτών πυκνότητας ηλεκτρονικής μικροσκοπίας πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων και μεγάλων μακρομοριακών συμπλόκων. Το EMDB είναι το αντίστοιχο της Τράπεζας Δεδομένων Πρωτεϊνών για την ηλεκτρονική μικροσκοπία, περιέχοντας χάρτες που επιλύθηκαν με κρυο-ΗΜ μονοσωματιδίου, ηλεκτρονική τομογραφία και ηλεκτρονική κρυσταλλογραφία, την τεχνική πίσω από την πρόσφατη «επανάσταση ανάλυσης» στη δομική βιολογία. Το /v1/search?q=ribosome αναζητά στο αρχείο και επιστρέφει για κάθε αντίστοιχη εγγραφή το αναγνωριστικό EMDB (π.χ. EMD-1010), τον τίτλο, τη μέθοδο ηλεκτρονικής μικροσκοπίας και την ανάλυση σε ångström. Το /v1/entry?id=EMD-1010 επιστρέφει τα μεταδεδομένα μιας εγγραφής — τον τίτλο της, τη μέθοδο ΗΜ (μονοσωματίδιο, τομογραφία, …), την κατάσταση συσσωμάτωσης, την ανάλυση, το βιολογικό δείγμα που μελετήθηκε, λέξεις-κλειδιά ταξινόμησης, τις ημερομηνίες κατάθεσης, απελευθέρωσης χάρτη και τελευταίας ενημέρωσης, και τους συγγραφείς κατάθεσης. Τα αναγνωριστικά EMDB μοιάζουν με EMD-1010, και μπορείτε να περάσετε μόνο τον αριθμό. Ιδανικό για εργαλεία δομικής βιολογίας και κρυο-ΗΜ, εφαρμογές σύγκρισης δομών και οπτικοποίησης, και εκπαίδευση. Δεδομένα από το EMBL-EBI EMDB (δημόσιος τομέας). Αυτό είναι το αρχείο πειραματικών ΧΑΡΤΩΝ ηλεκτρονικής μικροσκοπίας — διακριτό από δομές ατομικών συντεταγμένων (PDB), προβλεπόμενες δομές (AlphaFold) και βάσεις δεδομένων αλληλουχιών πρωτεϊνών (UniProt).
api.oanor.com/emdb-api
Υγεία API
υγιής- Χρόνος λειτουργίας
- 100.00%
- Ανιχνευτές διακομιστή · 24 ώρες
- Μέση καθυστέρηση
- 202 ms
- Ανιχνευτές διακομιστή · 24 ώρες
- Συνδρομητές
- 3,751
- ενεργός
- Σύνολο κλήσεων
- 6
- τις τελευταίες 7 ημέρες
Τιμολόγηση
Επιλέξτε μια βαθμίδα — χρεώνεται μηνιαία, ακυρώστε ανά πάσα στιγμή.
Free
Δωρεάν
- 2,300 κλήσεις / μήνα
- 2 αιτήματα / δευτερόλεπτο
- Hard cap (429 πάνω από το όριο, χωρίς υπέρβαση)
- 2300 κλήσεις/μήνα
- 2 αιτήσεις/δευτερόλεπτο
- Αναζήτηση & μεταδεδομένα εγγραφής
- Χωρίς πιστωτική κάρτα
Starter
€7.00 /μήνας
- 49,000 κλήσεις / μήνα
- 5 αιτήματα / δευτερόλεπτο
- Hard cap (429 πάνω από το όριο, χωρίς υπέρβαση)
- 49k κλήσεις/μήνα
- 5 αιτ./δευτ.
- Μέθοδος & ανάλυση
- Υποστήριξη μέσω email
Pro
€21.00 /μήνας
- 215,000 κλήσεις / μήνα
- 12 αιτήματα / δευτερόλεπτο
- Hard cap (429 πάνω από το όριο, χωρίς υπέρβαση)
- 215k κλήσεις/μήνα
- 12 αιτήσεις/δευτερόλεπτο
- Εργαλεία δομής & προβολείς
- Υποστήριξη προτεραιότητας
Mega
€58.00 /μήνας
- 790,000 κλήσεις / μήνα
- 35 αιτήματα / δευτερόλεπτο
- Hard cap (429 πάνω από το όριο, χωρίς υπέρβαση)
- 790k κλήσεις/μήνα
- 35 req/sec
- Δομική βιολογία υψηλής απόδοσης
- Αφιερωμένο SLA
Κατασκευάστηκε από
Σχετικό API
Άλλο API με επικαλυπτόμενες ετικέτες.
PDB API
Η RCSB Protein Data Bank ως API — τρισδιάστατες μακρομοριακές δομές πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων και συμπλόκων, υποστηριζόμενες από τα επίσημα δεδομένα και τις υπηρεσίες αναζήτησης του RCSB PDB. Λάβετε μια καταχώρηση δομής με το 4-χαρακτήρων αναγνωριστικό PDB για τον τίτλο, τη μέθοδο πειραματισμού (ακτίνες Χ, cryo-EM, NMR), την ανάλυση, λέξεις-κλειδιά, ημερομηνίες κατάθεσης και δημοσίευσης, συγγραφείς, κύρια παραπομπή και μετρήσεις οντοτήτων & συναρμολογήσεων· εκτελέστε αναζήτηση πλήρους κειμένου σε ολόκληρο το αρχείο επιστρέφοντας τα αντίστοιχα αναγνωριστικά PDB και τον συνολικό αριθμό αποτελεσμάτων· διαβάστε μια πολυμερή οντότητα για το όνομα της πρωτεΐνης ή του νουκλεϊκού οξέος, την αλληλουχία μονογραμμάτων, το μήκος, τον οργανισμό προέλευσης, τις αλυσίδες και τα συνδεδεμένα αναγνωριστικά UniProt· διαβάστε μια βιολογική συναρμολόγηση για την ολιγομερή κατάσταση, τη συμμετρία και τις μετρήσεις αλυσίδων & ατόμων· λίστα των συνδεδεμένων προσδετών σε μια δομή με τα αναγνωριστικά συστατικών και τα ονόματά τους· και αναζητήστε οποιοδήποτε χημικό συστατικό (προσδέτη) με κωδικό για τον τύπο, το βάρος, το SMILES και το InChIKey. Ιδανικό για εργαλεία δομικής βιολογίας και ανακάλυψης φαρμάκων, μοριακούς θεατές, βιοπληροφορικές αγωγούς, εκπαιδευτικές εφαρμογές και πίνακες ελέγχου έρευνας.
api.oanor.com/pdb-api
API AlphaFold
Η βάση δεδομένων δομών πρωτεϊνών AlphaFold ως API, με την υποστήριξη των EMBL-EBI και Google DeepMind. Το AlphaFold προβλέπει την τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης από την αλληλουχία αμινοξέων της με ακρίβεια πειραματικού επιπέδου και η βάση δεδομένων καλύπτει πλέον πάνω από 200 εκατομμύρια πρωτεΐνες — σχεδόν κάθε αλληλουχία στο UniProt. Αναζητήστε το μοντέλο AlphaFold για οποιαδήποτε πρωτεΐνη με το αναγνωριστικό UniProt της και λάβετε την περιγραφή γονιδίου και πρωτεΐνης, τον οργανισμό και το μήκος αλληλουχίας, την έκδοση μοντέλου και την ημερομηνία δημιουργίας, τη συνολική μετρική εμπιστοσύνης, την πλήρη αλληλουχία αμινοξέων και άμεσους συνδέσμους λήψης της προβλεπόμενης δομής ως mmCIF, PDB και BinaryCIF μαζί με την εικόνα και τα δεδομένα του Προβλεπόμενου Σφάλματος Ευθυγράμμισης (PAE)· και διαβάστε τη δομική κάλυψη μιας πρωτεΐνης — τα προβλεπόμενα μοντέλα AlphaFold και τυχόν συνδεδεμένες δομές με τον πάροχο, την κατηγορία μοντέλου, τη μέθοδο και το εύρος υπολειμμάτων UniProt που καλύπτεται. Ιδανικό για δομική βιολογία, ανακάλυψη φαρμάκων και αξιολόγηση στόχων, πρωτεϊνική μηχανική, μοριακή οπτικοποίηση και διδασκαλία. Οι πρωτεΐνες αναγνωρίζονται με αναγνωριστικό UniProt (για παράδειγμα P00520 ή P38398). Δεδομένα από τη βάση δεδομένων AlphaFold (CC-BY 4.0). Για πειραματικά προσδιορισμένες τρισδιάστατες δομές, δείτε το API PDB, για αλληλουχίες πρωτεϊνών και λειτουργική σήμανση το API UniProt και για οικογένειες και τομείς το InterPro.
api.oanor.com/alphafold-api
Complex Portal API
Το Complex Portal ως API, υποστηριζόμενο από το EMBL-EBI — μια χειροκίνητα επιμελημένη, εγκυκλοπαιδική βάση δεδομένων σταθερών μακρομοριακών συμπλόκων: συναρμολογήσεις δύο ή περισσότερων πρωτεϊνών (και μερικές φορές νουκλεϊκών οξέων, προσδεμάτων ή μικρών μορίων) που λειτουργούν μαζί ως μια ενιαία λειτουργική μονάδα, όπως ριβοσώματα, πρωτεασώματα, RNA και DNA πολυμεράσες, το σωμάτιο ματίσματος, σύμπλοκα της αναπνευστικής αλυσίδας και χιλιάδες ακόμη σε πολλά είδη. Αναζητήστε τα σύμπλοκα με λέξη-κλειδί και προαιρετικά με οργανισμό, λαμβάνοντας για κάθε σύμπλοκο την πρόσβαση του Complex Portal (CPX-…), το όνομα, τον οργανισμό, την περιγραφή και αν είναι υπολογιστικά προβλεπόμενο· διαβάστε μια πλήρη επιμελημένη εγγραφή συμπλόκου, συμπεριλαμβανομένων των προτεινόμενων και συστηματικών ονομάτων, συνωνύμων, είδους, βιολογικής λειτουργίας, των συμμετεχόντων υπομονάδων με το αναγνωριστικό μορίου τους (για παράδειγμα μια πρόσβαση UniProt) και στοιχειομετρία, τυχόν σχετικούς προσδέτες και ασθένειες, τον τύπο απόδειξης και διασταυρούμενες αναφορές σε UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata και άλλα· και εξάγετε μόνο τη σύνθεση υπομονάδων ενός συμπλόκου. Ιδανικό για δομική και συστημική βιολογία, ανάλυση μονοπατιών και δικτύων, έρευνα λειτουργίας πρωτεϊνών και βιοπληροφορικές αγωγούς. Οι προσβάσεις συμπλόκων μοιάζουν με CPX-6036. Δεδομένα από το EMBL-EBI Complex Portal (IMEx consortium, CC-BY). Για δίκτυα αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών-πρωτεϊνών δείτε το STRING API, για αλληλουχίες πρωτεϊνών το UniProt, για βιολογικά μονοπάτια το Reactome και για οικογένειες & τομείς το InterPro.
api.oanor.com/complexes-api
BioSamples API
BioSamples ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που αποθηκεύει και συνδέει τα μεταδεδομένα βιολογικών δειγμάτων, τα φυσικά δείγματα πίσω από βιολογικά πειράματα. Ένα δείγμα στο BioSamples φέρει μια σταθερή πρόσβαση (όπως SAMEA3231268) και ένα πλούσιο σύνολο χαρακτηριστικών — οργανισμός, ιστός ή μέρος οργανισμού, τύπος κυττάρου, φύλο, ασθένεια, αναπτυξιακό στάδιο, στέλεχος και οποιαδήποτε χαρακτηριστικά παρέχονται από τον υποβάλλοντα — και αναφέρεται από άλλα αρχεία του EBI, συμπεριλαμβανομένων του European Nucleotide Archive (ENA), του ArrayExpress και του PRIDE. Το /v1/search?q=liver αναζητά δείγματα με ελεύθερο κείμενο και επιστρέφει την πρόσβαση, το όνομα, τον οργανισμό και την ημερομηνία κυκλοφορίας κάθε αντιστοιχίας. Το /v1/sample?id=SAMEA3231268 επιστρέφει τα μεταδεδομένα ενός δείγματος — την πρόσβαση, το όνομα, το αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI, τον οργανισμό, τις ημερομηνίες κυκλοφορίας και ενημέρωσης, τον αριθμό σχέσεων με άλλα δείγματα και τα χαρακτηριστικά του που έχουν μετατραπεί σε έναν καθαρό χάρτη κλειδιού→τιμής. Οι προσβάσεις μοιάζουν με SAMEA…, SAMN… ή SAMD…· μπορείτε να λάβετε μία από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ενοποίηση δεδομένων βιοεπιστημών, παρακολούθηση δειγμάτων, εναρμόνιση μεταδεδομένων και σύνδεση δεδομένων αλληλούχισης ή έκφρασης με το αρχικό δείγμα. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioSamples (δημόσια). Πρόκειται για ένα μητρώο μεταδεδομένων βιολογικών δειγμάτων — διακριτό από βάσεις δεδομένων μελετών (BioStudies), αλληλουχιών (ENA), παραλλαγών (ClinVar) και δομών.
api.oanor.com/biosamples-api
Συχνές ερωτήσεις
Γρήγορες απαντήσεις για τιμές, ποσοστώσεις και ενσωμάτωση.
Πώς αποκτώ ένα κλειδί API για το EMDB API;
Εγγράψου δωρεάν στο oanor.com, δημιούργησε ένα κλειδί API από τον πίνακα ελέγχου προγραμματιστή και κάλεσε το EMDB API με την κεφαλίδα x-oanor-key. Δεν απαιτείται πιστωτική κάρτα για το δωρεάν πλάνο.
Ποιο είναι το όριο ρυθμού του EMDB API;
Το δωρεάν πλάνο επιτρέπει 1 αίτημα ανά δευτερόλεπτο. Τα επί πληρωμή πλάνα κλιμακώνονται έως 50 αιτήματα ανά δευτερόλεπτο στο επίπεδο Mega. Τα αυστηρά όρια επιστρέφουν HTTP 429 πάνω από την ποσόστωση — χωρίς εκπλήξεις στις χρεώσεις υπερβάσεων.
Πόσο κοστίζει το EMDB API;
Το EMDB API έχει δωρεάν πλάνο με 100 κλήσεις / μήνα. Τα επί πληρωμή πλάνα ξεκινούν από €7.00 / μήνα με υψηλότερες ποσοστώσεις και ταχύτερα όρια ρυθμού.
Μπορώ να ακυρώσω τη συνδρομή μου ανά πάσα στιγμή;
Ναι. Τα πλάνα χρεώνονται μηνιαίως και μπορείς να ακυρώσεις οποτεδήποτε από το ταμπλό χρέωσης. Χωρίς μακροπρόθεσμα συμβόλαια και χωρίς τέλος ακύρωσης.
Είναι το EMDB API συμβατό με τον GDPR;
Όλα τα αιτήματα προς EMDB API περνούν μέσω της πύλης μας στην ΕΕ. Το upstream API κλειδί σου δεν φεύγει ποτέ από τον διακομιστή μας και δεν μοιράζονται προσωπικά δεδομένα με τον upstream πάροχο πέρα από το αίτημα που στέλνεις.
Επιλέξτε ένα τελικό σημείο από τη λίστα στα αριστερά για να δείτε τις λεπτομέρειες και δοκιμάστε το.
Αποσπάσματα κώδικα
Εγγραφείτε για να λάβετε ένα API key και, στη συνέχεια, καλέστε οποιαδήποτε διαδρομή κάτω από το slug σας.
curl https://api.oanor.com/emdb-api/SOME_PATH \
-H "x-oanor-key: oanor_test_..."const res = await fetch("https://api.oanor.com/emdb-api/SOME_PATH", {
headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();$ch = curl_init("https://api.oanor.com/emdb-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);import requests
r = requests.get(
"https://api.oanor.com/emdb-api/SOME_PATH",
headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())Αξιολογήσεις
Συνδεθείτε για να βαθμολογήσετε.
Δεν υπάρχουν ακόμη κριτικές.
Συζήτηση
Κάνε ερωτήσεις, μοιράσου συμβουλές, πάρε απαντήσεις από τον πάροχο και άλλους προγραμματιστές. Δημόσιο — όλοι μπορούν να διαβάσουν.
Συνδέσου για να γράψεις ή να απαντήσεις.
ΣύνδεσηΝέα συζήτηση
📌 Καρφιτσωμένη
🔒 Κλειδωμένη
·
·
·
-
Απάντηση παρόχου
🔒 Η συζήτηση είναι κλειδωμένη — δεν επιτρέπονται νέες απαντήσεις.
-
·
- Δεν υπάρχουν συζητήσεις — ξεκίνα την πρώτη.
Υποστήριξη
Ιδιωτική υποστήριξη 1:1 με τον πάροχο — χρέωση, ενσωμάτωση, λογαριασμός. Μόνο εσύ και η ομάδα του παρόχου βλέπετε αυτά τα threads.
Συνδέσου για να ανοίξεις ticket υποστήριξης.
ΣύνδεσηΆνοιγμα νέου ticket
Περιέγραψε με τι χρειάζεσαι βοήθεια. Η ομάδα λαμβάνει email και απαντά στη σελίδα του ticket.
-
·
Επείγουσα - Δεν υπάρχουν tickets για αυτό το API.