#gene-ontology

Fonction des gènes sous forme d'API — propulsée par QuickGO d'EMBL-EBI et l'Ontologie des Gènes (GO), le vocabulaire standard qui décrit ce que font les produits des gènes selon trois aspects : fonction moléculaire, processus biologique et composant cellulaire. Étant donné un gène ou une protéine (un identifiant UniProt), lister chaque annotation GO qui lui est attribuée — le terme GO, son aspect, le qualificatif, le code de preuve, la référence justificative (par exemple un identifiant PubMed), l'organisme et qui l'a assignée — éventuellement filtré par aspect ou organisme. Consulter n'importe quel terme GO pour obtenir sa définition, son aspect, ses synonymes et le nombre de termes enfants ; et rechercher l'ontologie par nom pour trouver les termes GO appropriés. Les noms des termes GO sont résolus automatiquement sur les annotations. De TP53 à n'importe quelle protéine de n'importe quelle espèce, c'est l'épine dorsale de la génomique fonctionnelle — idéal pour l'analyse d'enrichissement, les pipelines d'annotation, la bioinformatique et les outils de recherche. Une ressource d'annotation de fonction des gènes (quels gènes ont quelles fonctions, avec preuves) — distincte de la consultation générique de termes d'ontologie. Données ouvertes provenant de QuickGO d'EMBL-EBI et du Consortium GO (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

Le service de recherche d'ontologies EMBL-EBI (OLS) en tant qu'API — un point d'accès unique à plus de 280 ontologies biomédicales et scientifiques et vocabulaires contrôlés en un seul endroit : l'Ontologie des Gènes (GO), l'Ontologie des Maladies Humaines (DOID), l'Ontologie du Phénotype Humain (HP), ChEBI (entités chimiques), Uberon (anatomie), l'Ontologie des Facteurs Expérimentaux (EFO), Mondo, NCIt et bien d'autres. /v1/search?q=diabetes recherche des termes dans toutes les ontologies (ou restreint à une avec ontology=doid), retournant l'étiquette de chaque correspondance, l'identifiant OBO (tel que DOID:9351 ou GO:0008150), l'ontologie, l'IRI et une courte définition. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 retourne les détails d'un seul terme — son étiquette, sa définition, son IRI, ses synonymes et s'il est obsolète. /v1/ontologies parcourt les ontologies disponibles avec leur identifiant, titre, description et nombre de termes. Les identifiants OBO ressemblent à DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 ou CHEBI:15377. Idéal pour le traitement automatique du langage naturel biomédical, l'annotation et l'harmonisation des données, l'autocomplétion sur la terminologie scientifique, et les outils sémantiques et de graphe de connaissances. Données provenant d'EMBL-EBI OLS (ouvert). Il s'agit d'une recherche générale d'ontologies / vocabulaires contrôlés couvrant de nombreux domaines — plus large qu'un seul thésaurus médical tel que MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Ontologies biomédicales en tant qu'API, propulsées par l'EBI Ontology Lookup Service (OLS). Recherchez dans plus de 280 ontologies organisées — maladies (MONDO), phénotypes humains (HP), Gene Ontology (GO), anatomie (UBERON), types cellulaires (CL), chimie (ChEBI), facteurs expérimentaux (EFO), le NCI Thesaurus et bien d'autres — pour trouver des termes par nom ; parcourez le catalogue complet des ontologies avec les versions et les comptes de termes ; lisez n'importe quel terme pour sa définition, ses synonymes exacts, son identifiant OBO, son IRI et son statut d'obsolescence ; et parcourez la hiérarchie des classes via les parents directs et les enfants d'un terme. Idéal pour l'harmonisation et le codage des données cliniques, la recherche biomédicale et l'autocomplétion, l'enrichissement des graphes de connaissances, les pipelines d'annotation et de curation, ainsi que les applications de recherche et de DSE nécessitant des vocabulaires standard. Les identifiants OBO ressemblent à MONDO:0005148 ou GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api