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PRIDE API

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The PRIDE proteomics archive as an API, powered by the EMBL-EBI PRIDE Archive — the world's largest public repository of mass-spectrometry proteomics data and a founding member of ProteomeXchange. Search the public proteomics experiments by keyword (returning each project's accession, title, organisms, diseases and instruments); read a project's full metadata including its description, keywords, organisms and organism parts, mass-spectrometry instruments, software, the protein modifications identified, sample- and data-processing protocols, submitters, affiliations and the linked publication (DOI and PubMed); list a project's data files with their category, format, size and a direct download link; and explore facets — the diseases, organisms, instruments, experiment types, software and countries represented across matching projects — for discovery. Ideal for proteomics and systems-biology research, dataset reuse and meta-analysis, bioinformatics pipelines, and tools that integrate experimental evidence. Project accessions look like PXD000001. Data from EMBL-EBI.

#pride #proteomics #mass-spectrometry #datasets #proteomexchange #bioinformatics #life-sciences
api.oanor.com/pride-api
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/api/pride-api/openapi.json
/api/pride-api/llms.txt

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UniProt API

The UniProt protein knowledge base as an API, powered by the official UniProt REST service curated by EMBL-EBI, SIB and PIR. Look up any protein by its UniProt accession for protein and gene names, organism, length, mass, function, keywords, Gene Ontology (GO) terms and linked PDB 3D structures; run full-text protein searches filtered by organism (NCBI taxon id) and Swiss-Prot review status; fetch amino-acid sequences with FASTA, molecular weight and CRC64 checksum; list sequence features such as signal peptides, chains, domains, active and binding sites, modified residues and natural variants, with a by-type breakdown; resolve NCBI taxonomy nodes with their full lineage; and pull reference proteomes with protein counts and genome-assembly ids. Across all kingdoms of life, from human to bacteria. Ideal for bioinformatics pipelines, drug-discovery and proteomics tools, sequence-analysis dashboards, academic research apps and life-science chatbots.

api.oanor.com/uniprot-api

MetaboLights API

MetaboLights como API, impulsado por EMBL-EBI — el repositorio abierto más importante del mundo para experimentos de metabolómica (espectroscopia de RMN y espectrometría de masas) y un recurso hermano de PRIDE para proteómica. Busque estudios públicos de metabolómica por palabra clave (devolviendo el acceso, título, descripción y organismo de cada estudio); lea los metadatos completos de un estudio, incluido su resumen, estado, fechas de envío y publicación, descriptores de diseño del estudio, factores experimentales, los ensayos analíticos con su tipo de medición, tecnología y plataforma, los contribuyentes y sus roles, las publicaciones vinculadas con DOI e identificadores de PubMed, remitentes, recuento de muestras, URL de descarga FTP y licencia de datos; inspeccione el flujo de trabajo analítico — cada protocolo con su nombre, tipo, descripción y parámetros (recolección de muestras, extracción, cromatografía, espectroscopia de RMN/MS, transformación de datos e identificación de metabolitos); y enumere los organismos y partes de organismos estudiados con sus términos de ontología. Ideal para investigación en metabolómica y biología de sistemas, reutilización de conjuntos de datos y metaanálisis, tuberías bioinformáticas y herramientas que integran evidencia experimental. Los accesos de estudio se ven como MTBLS1. Datos de EMBL-EBI MetaboLights.

api.oanor.com/metabolights-api

Gene Expression API

Functional-genomics experiments as an API — powered by NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), the largest public repository of gene-expression data. GEO archives expression series and curated datasets from microarray and high-throughput-sequencing experiments across every organism. Search experiments by keyword and optionally by organism, and look up any series or dataset to get its metadata: title, summary, assay type (expression profiling by array or by sequencing), organism, number of samples, platform and the publication behind it. From β-cell stress studies to cancer transcriptomics across human and mouse, it turns the GEO archive into a simple search-and-fetch API for transcriptomics, bioinformatics and research-data discovery. A gene-expression / functional-genomics dataset repository — distinct from sequence (ENA), variant (ClinVar, dbVar), structure (PDB) and ontology databases. Open data from NCBI GEO (public domain).

api.oanor.com/geodatasets-api

DataCite API

DataCite como API — el registro global de DOIs (Identificadores de Objetos Digitales) para resultados de investigación. Mientras que Crossref registra DOIs para artículos de revistas, DataCite registra y describe DOIs para datos de investigación, software, muestras, tesis, preprints, modelos, imágenes y otros resultados, de repositorios como Zenodo, Dryad y miles de instituciones. /v1/search?query=climate realiza búsquedas de texto completo en el registro y se puede acotar por tipo de recurso (type=dataset, software, text, image, audiovisual, collection, model y más), devolviendo cada DOI con su título, tipo, creadores, editorial y año de publicación. /v1/doi?id=10.5281/zenodo.3509134 devuelve los metadatos completos de un solo DOI: título, tipo de recurso, creadores, editorial, año de publicación, descripción, materias, versión, licencia y fecha de registro. Los DOIs tienen el formato 10.5281/zenodo.3509134 (Zenodo) o 10.5061/dryad.xxxx (Dryad). Ideal para herramientas de descubrimiento y citación de datos de investigación, repositorios de datos y gestión de referencias, funciones de citación de software y flujos de trabajo de reproducibilidad. Los metadatos son CC0 de DataCite. Este es el registro de DOIs de datos de investigación y software — distinto del índice de DOIs de artículos de revistas (Crossref) y de los servicios de preprints y acceso abierto.

api.oanor.com/datacite-api

Domande frequenti

Risposte rapide su prezzi, quote e integrazione.

Come ottengo una chiave API per PRIDE API?
Registrati gratuitamente su oanor.com, genera una chiave API dalla dashboard sviluppatore e chiama PRIDE API con l'header x-oanor-key. Nessuna carta di credito richiesta per il piano gratuito.
Qual è il limite di velocità di PRIDE API?
Il piano gratuito consente 1 richiesta al secondo. I piani a pagamento arrivano fino a 50 richieste al secondo nel piano Mega. I limiti rigorosi restituiscono HTTP 429 oltre la quota — nessuna spesa imprevista.
Quanto costa PRIDE API?
PRIDE API ha un piano gratuito con 100 chiamate / mese. I piani a pagamento partono da €6.60 / mese con quote più alte e limiti di velocità più rapidi.
Posso cancellare l'abbonamento in qualsiasi momento?
Sì. I piani sono fatturati mensilmente e puoi cancellare in qualsiasi momento dalla dashboard di fatturazione. Nessun contratto a lungo termine e nessuna penale di cancellazione.
PRIDE API è conforme al GDPR?
Tutte le richieste a PRIDE API passano attraverso il nostro gateway in UE. La tua chiave upstream non lascia mai il nostro server e nessun dato personale viene condiviso con il fornitore upstream oltre alla richiesta inviata.

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curl https://api.oanor.com/pride-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/pride-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/pride-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/pride-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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