Functional enrichment for a gene set
API · /stringdb-api
Protein Interactions API
Eiwit-eiwit interactienetwerken als een API — aangedreven door STRING, de database van bekende en voorspelde eiwitassociaties die bewijs uit laboratoriumexperimenten, samengestelde pathway-databases, gen-co-expressie, genomische context en geautomatiseerde tekstmining combineert in één betrouwbaarheidsscore, voor duizenden organismen. Verkrijg de top interactiepartners van een eiwit (elk met de gecombineerde betrouwbaarheidsscore en de zeven bewijskanaal-subscores), het interactienetwerk tussen een willekeurige set eiwitten als gescoorde randen, en functionele verrijking voor een genset — de oververtegenwoordigde GO-termen, KEGG-pathways, Pfam-domeinen en meer, elk met zijn p-waarde, FDR en lidgenen. Geef gensymbolen (TP53) of STRING/Ensembl-id's, voor menselijk (standaard) of elke soort via NCBI-taxon-id. Het is een hoeksteen van systeembiologie — ideaal voor netwerkanalyse, functionele genomica, pathway- en bioinformatica-tools. Een eiwit-interactienetwerk-bron — onderscheiden van biologische pathways (Reactome), samengestelde eiwitcomplexen (Complex Portal) en Gene Ontology-annotaties (QuickGO). Open data van STRING (CC BY 4.0).
API-gezondheid
gezond- Uptime
- 100.00%
- Serversondes · 24 uur
- Gem. latentie
- 363 ms
- Serversondes · 24 uur
- Abonnees
- 4,536
- actief
- Totaal aantal oproepen
- 12
- laatste 7 dagen
Prijzen
Kies een niveau: maandelijks gefactureerd en op elk gewenst moment opzegbaar.
Free
Vrij
- 2,650 oproepen / maand
- 2 verzoeken / tweede
- Hard cap (429 boven quotum, geen overschrijding)
- 2.650 oproepen/maand
- 2 verzoeken/sec
- Partners + netwerk + verrijking
- Geen creditcard
Starter
€7.25 /maand
- 52,500 oproepen / maand
- 8 verzoeken / tweede
- Hard cap (429 boven quotum, geen overschrijding)
- 52.5k oproepen/maand
- 8 verzoeken/sec
- Alle 7 bewijskanalen
- E-mailondersteuning
Pro
€22.90 /maand
- 252,000 oproepen / maand
- 20 verzoeken / tweede
- Hard cap (429 boven quotum, geen overschrijding)
- 252k oproepen/maand
- 20 verzoeken/sec
- Systeembiologie-apps
- Prioritaire ondersteuning
Mega
€59.80 /maand
- 895,000 oproepen / maand
- 50 verzoeken / tweede
- Hard cap (429 boven quotum, geen overschrijding)
- 895k oproepen/maand
- 50 verzoeken/sec
- Netwerkanalyseplatform
- Toegewijde SLA
Gebouwd door
Gerelateerd APIs
Andere APIs met overlappende tags.
STRING API
De STRING-eiwit-eiwitinteractiedatabase als een API — het samengestelde en voorspelde netwerk van functionele associaties tussen eiwitten, aangedreven door de officiële STRING API. Los gen- of eiwitnamen op naar STRING-identificatoren met annotaties; verkrijg de belangrijkste interactiepartners van een eiwit met een gecombineerde betrouwbaarheidsscore en bewijs per kanaal (experimenteel, samengestelde databases, co-expressie, text-mining, genfusie, nabuurschap en co-occurrence); bouw het interactienetwerk tussen een set eiwitten als gescoorde randen; voer functionele verrijking uit van een genset over Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro en meer met p-waarden en false-discovery rates; en score homologie tussen eiwitten. Bestrijkt 12.000+ organismen (standaard mens, NCBI taxon 9606). Ideaal voor systeembiologie- en netwerkbiologie-pijplijnen, genset- en pathway-analyse, geneesmiddeldoelwit- en ziektegenonderzoek, en bioinformatica-dashboards.
api.oanor.com/string-api
Genome Assemblies API
Referentie-genoomassemblages als een API — aangedreven door NCBI Assembly, het register van genoomversies voor organismen in de hele levensboom. Zoek assemblages op organisme (of vrije tekst) en raadpleeg de metadata van elke assemblage: de accession (GCF_… RefSeq of GCA_… GenBank), naam (bijv. GRCh38.p14), organisme en taxon-id, assemblage-niveau (volledig genoom, chromosoom, scaffold of contig), contiguïteitsstatistieken (contig- en scaffold-N50), sequentiedekking, RefSeq-categorie, UCSC- en Ensembl-namen, de indienende organisatie, releasedatum en FTP-downloadpaden. Van het menselijke referentiegenoom tot elk gesequenced microbe, plant of dier, het verandert het genoomassemblage-register in een schone zoek-en-haal API. Een genoomassemblage-register — te onderscheiden van sequentie (ENA), genoomannotatie (Ensembl), variant (ClinVar, dbVar) en genexpressie (GEO) databases. Open data van NCBI Assembly (publiek domein).
api.oanor.com/genomes-api
Gene Expression API
Functionele-genomica-experimenten als een API — aangedreven door NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), de grootste openbare repository van genexpressiegegevens. GEO archiveert expressieseries en samengestelde datasets van microarray- en high-throughput-sequencing-experimenten voor elk organisme. Zoek experimenten op trefwoord en optioneel op organisme, en raadpleeg elke serie of dataset om de metadata te krijgen: titel, samenvatting, assaytype (expressieprofilering door array of door sequencing), organisme, aantal monsters, platform en de publicatie erachter. Van β-celstressstudies tot kankertranscriptomics bij mens en muis, het verandert het GEO-archief in een eenvoudige zoek-en-ophaal-API voor transcriptomics, bio-informatica en onderzoeksgegevensontdekking. Een genexpressie / functionele-genomica-datasetrepository — te onderscheiden van sequentie- (ENA), variant- (ClinVar, dbVar), structuur- (PDB) en ontologiedatabases. Open data van NCBI GEO (publiek domein).
api.oanor.com/geodatasets-api
Structural Variants API
Menselijke genomische structurele variatie als een API — aangedreven door NCBI dbVar, het archief van structurele varianten (SVs): copy-number varianten (CNVs), grote deleties, duplicaties, inserties, inversies en translocaties, typisch groter dan 50 basenparen. Dit is de structurele tegenhanger van single-nucleotide variant databases: zoek naar structurele varianten die een gen overlappen (of via vrije tekst) en verkrijg de dbVar-accessie van elke variant, de studie waar deze vandaan komt, het type, de genen die het overlapt, de genomische plaatsing op GRCh38 en de klinische significantie; zoek vervolgens elke variant op voor het volledige record — plaatsingen op zowel GRCh37- als GRCh38-assemblages, varianttype, genen, klinische significantie, studietype, methoden en varianttellingen. Van BRCA1 CNVs tot Cri-du-chat deleties, het is ideaal voor genomica, cytogenetica, zeldzame ziekten en bioinformatica werk. Een structurele variatie / CNV-bron — anders dan klinische single-nucleotide variant interpretatie (ClinVar), populatie allelfrequenties (gnomAD) en eigenschapsassociaties (GWAS). Open data van NCBI dbVar (publiek domein).
api.oanor.com/dbvar-api
Veelgestelde vragen
Snelle antwoorden over prijzen, quota's en integratie.
Hoe krijg ik een API-sleutel voor Protein Interactions API?
Wat is de rate-limit voor Protein Interactions API?
Wat kost Protein Interactions API?
Kan ik mijn abonnement op elk moment opzeggen?
Voldoet Protein Interactions API aan de AVG?
Kies een eindpunt uit de lijst aan de linkerkant om de details ervan te bekijken en het te proberen.
Codefragmenten
Meld u aan om een API-sleutel te krijgen en roep vervolgens een pad onder uw naaktslak aan.
curl https://api.oanor.com/stringdb-api/SOME_PATH \
-H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/stringdb-api/SOME_PATH", {
headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/stringdb-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
"https://api.oanor.com/stringdb-api/SOME_PATH",
headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())
Beoordelingen
Log in om te beoordelen.
Nog geen beoordelingen.
Discussie
Stel vragen, deel tips, krijg antwoorden van de aanbieder en andere ontwikkelaars. Openbaar — iedereen kan meelezen.
Meld je aan om te schrijven of te antwoorden.
InloggenNieuwe discussie
·
-
Antwoord van aanbieder
🔒 Deze discussie is vergrendeld — geen nieuwe antwoorden.
-
·
- Nog geen discussies — start de eerste.
Support
Privé 1:1-support met de aanbieder — facturatie, integratie, account. Alleen jij en het aanbiedersteam zien deze threads.
Meld je aan om een supportticket te openen.
InloggenNieuw ticket openen
Beschrijf waar je hulp bij nodig hebt. Het team krijgt een mail en antwoordt op de ticketpagina.
-
·
Urgent - Nog geen tickets voor deze API.