BioSamples API
BioSamples als API, aangedreven door EMBL-EBI — de database die de metadata van biologische monsters opslaat en koppelt, de fysieke specimens achter biologische experimenten. Een monster in BioSamples heeft een stabiele toegang (zoals SAMEA3231268) en een rijke set kenmerken — organisme, weefsel of orgaandeel, celtype, geslacht, ziekte, ontwikkelingsstadium, stam en alle door de indiener verstrekte attributen — en wordt gerefereerd door andere EBI-archieven, waaronder het European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress en PRIDE. /v1/search?q=liver doorzoekt monsters op vrije tekst en retourneert de toegang, naam, organisme en releasedatum van elke overeenkomst. /v1/sample?id=SAMEA3231268 retourneert de metadata van een monster — de toegang, naam, NCBI-taxon-id, organisme, release- en updatedatums, het aantal relaties met andere monsters, en de kenmerken afgevlakt tot een schone sleutel→waarde-kaart. Toegangen zien eruit als SAMEA…, SAMN… of SAMD…; haal er een uit het zoekendpoint. Ideaal voor levenswetenschappelijke data-integratie, monstertracking, metadata-harmonisatie en het koppelen van sequencing- of expressiegegevens terug naar het oorspronkelijke specimen. Gegevens van EMBL-EBI BioSamples (openbaar). Dit is een biologisch-monster-metadataregister — te onderscheiden van studie- (BioStudies), sequentie- (ENA), variant- (ClinVar) en structuurdatabases.
api.oanor.com/biosamples-api
