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BioSamples als API, betrieben von EMBL-EBI – die Datenbank, die die Metadaten biologischer Proben speichert und verknüpft, die physischen Exemplare hinter biologischen Experimenten. Eine Probe in BioSamples trägt eine stabile Zugangsnummer (wie SAMEA3231268) und eine umfangreiche Reihe von Merkmalen – Organismus, Gewebe oder Organbestandteil, Zelltyp, Geschlecht, Krankheit, Entwicklungsstadium, Stamm und alle vom Einreicher bereitgestellten Attribute – und wird von anderen EBI-Archiven referenziert, darunter das European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress und PRIDE. /v1/search?q=liver durchsucht Proben nach Freitext und gibt für jede Übereinstimmung die Zugangsnummer, den Namen, den Organismus und das Veröffentlichungsdatum zurück. /v1/sample?id=SAMEA3231268 gibt die Metadaten einer Probe zurück – ihre Zugangsnummer, ihren Namen, die NCBI-Taxon-ID, den Organismus, das Veröffentlichungs- und Aktualisierungsdatum, die Anzahl der Beziehungen zu anderen Proben und ihre Merkmale, reduziert auf eine saubere Schlüssel→Wert-Zuordnung. Zugangsnummern sehen aus wie SAMEA…, SAMN… oder SAMD…; erhalten Sie eine vom Such-Endpunkt. Ideal für die Integration lebenswissenschaftlicher Daten, Probenverfolgung, Metadatenharmonisierung und die Verknüpfung von Sequenzierungs- oder Expressionsdaten mit ihrem Ursprungsexemplar. Daten von EMBL-EBI BioSamples (öffentlich). Dies ist ein Register für biologische Probenmetadaten – zu unterscheiden von Studien- (BioStudies), Sequenz- (ENA), Varianten- (ClinVar) und Strukturdatenbanken.

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BioStudies als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – die Datenbank, die die Beschreibungen biologischer Studien enthält und ihre Daten über EBI-Ressourcen hinweg verknüpft, einschließlich Bildgebung (BioImage Archive), funktioneller Genomik (ArrayExpress), Proteomik und der Literatur (Europe PMC). Jede Studie hat eine Accession, einen Titel und ein Abstract, die Sammlung, zu der sie gehört, sowie Links zu ihren zugrunde liegenden Daten und Publikationen. /v1/search?query=covid durchsucht die Studien und gibt für jede Übereinstimmung die Accession (z. B. S-EPMC8017430), den Titel, den Autor, den Studientyp, das Veröffentlichungsdatum und die Anzahl der Links/Dateien zurück. /v1/study?id=S-EPMC8017430 gibt die Metadaten einer Studie zurück – ihre Accession, die Sammlung, zu der sie gehört (wie EuropePMC, ArrayExpress oder BioImages), Titel, Abstract, Veröffentlichungsdatum, Autoren und die Anzahl der verknüpften Ressourcen. Accessions sehen aus wie S-EPMC8017430 oder S-BSST123; eine davon erhalten Sie vom Such-Endpunkt. Ideal für die Entdeckung von Forschungsdaten, die Verknüpfung von Literatur mit ihren zugrunde liegenden Datensätzen, systematische Übersichtsarbeiten und Reproduzierbarkeits-Tools. Daten von EMBL-EBI BioStudies (öffentlich). Dies ist ein Index für Studien- und Datensatz-Metadaten – unterscheidet sich von den Sequenz- (UniProt, ENA), Struktur- (PDB, EMDB), Varianten- (ClinVar) und Ontologie-Datenbanken.

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Das European Nucleotide Archive (ENA) als API, betrieben von EMBL-EBI – einem der drei INSDC-Partner neben NCBI GenBank und DDBJ und dem umfassenden öffentlichen Archiv der weltweiten Nukleotidsequenzdaten. ENA enthält rohe Sequenzierungs-Reads, assemblierte und annotierte Genome, einzelne Sequenzen, biologische Proben und die zugrunde liegenden Studien für alle Bereiche des Lebens – die grundlegende Ressource für Genomik, Mikrobiologie, Ökologie, Evolution und klinische Forschung. Diese API bietet einen klaren dreistufigen Workflow über dieses Archiv. Zunächst löst /v1/taxon einen Organismennamen (z. B. „Homo sapiens“) in seine NCBI-Taxon-ID, den wissenschaftlichen Namen, den taxonomischen Rang und die vollständige Abstammungslinie auf – oder sucht ein Taxon direkt anhand der ID. Dann durchsucht /v1/search das Archiv nach den Datensätzen dieses Taxons eines gewählten Typs: Genomassemblierungen (mit Assemblierungsname, -stufe und Basenzahl), Sequenzierungsläufe (mit Plattform, Instrument und Read-Zahlen), biologische Proben (mit Sammeldatum und Land), annotierte Sequenzen, Read-Experimente, Analysen, kodierende und nicht-kodierende Sequenzen sowie Studien – standardmäßig einschließlich aller abgeleiteten Taxa oder auf das genaue Taxon beschränkt. Schließlich gibt /v1/record eine Zusammenfassung für jede ENA-Accession zurück – Assemblierungen (GCA_…), Studien und Projekte (PRJ…), Proben (SAM…/ERS…), Sequenzierungsläufe (ERR…/SRR…) und Sequenzen – mit Titel, Datentyp, Taxon, wissenschaftlichem Namen, Basis- und Sequenzzahlen sowie öffentlichem Status. Ideal für Bioinformatik-Pipelines, Genomdaten-Entdeckung, Ernte von Sequenzierungsmetadaten, Biodiversitäts- und Metagenomik-Tools sowie Forschungsreproduzierbarkeit. Taxon-IDs sehen aus wie 9606 (Mensch); Accessions wie GCA_000001405. Daten von EMBL-EBI ENA, einem INSDC-Archiv, kostenlos nutzbar.

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MGnify als API, betrieben von EMBL-EBI – der weltweit größten kostenlosen Ressource für die Analyse und Archivierung von Mikrobiom-Sequenzierungsdaten und der metagenomischen Schwester von PRIDE (Proteomik) und MetaboLights (Metabolomik). MGnify enthält Zehntausende öffentlicher Metagenomik- und Metabarcoding-Studien, die das menschliche Darmmikrobiom, Meeres- und Süßwasserumgebungen, Böden, Abwasser, die gebaute Umwelt und wirtsassoziierte Gemeinschaften abdecken. Durchsuchen Sie die Studien nach Stichworten und erhalten Sie die MGnify-Zugangsnummer (MGYS...), den Namen, die Zusammenfassung, das Biom, die Probenanzahl und das zugrunde liegende Sequenzierungs-BioProject jeder Studie; lesen Sie die vollständigen Metadaten einer Studie, einschließlich Name und Zusammenfassung, Biom-Klassifizierung, Anzahl der Proben, einreichendes Zentrum, öffentlicher Status, Datenherkunft und Datum der letzten Aktualisierung; und durchsuchen Sie den GOLD-ähnlichen Biom-Klassifizierungsbaum – von root:Host-associated:Human:Digestive system bis root:Environmental:Aquatic:Marine – mit Proben- und Studienanzahlen pro Biom, zur Entdeckung nach Umgebung. Ideal für Mikrobiom- und Umweltgenomik-Forschung, Datennutzung und Metaanalyse, Bioinformatik-Pipelines und Lehre. Studienzugänge sehen aus wie MGYS00006862. Daten von EMBL-EBI MGnify.

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Cellosaurus als API, bereitgestellt vom SIB Swiss Institute of Bioinformatics – die Referenz-Enzyklopädie für Zelllinien, die in der biomedizinischen Forschung verwendet werden. Mit mehr als 150.000 Einträgen, die Krebszelllinien, Hybridome, induzierte pluripotente Stammzellen und Linien von Hunderten von Arten umfassen, ist Cellosaurus der maßgebliche Katalog, den Forscher verwenden, um die Zelllinien hinter veröffentlichten Experimenten zu identifizieren und zu validieren. Durchsuchen Sie die Zelllinien nach Name oder Stichwort und erhalten Sie für jede Linie die Cellosaurus-Accession (CVCL_…), Name, Kategorie, Spezies und Krankheit; und lesen Sie den vollständigen Datensatz einer Zelllinie – ihren Namen und Synonyme, Kategorie (z. B. Krebszelllinie, Hybridom, Stammzelle), Spezies mit NCBI-Taxonomie-ID, Geschlecht, Alter, die Krankheit, von der sie stammt, mit NCIt/Ontologie-Identifikatoren, das Gewebe oder die anatomische Herkunftsstelle, ihre Elternzelllinie und die Anzahl der abgeleiteten Tochterlinien, die Anzahl der Literaturreferenzen und die vielen Querverweise (zu ATCC, DSMZ, ECACC, Wikidata und mehr), relevante Webseiten und – entscheidend für die Reproduzierbarkeit der Forschung – ob die Linie als PROBLEMATISCH markiert ist, was bedeutet, dass sie falsch identifiziert oder kreuzkontaminiert wurde, zusammen mit den erklärenden Anmerkungen. Ideal für Laborkontrolle und Zelllinienauthentifizierung, biomedizinische und Krebsforschung, Datenkuratierung und Reproduzierbarkeitsprüfungen. Accessions sehen aus wie CVCL_0030 (HeLa). Daten von Cellosaurus (CC-BY 4.0).

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Die AlphaFold-Proteinstrukturdatenbank als API, bereitgestellt von EMBL-EBI und Google DeepMind. AlphaFold sagt die dreidimensionale Struktur eines Proteins aus seiner Aminosäuresequenz mit experimenteller Genauigkeit voraus, und die Datenbank umfasst jetzt über 200 Millionen Proteine – nahezu jede Sequenz in UniProt. Rufen Sie das AlphaFold-Modell für jedes Protein anhand seiner UniProt-Zugangsnummer ab und erhalten Sie dessen Gen- und Proteinbeschreibung, Organismus und Sequenzlänge, Modellversion und Erstellungsdatum, den globalen Konfidenzwert, die vollständige Aminosäuresequenz sowie direkte Download-Links zur vorhergesagten Struktur als mmCIF, PDB und BinaryCIF zusammen mit dem Bild und den Daten des vorhergesagten Ausrichtungsfehlers (PAE); und lesen Sie die strukturelle Abdeckung eines Proteins – die vorhergesagten AlphaFold-Modelle und alle verknüpften Strukturen mit ihrem Anbieter, ihrer Modellkategorie, ihrer Methode und dem abgedeckten UniProt-Restbereich. Ideal für Strukturbiologie, Wirkstoffforschung und Zielbewertung, Protein-Engineering, molekulare Visualisierung und Lehre. Proteine werden durch UniProt-Zugangsnummern identifiziert (z. B. P00520 oder P38398). Daten aus der AlphaFold DB (CC-BY 4.0). Für experimentell bestimmte 3D-Strukturen siehe die PDB API, für Proteinsequenzen und funktionale Annotation die UniProt API und für Familien & Domänen InterPro.

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Das Complex Portal als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – eine manuell kuratierte, enzyklopädische Datenbank stabiler makromolekularer Komplexe: Ansammlungen von zwei oder mehr Proteinen (und manchmal Nukleinsäuren, Liganden oder kleinen Molekülen), die als eine einzige funktionelle Einheit zusammenarbeiten, wie Ribosomen, Proteasomen, RNA- und DNA-Polymerasen, das Spleißosom, Atmungskettenkomplexe und Tausende weitere in vielen Spezies. Durchsuchen Sie die Komplexe nach Stichwort und optional nach Organismus, und erhalten Sie für jeden Komplex die Complex Portal-Zugangsnummer (CPX-…), den Namen, den Organismus, die Beschreibung und ob er rechnerisch vorhergesagt ist; lesen Sie den vollständigen kuratierten Datensatz eines Komplexes, einschließlich seiner empfohlenen und systematischen Namen, Synonyme, Spezies, biologischen Funktion, der beteiligten Untereinheiten jeweils mit ihrer Molekülkennung (z. B. einer UniProt-Zugangsnummer) und Stöchiometrie, aller zugehörigen Liganden und Krankheiten, des Evidenztyps und Querverweisen zu UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata und mehr; und rufen Sie nur die Untereinheitenzusammensetzung eines Komplexes ab. Ideal für Struktur- und Systembiologie, Signalweg- und Netzwerkanalyse, Proteinfunktionsforschung und Bioinformatik-Pipelines. Komplexzugänge sehen aus wie CPX-6036. Daten vom EMBL-EBI Complex Portal (IMEx-Konsortium, CC-BY). Für Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke siehe die STRING API, für Proteinsequenzen UniProt, für biologische Signalwege Reactome und für Familien & Domänen InterPro.

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Die Rfam-Datenbank nicht-codierender RNA-Familien als API, bereitgestellt von EMBL-EBI. Rfam gruppiert funktionelle RNAs, die einen gemeinsamen evolutionären Ursprung haben, in Familien, die jeweils durch ein Kovarianzmodell modelliert werden, das aus einem kuratierten Seed-Alignment und einer Sekundärstruktur erstellt wurde. Durchsuchen Sie die Familien nach Name, Beschreibung oder RNA-Typ — Riboschalter und andere cis-regulatorische Elemente, Ribozyme, microRNA-Familien, ribosomale RNAs, Transfer-RNAs, kleine nukleäre und kleine nukleoläre RNAs, lange nicht-codierende RNAs und CRISPR-Direct-Repeats — und erhalten Sie die Rfam-Accession, den Namen, die Beschreibung, den RNA-Typ und die Kuratoren jeder Familie; lesen Sie den vollständigen Eintrag einer Familie einschließlich ihrer Beschreibung, RNA-Typ-Klassifizierung, der Kuratoren, die sie erstellt haben, der Anzahl der Sequenzen in ihren vollständigen und Seed-Alignments, der Strukturquelle, des Kuratorenkommentars, des Clans (Gruppe verwandter Familien), zu dem sie gehört, und der Rfam-Version; und durchsuchen Sie die Familien nach RNA-Klasse. Ideal für RNA-Biologie, Bioinformatik-Pipelines, Annotation nicht-codierender RNAs, vergleichende Genomik und Lehre. Familien-Accessions sehen aus wie RF00005 (Transfer-RNA). Daten von EMBL-EBI Rfam. Für Proteinfamilien und -domänen siehe die InterPro API, für Proteinsequenzen UniProt, für Proteomik-Datensätze PRIDE und für Metabolomik MetaboLights.

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MetaboLights als API, bereitgestellt von EMBL-EBI — dem weltweit führenden offenen Repositorium für Metabolomik-Experimente (NMR-Spektroskopie und Massenspektrometrie) und einer Schwesterressource zu PRIDE für Proteomik. Durchsuchen Sie die öffentlichen Metabolomik-Studien nach Stichwort (Rückgabe der Zugangsnummer, des Titels, der Beschreibung und des Organismus jeder Studie); lesen Sie die vollständigen Metadaten einer Studie einschließlich ihrer Zusammenfassung, ihres Status, ihrer Einreichungs- und Veröffentlichungsdaten, der Studiendesign-Deskriptoren, der experimentellen Faktoren, der analytischen Assays mit ihrem Messtyp, ihrer Technologie und Plattform, der Mitwirkenden und ihrer Rollen, der verknüpften Publikationen mit DOI- und PubMed-Identifikatoren, der Einreicher, der Probenanzahl, der FTP-Download-URL und der Datenlizenz; überprüfen Sie den analytischen Workflow — jedes Protokoll mit seinem Namen, Typ, Beschreibung und Parametern (Probenahme, Extraktion, Chromatographie, NMR/MS-Spektroskopie, Datentransformation und Metabolitenidentifikation); und listen Sie die untersuchten Organismen und Organismusteile mit ihren Ontologiebegriffen auf. Ideal für Metabolomik- und Systembiologie-Forschung, Datennutzung und Metaanalyse, Bioinformatik-Pipelines und Tools, die experimentelle Evidenz integrieren. Studienzugangsnummern sehen aus wie MTBLS1. Daten von EMBL-EBI MetaboLights.

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Europe PMC als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – ein offenes Repository für biomedizinische und lebenswissenschaftliche Literatur mit über 45 Millionen Abstracts und über 9 Millionen Volltextartikeln aus PubMed, PubMed Central, Preprint-Servern (bioRxiv und medRxiv), Patenten und Agricola. Durchsuchen Sie die Literatur mit einer umfangreichen Feldsyntax (nach Autor, Titel, Zeitschrift, MeSH-Begriff, Veröffentlichungsjahr oder Open-Access-Status), ordnen Sie Ergebnisse nach Relevanz, Datum oder Zitationsanzahl und beschränken Sie sich optional nur auf Preprints; lesen Sie die vollständigen Metadaten und Abstracts eines Artikels – seine Autoren, Zeitschrift, Band und Seiten, DOI, PubMed- und PMC-IDs, MeSH-Begriffe, Schlüsselwörter, Förderzuschüsse und Links zum freien Volltext; und durchlaufen Sie das Zitationsnetzwerk in beide Richtungen: die Artikel, die ein bestimmtes Papier zitieren, und die Werke, auf die dieses Papier selbst verweist. Zusammen ermöglichen diese Funktionen die Messung wissenschaftlicher Wirkung, die Erstellung von Zitationsgraphen, die Verfolgung eines Forschungsthemas über Preprints und begutachtete Artikel hinweg sowie die Bereitstellung von Belegen für bibliometrische, systematische Überprüfungs- und Forschungsintelligenz-Tools. Artikelkennungen sind PubMed-IDs (numerisch), PMC-IDs (PMC…) oder Preprint-IDs (PPR…); die Quelle ist standardmäßig PubMed (MED). Daten von EMBL-EBI Europe PMC.

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Das PRIDE-Proteomik-Archiv als API, betrieben vom EMBL-EBI PRIDE Archive – dem weltweit größten öffentlichen Repository für Massenspektrometrie-Proteomikdaten und Gründungsmitglied von ProteomeXchange. Durchsuchen Sie öffentliche Proteomik-Experimente nach Stichwort (Rückgabe der Zugangsnummer, des Titels, der Organismen, Krankheiten und Instrumente jedes Projekts); lesen Sie die vollständigen Metadaten eines Projekts, einschließlich seiner Beschreibung, Schlüsselwörter, Organismen und Organismusteile, Massenspektrometrie-Instrumente, Software, identifizierte Proteinmodifikationen, Proben- und Datenverarbeitungsprotokolle, Einreicher, Zugehörigkeiten und die verknüpfte Publikation (DOI und PubMed); listen Sie die Datendateien eines Projekts mit ihrer Kategorie, ihrem Format, ihrer Größe und einem direkten Download-Link auf; und erkunden Sie Facetten – die Krankheiten, Organismen, Instrumente, Experimenttypen, Software und Länder, die in übereinstimmenden Projekten vertreten sind – zur Entdeckung. Ideal für Proteomik- und Systembiologie-Forschung, Datensatz-Wiederverwendung und Metaanalyse, Bioinformatik-Pipelines und Tools, die experimentelle Evidenz integrieren. Projektzugangsnummern sehen aus wie PXD000001. Daten von EMBL-EBI.

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Proteinfamilien, Domänen und funktionelle Stellen als API, unterstützt durch die EBI InterPro-Datenbank. InterPro klassifiziert Proteine in Familien und identifiziert die Domänen, Wiederholungen und wichtigen Stellen, die sie enthalten, indem es die prädiktiven Signaturen vieler Mitgliedsdatenbanken (Pfam, SMART, PROSITE, CDD, PANTHER, SUPERFAMILY, NCBIfam und mehr) in einer einzigen integrierten Ressource zusammenfasst. Suchen Sie einen InterPro-Eintrag – eine Familie, Domäne, Wiederholung, konservierte/bindende/aktive Stelle oder posttranslationale Modifikation – mit seiner Beschreibung, Gene-Ontology-Begriffen und den Signaturen der Mitgliedsdatenbanken, die ihn definieren; durchsuchen Sie Einträge nach Name und Typ; lesen Sie die Metadaten eines Proteins; und, am nützlichsten, listen Sie die InterPro-Einträge auf, die auf einem Protein gefunden werden, zusammen mit ihren Start- und Endpositionen, sodass Sie die Domänenarchitektur eines Proteins sehen können. Ideal für Proteinannotation und Funktionsvorhersage, vergleichende Genomik, strukturbiologische und bioinformatische Pipelines sowie Forschungs- und Lehrmittel. Eintrags-IDs sind IPR gefolgt von sechs Ziffern; Protein-IDs sind UniProt-Zugriffsnummern. Daten von EMBL-EBI.

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Arzneimittelziel-Krankheits-Assoziationen als API, unterstützt durch die Open Targets Platform. Open Targets integriert Humangenetik, Genomik, Transkriptomik, bekannte Arzneimittel, Tiermodelle und die wissenschaftliche Literatur, um systematisch zu bewerten, wie stark ein Ziel (Gen/Protein) mit einer Krankheit assoziiert ist – die Evidenz, die der modernen Arzneimittelforschung zugrunde liegt. Durchsuchen Sie Ziele, Krankheiten und Arzneimittel; lesen Sie ein Ziel für sein zugelassenes Symbol, seinen Biotyp, seine Funktion, seinen genomischen Standort und seine UniProt-IDs zusammen mit den Krankheiten, mit denen es am stärksten assoziiert ist, und deren Gesamtassoziationswerten; lesen Sie eine Krankheit für ihre Beschreibung, therapeutische Bereiche und ihre wichtigsten assoziierten Ziele mit Bewertungen; und lesen Sie ein Arzneimittel für seine Modalität, das maximale klinische Stadium, Handelsnamen, Synonyme und Wirkmechanismen. Ideal für Arzneimittelfindungs- und Zielidentifikationspipelines, therapeutische Bereichsforschung, biomedizinische Datenwissenschaft und Pharma-Intelligenz-Tools. Ziel-IDs sind Ensembl-Gen-IDs, Krankheits-IDs sind EFO/MONDO/Orphanet-IDs, Arzneimittel-IDs sind ChEMBL-IDs. Daten sind offen (CC0).

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Populationsgenetik als API, unterstützt durch das gnomAD (Genome Aggregation Database) des Broad Institute — Allelfrequenzen und Genconstraint aggregiert aus über 800.000 menschlichen Exomen und Genomen. Schlagen Sie die Constraint-Werte eines Gens nach (pLI, LOEUF, beobachtete vs. erwartete Loss-of-Function, Missense Z) und die genomische Position; erhalten Sie die Allelfrequenzen einer Variante aufgeschlüsselt nach Abstammungspopulation (Afrikaner/Afroamerikaner, gemischte Amerikaner, aschkenasische Juden, Ostasiaten, Finnen, nicht-finnische Europäer, Südasiaten, Naher Osten…) sowohl über Genom- als auch Exom-Callsets, mit rsIDs, Homozygotenzahlen und vorhergesagten Konsequenzen; suchen Sie Gene nach Symbol; lesen Sie die Constraint eines Transkripts; und listen Sie die Varianten in einer kleinen genomischen Region auf. Unterstützt GRCh38 und GRCh37 sowie die gnomAD v4/v3/v2-Datensätze. Ideal für klinische und Populationsgenetik, Varianteninterpretation und -priorisierung, seltene Krankheiten und Pharmakogenomik-Forschung sowie Bioinformatik-Pipelines. Varianten-IDs sind chrom-pos-ref-alt.

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Die STRING-Protein-Protein-Interaktionsdatenbank als API – das kuratierte und vorhergesagte Netzwerk funktionaler Assoziationen zwischen Proteinen, unterstützt durch die offizielle STRING API. Lösen Sie Gen- oder Proteinnamen in STRING-Identifikatoren mit Annotationen auf; erhalten Sie die wichtigsten Interaktionspartner eines Proteins mit einem kombinierten Konfidenzwert und kanalspezifischen Evidenzen (experimentell, kuratierte Datenbanken, Co-Expression, Text-Mining, Genfusion, Nachbarschaft und Co-Occurrence); erstellen Sie das Interaktionsnetzwerk zwischen einer Gruppe von Proteinen als bewertete Kanten; führen Sie eine funktionale Anreicherung eines Gensets über Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro und mehr mit p-Werten und False-Discovery-Raten durch; und bewerten Sie die Homologie zwischen Proteinen. Deckt über 12.000 Organismen ab (Standard Mensch, NCBI-Taxon 9606). Ideal für Systembiologie- und Netzwerkbiologie-Pipelines, Gen-Set- und Pathway-Analysen, Drug-Target- und Krankheitsgen-Forschung sowie Bioinformatik-Dashboards.

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Die ChEMBL-Datenbank bioaktiver Moleküle als API – die manuell kuratierte Wissensdatenbank des EBI für wirkstoffähnliche Verbindungen und deren biologische Aktivität, betrieben durch die offizielle ChEMBL-Daten-API. Suchen Sie eine Verbindung anhand ihrer ChEMBL-ID nach ihrer Entwicklungsphase, chemischen Struktur (SMILES, InChIKey), Summenformel und Molekulargewicht, berechneten Eigenschaften (ALogP, polare Oberfläche, Wasserstoffbrückendonoren/-akzeptoren, Rule-of-Five-Verstöße, QED-Wirkstoffähnlichkeit) und Synonymen; suchen Sie Verbindungen nach Namen; lesen Sie ein biologisches Target mit seinem Organismus und den UniProt-Proteinkomponenten; listen Sie die Wirkmechanismen eines Arzneimittels auf; listen Sie seine zugelassenen und in der Erprobung befindlichen Indikationen (MeSH- und EFO-Begriffe mit Entwicklungsphase) auf; und rufen Sie seine gemessenen Bioaktivitäten (IC50, Ki, EC50, Potenz…) mit Werten, Einheiten, pChEMBL-Scores, Assays und Targets ab. Ideal für Wirkstoffforschungs- und Cheminformatik-Pipelines, medizinisch-chemische und pharmakologische Werkzeuge, Target-Identifikation und SAR-Forschung sowie lebenswissenschaftliche Anwendungen.

api.oanor.com/chembl-api

Die Reactome-Pathway-Wissensdatenbank als API — die offene, begutachtete Datenbank biologischer Pathways und Reaktionen, betrieben durch den offiziellen Reactome ContentService. Durchsuchen Sie das kuratierte Archiv von Pathways, Reaktionen und Molekülen; lesen Sie jede Entität anhand ihrer stabilen Reactome-ID (ein Pathway, eine Reaktion, ein Komplex oder ein Protein: Name, Typ, Spezies, Kompartimente, Zusammenfassung und Krankheitsflag); listen Sie die Ereignisse (Unter-Pathways und Reaktionen) auf, die in einem Pathway enthalten sind; listen Sie die Moleküle auf, die an einem Pathway oder einer Reaktion teilnehmen, mit ihren Referenzkennungen; erhalten Sie die Top-Level-Pathways für jeden Modellorganismus; ordnen Sie ein UniProt-Protein den Pathways zu, an denen es beteiligt ist; und listen Sie die unterstützten Spezies auf. Deckt den Menschen und über 15 Modellorganismen ab, darunter Stoffwechsel, Signaltransduktion, Zellzyklus, Immunsystem, Krankheiten und mehr. Ideal für Systembiologie- und Bioinformatik-Pipelines, Pathway-Anreicherungs- und Wirkstoff-Target-Tools, biomedizinische Forschungs-Apps, Lehrmaterialien und Life-Science-Chatbots.

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Die Ensembl-Genomdatenbank als API, betrieben durch den offiziellen Ensembl-REST-Dienst von EMBL-EBI. Suchen Sie jedes Gen nach Symbol oder Ensembl-Stable-ID für seinen Biotyp, genomischen Standort, Strang, Beschreibung und Transkripte; lösen Sie jedes Feature (Gen, Transkript, Exon) nach Stable-ID auf; rufen Sie externe Datenbank-Referenzen ab; holen Sie Sequenzvarianten nach rsID mit ihren Allelen, schwerwiegendster Konsequenz, Minor-Allel-Frequenz, klinischer Signifikanz und genomischen Zuordnungen; listen Sie die Gene, Transkripte, Exons, Variationen oder Repeats, die eine genomische Region überlappen; rufen Sie genomische, cDNA-, CDS- oder Proteinsequenzen nach ID ab; und lesen Sie Genom-Assembly-Metadaten einschließlich Karyotyp und Chromosomenlängen. Über menschliche, Maus- und 300+ Wirbeltierarten. Ideal für Bioinformatik-Pipelines, Genom-Browser und Variantenannotationswerkzeuge, Genetikforschungs-Apps, klinische Genomik-Dashboards und Life-Science-Chatbots.

api.oanor.com/ensembl-api

Die UniProt-Proteindatenbank als API, betrieben durch den offiziellen UniProt-REST-Dienst, kuratiert von EMBL-EBI, SIB und PIR. Schlagen Sie jedes Protein nach seiner UniProt-Accession nach, um Protein- und Gennamen, Organismus, Länge, Masse, Funktion, Schlüsselwörter, Gene-Ontology-(GO)-Begriffe und verknüpfte PDB-3D-Strukturen zu erhalten; führen Sie Volltext-Proteinsuchen durch, gefiltert nach Organismus (NCBI-Taxon-ID) und Swiss-Prot-Review-Status; rufen Sie Aminosäuresequenzen mit FASTA, Molekulargewicht und CRC64-Prüfsumme ab; listen Sie Sequenzmerkmale wie Signalpeptide, Ketten, Domänen, aktive und Bindungsstellen, modifizierte Reste und natürliche Varianten auf, mit einer Aufschlüsselung nach Typ; lösen Sie NCBI-Taxonomieknoten mit ihrer vollständigen Abstammungslinie auf; und ziehen Sie Referenzproteome mit Proteinzahlen und Genom-Assembly-IDs. Über alle Reiche des Lebens hinweg, vom Menschen bis zu Bakterien. Ideal für Bioinformatik-Pipelines, Wirkstoffforschungs- und Proteomik-Tools, Sequenzanalyse-Dashboards, akademische Forschungs-Apps und Life-Science-Chatbots.

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