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BioSamples como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que almacena y vincula los metadatos de muestras biológicas, los especímenes físicos detrás de los experimentos biológicos. Una muestra en BioSamples lleva un acceso estable (como SAMEA3231268) y un rico conjunto de características — organismo, tejido o parte del organismo, tipo celular, sexo, enfermedad, etapa de desarrollo, cepa y cualquier atributo proporcionado por el remitente — y es referenciada por otros archivos de EBI, incluidos el Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA), ArrayExpress y PRIDE. /v1/search?q=liver busca muestras por texto libre y devuelve el acceso, nombre, organismo y fecha de publicación de cada coincidencia. /v1/sample?id=SAMEA3231268 devuelve los metadatos de una muestra — su acceso, nombre, ID de taxón de NCBI, organismo, fechas de publicación y actualización, el número de relaciones con otras muestras, y sus características aplanadas en un mapa limpio clave→valor. Los accesos tienen el formato SAMEA…, SAMN… o SAMD…; obtenga uno desde el endpoint de búsqueda. Ideal para integración de datos de ciencias de la vida, seguimiento de muestras, armonización de metadatos y vinculación de datos de secuenciación o expresión con su espécimen fuente. Datos de EMBL-EBI BioSamples (público). Este es un registro de metadatos de muestras biológicas — distinto de las bases de datos de estudios (BioStudies), secuencias (ENA), variantes (ClinVar) y estructuras.

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BioStudies como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que contiene las descripciones de estudios biológicos y enlaza sus datos a través de los recursos de EBI, incluyendo imágenes (BioImage Archive), genómica funcional (ArrayExpress), proteómica y la literatura (Europe PMC). Cada estudio tiene un acceso, un título y resumen, la colección a la que pertenece y enlaces a sus datos subyacentes y publicaciones. /v1/search?query=covid busca en los estudios y devuelve el acceso de cada coincidencia (ej. S-EPMC8017430), título, autor, tipo de estudio, fecha de publicación y recuentos de enlaces/archivos. /v1/study?id=S-EPMC8017430 devuelve los metadatos de un estudio — su acceso, la colección a la que pertenece (como EuropePMC, ArrayExpress o BioImages), título, resumen, fecha de publicación, autores y el número de recursos enlazados. Los accesos tienen el formato S-EPMC8017430 o S-BSST123; obtenga uno del endpoint de búsqueda. Ideal para el descubrimiento de datos de investigación, vinculación de literatura con sus conjuntos de datos subyacentes, revisiones sistemáticas y herramientas de reproducibilidad. Datos de EMBL-EBI BioStudies (público). Este es un índice de metadatos de estudios y conjuntos de datos — distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructuras (PDB, EMDB), variantes (ClinVar) y ontologías.

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El Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA) como API, impulsado por EMBL-EBI — uno de los tres socios de INSDC junto con NCBI GenBank y DDBJ, y el archivo público integral de los datos de secuencias de nucleótidos del mundo. ENA contiene lecturas de secuenciación sin procesar, genomas ensamblados y anotados, secuencias individuales, muestras biológicas y los estudios detrás de ellos, para cada dominio de la vida — el recurso fundamental para genómica, microbiología, ecología, evolución e investigación clínica. Esta API proporciona un flujo de trabajo limpio de tres pasos sobre ese archivo. Primero, /v1/taxon resuelve un nombre de organismo (por ejemplo, "Homo sapiens") a su ID de taxón de NCBI, nombre científico, rango taxonómico y linaje completo — o busca un taxón directamente por ID. Luego, /v1/search consulta el archivo para los registros de ese taxón de un tipo elegido: ensamblajes de genoma (con nombre de ensamblaje, nivel y recuento de bases), ejecuciones de secuenciación (con plataforma, instrumento y recuentos de lecturas), muestras biológicas (con fecha de recolección y país), secuencias anotadas, experimentos de lectura, análisis, secuencias codificantes y no codificantes, y estudios — por defecto incluyendo todos los taxones descendientes, o restringido al taxón exacto. Finalmente, /v1/record devuelve un resumen para cualquier acceso de ENA — ensamblajes (GCA_…), estudios y proyectos (PRJ…), muestras (SAM…/ERS…), ejecuciones de secuenciación (ERR…/SRR…) y secuencias — con su título, tipo de datos, taxón, nombre científico, recuentos de bases y secuencias y estado público. Ideal para pipelines bioinformáticos, descubrimiento de datos genómicos, recolección de metadatos de secuenciación, herramientas de biodiversidad y metagenómica, y reproducibilidad de la investigación. Los IDs de taxón se ven como 9606 (humano); los accesos como GCA_000001405. Datos de EMBL-EBI ENA, un archivo de INSDC, de uso gratuito.

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MGnify como API, impulsado por EMBL-EBI, el recurso gratuito más grande del mundo para el análisis y archivo de datos de secuenciación del microbioma, y la hermana metagenómica de PRIDE (proteómica) y MetaboLights (metabolómica). MGnify alberga decenas de miles de estudios públicos de metagenómica y metabarcoding que abarcan el microbioma intestinal humano, ambientes marinos y de agua dulce, suelos, aguas residuales, el entorno construido y comunidades asociadas a hospedadores. Busque estudios por palabra clave, obteniendo el acceso de MGnify de cada estudio (MGYS...), nombre, resumen, bioma, recuento de muestras y el BioProject de secuenciación de origen; lea los metadatos completos de un estudio, incluidos su nombre y resumen, clasificación del bioma, número de muestras, centro de envío, estado público, origen de los datos y fecha de última actualización; y navegue por el árbol de clasificación de biomas estilo GOLD, desde raíz:Asociado al hospedador:Humano:Sistema digestivo hasta raíz:Ambiental:Acuático:Marino, con recuentos de muestras y estudios por bioma, para descubrimiento por entorno. Ideal para investigación del microbioma y genómica ambiental, reutilización de conjuntos de datos y metaanálisis, pipelines de bioinformática y enseñanza. Los accesos de estudio se ven como MGYS00006862. Datos de EMBL-EBI MGnify.

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Cellosaurus como API, impulsado por el SIB Instituto Suizo de Bioinformática — la enciclopedia de referencia de líneas celulares utilizadas en investigación biomédica. Con más de 150,000 entradas que abarcan líneas celulares cancerosas, hibridomas, células madre pluripotentes inducidas y líneas de cientos de especies, Cellosaurus es el catálogo autorizado que los investigadores utilizan para identificar y validar las líneas celulares detrás de experimentos publicados. Busque las líneas celulares por nombre o palabra clave, obteniendo el acceso de Cellosaurus de cada línea (CVCL_…), nombre, categoría, especie y enfermedad; y lea el registro completo de una línea celular: su nombre y sinónimos, categoría (por ejemplo, línea celular cancerosa, hibridoma, célula madre), especie con ID de taxonomía de NCBI, sexo, edad, la enfermedad de la que deriva con identificadores de ontología NCIt, el tejido o sitio anatómico de origen, su línea celular parental y el número de líneas hijas derivadas, el número de referencias bibliográficas y las múltiples referencias cruzadas (a ATCC, DSMZ, ECACC, Wikidata y más), páginas web relevantes y — críticamente para la reproducibilidad de la investigación — si la línea está marcada como PROBLEMÁTICA, lo que significa que ha sido mal identificada o contaminada cruzadamente, junto con las notas explicativas. Ideal para control de calidad en laboratorio y autenticación de líneas celulares, investigación biomédica y oncológica, curación de datos y comprobaciones de reproducibilidad. Los accesos tienen el formato CVCL_0030 (HeLa). Datos de Cellosaurus (CC-BY 4.0).

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La Base de Datos de Estructuras de Proteínas AlphaFold como una API, impulsada por EMBL-EBI y Google DeepMind. AlphaFold predice la estructura tridimensional de una proteína a partir de su secuencia de aminoácidos con precisión a nivel experimental, y la base de datos ahora cubre más de 200 millones de proteínas — casi todas las secuencias en UniProt. Busca el modelo AlphaFold de cualquier proteína por su acceso UniProt y obtén su descripción de gen y proteína, organismo y longitud de secuencia, versión del modelo y fecha de creación, la métrica de confianza global, la secuencia completa de aminoácidos, y enlaces de descarga directa a la estructura predicha como mmCIF, PDB y BinaryCIF junto con la imagen y datos del gráfico de Error Alineado Predicho (PAE); y lee la cobertura estructural de una proteína — el(los) modelo(s) predicho(s) de AlphaFold y cualquier estructura vinculada con su proveedor, categoría de modelo, método y el rango de residuos de UniProt cubierto. Ideal para biología estructural, descubrimiento de fármacos y evaluación de dianas, ingeniería de proteínas, visualización molecular y enseñanza. Las proteínas se identifican por el acceso UniProt (por ejemplo P00520 o P38398). Datos de la Base de Datos AlphaFold (CC-BY 4.0). Para estructuras 3D determinadas experimentalmente, consulta la API de PDB; para secuencias de proteínas y anotación funcional, la API de UniProt; y para familias y dominios, InterPro.

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El Portal de Complejos como API, impulsado por EMBL-EBI — una base de datos enciclopédica curada manualmente de complejos macromoleculares estables: ensamblajes de dos o más proteínas (y a veces ácidos nucleicos, ligandos o moléculas pequeñas) que trabajan juntos como una unidad funcional única, como ribosomas, proteasomas, ARN y ADN polimerasas, el espliceosoma, complejos de la cadena respiratoria y miles más en muchas especies. Busque los complejos por palabra clave y opcionalmente por organismo, obteniendo el identificador de acceso del Portal de Complejos (CPX-…), nombre, organismo, descripción y si es predicho computacionalmente; lea el registro completo curado de un complejo, incluyendo sus nombres recomendados y sistemáticos, sinónimos, especie, función biológica, las subunidades participantes cada una con su identificador de molécula (por ejemplo, un identificador UniProt) y estequiometría, cualquier ligando y enfermedad asociados, el tipo de evidencia y referencias cruzadas a UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata y más; y obtenga solo la composición de subunidades de un complejo. Ideal para biología estructural y de sistemas, análisis de rutas y redes, investigación de función de proteínas y tuberías bioinformáticas. Los identificadores de acceso de complejos se ven como CPX-6036. Datos del Portal de Complejos de EMBL-EBI (consorcio IMEx, CC-BY). Para redes de interacción proteína-proteína, vea la API de STRING, para secuencias de proteínas UniProt, para rutas biológicas Reactome y para familias y dominios InterPro.

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La base de datos Rfam de familias de ARN no codificante como una API, impulsada por EMBL-EBI. Rfam agrupa ARN funcionales que comparten un origen evolutivo común en familias, cada una modelada por un modelo de covarianza construido a partir de una alineación de semillas curada y una estructura secundaria. Busque las familias por nombre, descripción o tipo de ARN — riboswitches y otros elementos cis-reguladores, ribozimas, familias de microARN, ARN ribosómicos, ARN de transferencia, ARN nucleares pequeños y ARN nucleolares pequeños, ARN largos no codificantes y repeticiones directas CRISPR — obteniendo el acceso Rfam de cada familia, nombre, descripción, tipo de ARN y curadores; lea el registro completo de una familia, incluyendo su descripción, clasificación de tipo de ARN, los curadores que la construyeron, el número de secuencias en sus alineaciones completas y de semillas, la fuente de la estructura, el comentario del curador, el clan (grupo de familias relacionadas) al que pertenece y la versión de Rfam; y navegue por las familias según la clase de ARN. Ideal para biología de ARN, pipelines bioinformáticos, anotación de ARN no codificante, genómica comparativa y enseñanza. Los accesos de las familias se ven como RF00005 (ARN de transferencia). Datos de EMBL-EBI Rfam. Para familias y dominios de proteínas, consulte la API de InterPro, para secuencias de proteínas UniProt, para conjuntos de datos de proteómica PRIDE y para metabolómica MetaboLights.

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MetaboLights como API, impulsado por EMBL-EBI — el repositorio abierto más importante del mundo para experimentos de metabolómica (espectroscopia de RMN y espectrometría de masas) y un recurso hermano de PRIDE para proteómica. Busque estudios públicos de metabolómica por palabra clave (devolviendo el acceso, título, descripción y organismo de cada estudio); lea los metadatos completos de un estudio, incluido su resumen, estado, fechas de envío y publicación, descriptores de diseño del estudio, factores experimentales, los ensayos analíticos con su tipo de medición, tecnología y plataforma, los contribuyentes y sus roles, las publicaciones vinculadas con DOI e identificadores de PubMed, remitentes, recuento de muestras, URL de descarga FTP y licencia de datos; inspeccione el flujo de trabajo analítico — cada protocolo con su nombre, tipo, descripción y parámetros (recolección de muestras, extracción, cromatografía, espectroscopia de RMN/MS, transformación de datos e identificación de metabolitos); y enumere los organismos y partes de organismos estudiados con sus términos de ontología. Ideal para investigación en metabolómica y biología de sistemas, reutilización de conjuntos de datos y metaanálisis, tuberías de bioinformática y herramientas que integran evidencia experimental. Los accesos de estudio se ven como MTBLS1. Datos de EMBL-EBI MetaboLights.

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Europe PMC como API, impulsado por EMBL-EBI — un repositorio abierto de literatura biomédica y de ciencias de la vida que cubre más de 45 millones de resúmenes y más de 9 millones de artículos a texto completo extraídos de PubMed, PubMed Central, servidores de preimpresiones (bioRxiv y medRxiv), patentes y Agricola. Busque en la literatura con una rica sintaxis de campos (por autor, título, revista, término MeSH, año de publicación o estado de acceso abierto), ordenando los resultados por relevancia, fecha o número de citas, y opcionalmente restringiendo solo a preimpresiones; lea los metadatos completos y el resumen de un artículo — sus autores, revista, volumen y páginas, DOI, identificadores de PubMed y PMC, términos MeSH, palabras clave, subvenciones de financiación y enlaces al texto completo gratuito; y recorra la red de citas en ambas direcciones: los artículos que citan un trabajo dado, y los trabajos que ese mismo artículo referencia. Juntos, estos le permiten medir el impacto académico, construir gráficos de citas, rastrear un tema de investigación a través de preimpresiones y artículos revisados por pares, y alimentar evidencia en herramientas bibliométricas, de revisión sistemática y de inteligencia de investigación. Los identificadores de artículos son IDs de PubMed (numéricos), IDs de PMC (PMC…) o IDs de preimpresiones (PPR…); la fuente predeterminada es PubMed (MED). Datos de EMBL-EBI Europe PMC.

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El archivo de proteómica PRIDE como una API, impulsado por el Archivo PRIDE de EMBL-EBI, el repositorio público más grande del mundo de datos de proteómica por espectrometría de masas y miembro fundador de ProteomeXchange. Busque experimentos públicos de proteómica por palabra clave (devolviendo el acceso, título, organismos, enfermedades e instrumentos de cada proyecto); lea los metadatos completos de un proyecto, incluida su descripción, palabras clave, organismos y partes de organismos, instrumentos de espectrometría de masas, software, las modificaciones de proteínas identificadas, protocolos de procesamiento de muestras y datos, remitentes, afiliaciones y la publicación vinculada (DOI y PubMed); enumere los archivos de datos de un proyecto con su categoría, formato, tamaño y un enlace de descarga directa; y explore facetas (las enfermedades, organismos, instrumentos, tipos de experimento, software y países representados en los proyectos coincidentes) para el descubrimiento. Ideal para investigación en proteómica y biología de sistemas, reutilización de conjuntos de datos y metaanálisis, tuberías de bioinformática y herramientas que integran evidencia experimental. Los accesos de proyecto tienen el formato PXD000001. Datos de EMBL-EBI.

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Familias de proteínas, dominios y sitios funcionales como una API, impulsada por la base de datos InterPro del EBI. InterPro clasifica las proteínas en familias e identifica los dominios, repeticiones y sitios importantes que contienen, combinando las firmas predictivas de muchas bases de datos miembro (Pfam, SMART, PROSITE, CDD, PANTHER, SUPERFAMILY, NCBIfam y más) en un único recurso integrado. Consulte una entrada de InterPro (una familia, dominio, repetición, sitio conservado/de unión/activo o modificación postraduccional) con su descripción, términos de Gene Ontology y las firmas de bases de datos miembro que la definen; busque entradas por nombre y tipo; lea los metadatos de una proteína; y, lo más útil, enumere las entradas de InterPro encontradas en una proteína junto con sus posiciones de inicio y fin, para que pueda ver la arquitectura de dominios de una proteína. Ideal para anotación de proteínas y predicción de funciones, genómica comparativa, tuberías de biología estructural y bioinformática, y herramientas de investigación y enseñanza. Los identificadores de entrada son IPR seguidos de seis dígitos; los identificadores de proteínas son accesiones de UniProt. Datos de EMBL-EBI.

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Asociaciones entre dianas farmacológicas y enfermedades como API, impulsado por la plataforma Open Targets. Open Targets integra genética humana, genómica, transcriptómica, fármacos conocidos, modelos animales y la literatura científica para puntuar sistemáticamente la fuerza de asociación entre una diana (gen/proteína) y una enfermedad — la evidencia que sustenta el descubrimiento moderno de fármacos. Busque entre dianas, enfermedades y fármacos; consulte una diana por su símbolo aprobado, biotipo, función, ubicación genómica e identificadores UniProt junto con las enfermedades con las que está más fuertemente asociada y sus puntuaciones de asociación generales; consulte una enfermedad por su descripción, áreas terapéuticas y sus principales dianas asociadas con puntuaciones; y consulte un fármaco por su modalidad, etapa clínica máxima, nombres comerciales, sinónimos y mecanismos de acción. Ideal para pipelines de descubrimiento de fármacos e identificación de dianas, investigación en áreas terapéuticas, ciencia de datos biomédicos y herramientas de inteligencia farmacéutica. Los identificadores de dianas son identificadores de genes Ensembl, los identificadores de enfermedades son identificadores EFO/MONDO/Orphanet, los identificadores de fármacos son identificadores ChEMBL. Los datos son abiertos (CC0).

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Genética de poblaciones como API, impulsada por gnomAD (Base de Datos de Agregación del Genoma) del Broad Institute: frecuencias alélicas y restricción génica agregadas de más de 800,000 exomas y genomas humanos. Consulte las puntuaciones de restricción de un gen (pLI, LOEUF, observado vs esperado de pérdida de función, missense Z) y ubicación genómica; obtenga las frecuencias alélicas de una variante desglosadas por población ancestral (africana/afroamericana, americana mixta, judía asquenazí, asiática oriental, finlandesa, europea no finlandesa, asiática meridional, medio oriental…) tanto en conjuntos de llamadas de genoma como de exoma, con rsID, recuentos de homocigotos y consecuencia prevista; busque genes por símbolo; lea la restricción de un transcrito; y enumere las variantes en una pequeña región genómica. Compatible con GRCh38 y GRCh37 y los conjuntos de datos gnomAD v4/v3/v2. Ideal para genética clínica y de poblaciones, interpretación y priorización de variantes, investigación en enfermedades raras y farmacogenómica, y pipelines bioinformáticos. Los identificadores de variantes son cromosoma-posición-alelo de referencia-alelo alternativo.

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La base de datos de interacciones proteína-proteína STRING como API — la red curada y predicha de asociaciones funcionales entre proteínas, impulsada por la API oficial de STRING. Resuelve nombres de genes o proteínas a identificadores de STRING con anotaciones; obtén los principales socios de interacción de una proteína con una puntuación de confianza combinada y evidencia por canal (experimental, bases de datos curadas, coexpresión, minería de texto, fusión génica, vecindad y co-ocurrencia); construye la red de interacción entre un conjunto de proteínas como aristas con puntuación; realiza enriquecimiento funcional de un conjunto de genes sobre Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro y más con valores p y tasas de descubrimiento falso; y puntúa homología entre proteínas. Cubre más de 12,000 organismos (por defecto humano, taxón NCBI 9606). Ideal para pipelines de biología de sistemas y biología de redes, análisis de conjuntos de genes y rutas, investigación de fármacos-diana y genes de enfermedades, y paneles de bioinformática.

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La base de datos ChEMBL de moléculas bioactivas como API — la base de conocimiento curada manualmente del EBI de compuestos similares a fármacos y su actividad biológica, impulsada por la API oficial de datos de ChEMBL. Busque un compuesto por su ID de ChEMBL para conocer su fase de desarrollo, estructura química (SMILES, InChIKey), fórmula y peso molecular, propiedades calculadas (ALogP, área de superficie polar, donantes/aceptores de enlaces de hidrógeno, violaciones de la Regla de los Cinco, similitud a fármacos QED) y sinónimos; busque compuestos por nombre; lea un objetivo biológico con su organismo y componentes proteicos de UniProt; enumere los mecanismos de acción de un fármaco; enumere sus indicaciones aprobadas y en investigación (términos MeSH y EFO con fase de desarrollo); y obtenga sus bioactividades medidas (IC50, Ki, EC50, potencia…) con valores, unidades, puntuaciones pChEMBL, ensayos y objetivos. Ideal para pipelines de descubrimiento de fármacos y quimioinformática, herramientas de química medicinal y farmacología, investigación de identificación de objetivos y SAR, y aplicaciones de ciencias de la vida.

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La base de conocimiento de rutas de Reactome como una API — la base de datos abierta y revisada por pares de rutas y reacciones biológicas, impulsada por el Reactome ContentService oficial. Busque en el archivo curado de rutas, reacciones y moléculas; lea cualquier entidad por su ID estable de Reactome (una ruta, reacción, complejo o proteína: nombre, tipo, especie, compartimentos, resumen y bandera de enfermedad); enumere los eventos (sub-rutas y reacciones) contenidos en una ruta; enumere las moléculas que participan en una ruta o reacción con sus identificadores de referencia; obtenga las rutas de nivel superior para cualquier organismo modelo; asigne una proteína UniProt a las rutas en las que participa; y enumere las especies compatibles. Cubre humanos y más de 15 organismos modelo en metabolismo, transducción de señales, ciclo celular, sistema inmunológico, enfermedades y más. Ideal para pipelines de biología de sistemas y bioinformática, herramientas de enriquecimiento de rutas y dianas farmacológicas, aplicaciones de investigación biomédica, recursos educativos y chatbots de ciencias de la vida.

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La base de datos del genoma Ensembl como API, impulsada por el servicio REST oficial de Ensembl de EMBL-EBI. Busque cualquier gen por símbolo o ID estable de Ensembl para obtener su biotipo, ubicación genómica, cadena, descripción y transcritos; resuelva cualquier característica (gen, transcrito, exón) por ID estable; obtenga referencias cruzadas de bases de datos externas; recupere variantes de secuencia por rsID con sus alelos, consecuencia más grave, frecuencia del alelo menor, significado clínico y mapeos genómicos; liste los genes, transcritos, exones, variaciones o repeticiones que se superponen con cualquier región genómica; recupere secuencias genómicas, de ADNc, CDS o de proteínas por ID; y lea metadatos del ensamblaje del genoma, incluidos el cariotipo y las longitudes de los cromosomas. En humano, ratón y más de 300 especies de vertebrados. Ideal para tuberías de bioinformática, navegadores de genoma y herramientas de anotación de variantes, aplicaciones de investigación genética, paneles de genómica clínica y chatbots de ciencias de la vida.

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La base de conocimiento de proteínas UniProt como API, impulsada por el servicio REST oficial de UniProt curado por EMBL-EBI, SIB y PIR. Busque cualquier proteína por su acceso UniProt para nombres de proteínas y genes, organismo, longitud, masa, función, palabras clave, términos de Gene Ontology (GO) y estructuras 3D de PDB vinculadas; realice búsquedas de texto completo de proteínas filtradas por organismo (ID de taxón NCBI) y estado de revisión Swiss-Prot; obtenga secuencias de aminoácidos con FASTA, peso molecular y suma de verificación CRC64; enumere características de secuencia como péptidos señal, cadenas, dominios, sitios activos y de unión, residuos modificados y variantes naturales, con un desglose por tipo; resuelva nodos de taxonomía NCBI con su linaje completo; y extraiga proteomas de referencia con recuentos de proteínas e IDs de ensamblaje del genoma. En todos los reinos de la vida, desde humanos hasta bacterias. Ideal para tuberías de bioinformática, herramientas de descubrimiento de fármacos y proteómica, paneles de análisis de secuencias, aplicaciones de investigación académica y chatbots de ciencias de la vida.

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