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ENA API

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Das European Nucleotide Archive (ENA) als API, betrieben von EMBL-EBI – einem der drei INSDC-Partner neben NCBI GenBank und DDBJ und dem umfassenden öffentlichen Archiv der weltweiten Nukleotidsequenzdaten. ENA enthält rohe Sequenzierungs-Reads, assemblierte und annotierte Genome, einzelne Sequenzen, biologische Proben und die zugrunde liegenden Studien für alle Bereiche des Lebens – die grundlegende Ressource für Genomik, Mikrobiologie, Ökologie, Evolution und klinische Forschung. Diese API bietet einen klaren dreistufigen Workflow über dieses Archiv. Zunächst löst /v1/taxon einen Organismennamen (z. B. „Homo sapiens“) in seine NCBI-Taxon-ID, den wissenschaftlichen Namen, den taxonomischen Rang und die vollständige Abstammungslinie auf – oder sucht ein Taxon direkt anhand der ID. Dann durchsucht /v1/search das Archiv nach den Datensätzen dieses Taxons eines gewählten Typs: Genomassemblierungen (mit Assemblierungsname, -stufe und Basenzahl), Sequenzierungsläufe (mit Plattform, Instrument und Read-Zahlen), biologische Proben (mit Sammeldatum und Land), annotierte Sequenzen, Read-Experimente, Analysen, kodierende und nicht-kodierende Sequenzen sowie Studien – standardmäßig einschließlich aller abgeleiteten Taxa oder auf das genaue Taxon beschränkt. Schließlich gibt /v1/record eine Zusammenfassung für jede ENA-Accession zurück – Assemblierungen (GCA_…), Studien und Projekte (PRJ…), Proben (SAM…/ERS…), Sequenzierungsläufe (ERR…/SRR…) und Sequenzen – mit Titel, Datentyp, Taxon, wissenschaftlichem Namen, Basis- und Sequenzzahlen sowie öffentlichem Status. Ideal für Bioinformatik-Pipelines, Genomdaten-Entdeckung, Ernte von Sequenzierungsmetadaten, Biodiversitäts- und Metagenomik-Tools sowie Forschungsreproduzierbarkeit. Taxon-IDs sehen aus wie 9606 (Mensch); Accessions wie GCA_000001405. Daten von EMBL-EBI ENA, einem INSDC-Archiv, kostenlos nutzbar.

#ena #nucleotide #genomics #sequencing #bioinformatics #embl-ebi #insdc #life-sciences
api.oanor.com/ena-api
API-Key holen Im Playground testen → Anbieter kontaktieren

Maschinenlesbare Spezifikation, damit KI-Agenten diese API integrieren können.

/api/ena-api/openapi.json
/api/ena-api/llms.txt

Discovery: GET /api/index.json listet alle APIs.

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Andere APIs mit überschneidenden Tags.

Genome Assemblies API

Referenz-Genomassemblies als API – unterstützt durch NCBI Assembly, das Register der Genombuilds für Organismen im gesamten Baum des Lebens. Durchsuchen Sie Assemblies nach Organismus (oder Freitext) und rufen Sie die Metadaten jedes Assemblies ab: seine Accession (GCF_… RefSeq oder GCA_… GenBank), Name (z. B. GRCh38.p14), Organismus und Taxon-ID, Assembly-Level (vollständiges Genom, Chromosom, Scaffold oder Contig), Kontiguitätsstatistiken (Contig- und Scaffold-N50), Sequenzierungsabdeckung, RefSeq-Kategorie, UCSC- und Ensembl-Namen, die einreichende Organisation, Veröffentlichungsdatum und FTP-Download-Pfade. Vom menschlichen Referenzgenom bis zu jedem sequenzierten Mikroben, Pflanze oder Tier verwandelt es das Genom-Assembly-Register in eine saubere Such- und Abruf-API. Ein Genom-Assembly-Register – unterschieden von Sequenz- (ENA), Genomannotation- (Ensembl), Varianten- (ClinVar, dbVar) und Genexpressionsdatenbanken (GEO). Offene Daten von NCBI Assembly (Public Domain).

api.oanor.com/genomes-api

Gene Expression API

Funktionelle Genomik-Experimente als API — unterstützt von NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), dem größten öffentlichen Repository für Genexpressionsdaten. GEO archiviert Expressionsserien und kuratierte Datensätze aus Microarray- und Hochdurchsatz-Sequenzierungsexperimenten aller Organismen. Durchsuchen Sie Experimente nach Stichwort und optional nach Organismus, und rufen Sie jede Serie oder jeden Datensatz ab, um deren Metadaten zu erhalten: Titel, Zusammenfassung, Assay-Typ (Expressionsprofilierung durch Array oder durch Sequenzierung), Organismus, Anzahl der Proben, Plattform und die zugrunde liegende Publikation. Von β-Zell-Stress-Studien bis hin zur Krebs-Transkriptomik bei Mensch und Maus verwandelt es das GEO-Archiv in eine einfache Such- und Abruf-API für Transkriptomik, Bioinformatik und Forschungsdaten-Entdeckung. Ein Repository für Genexpressions-/funktionelle Genomik-Datensätze — abgegrenzt von Sequenz- (ENA), Varianten- (ClinVar, dbVar), Struktur- (PDB) und Ontologie-Datenbanken. Offene Daten von NCBI GEO (Public Domain).

api.oanor.com/geodatasets-api

Structural Variants API

Menschliche genomische strukturelle Variation als API — unterstützt durch NCBI dbVar, das Archiv struktureller Varianten (SVs): Kopienzahlvarianten (CNVs), große Deletionen, Duplikationen, Insertionen, Inversionen und Translokationen, typischerweise größer als 50 Basenpaare. Dies ist das strukturelle Gegenstück zu Datenbanken für Einzelnukleotidvarianten: Suchen Sie nach strukturellen Varianten, die ein Gen überlappen (oder per Freitext), und erhalten Sie die dbVar-Zugangsnummer jeder Variante, die Studie, aus der sie stammt, ihren Typ, die überlappenden Gene, ihre genomische Position auf GRCh38 und ihre klinische Bedeutung; schlagen Sie dann jede Variante für den vollständigen Datensatz nach — Positionen auf beiden Assemblies GRCh37 und GRCh38, Variantentyp, Gene, klinische Bedeutung, Studientyp, Methoden und Variantenzahlen. Von BRCA1-CNVs bis zu Cri-du-chat-Deletionen ist es ideal für Genomik, Zytogenetik, seltene Krankheiten und Bioinformatik. Eine Ressource für strukturelle Variationen / CNVs — unterschieden von klinischer Einzelnukleotidvarianten-Interpretation (ClinVar), populationsbezogenen Allelfrequenzen (gnomAD) und Merkmalsassoziationen (GWAS). Offene Daten von NCBI dbVar (Public Domain).

api.oanor.com/dbvar-api

Protein Interactions API

Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke als API — betrieben von STRING, der Datenbank bekannter und vorhergesagter Proteinassoziationen, die Evidenz aus Laborexperimenten, kuratierten Pathway-Datenbanken, Gen-Coexpression, genomischem Kontext und automatisiertem Text-Mining zu einem einzigen Konfidenzwert kombiniert, über Tausende von Organismen hinweg. Erhalten Sie die wichtigsten Interaktionspartner eines Proteins (jeweils mit dem kombinierten Konfidenzwert und den sieben Evidenzkanal-Unterwerten), das Interaktionsnetzwerk zwischen beliebigen Proteinsätzen als bewertete Kanten und funktionale Anreicherung für einen Gensatz — die überrepräsentierten GO-Terme, KEGG-Pathways, Pfam-Domänen und mehr, jeweils mit p-Wert, FDR und Mitgliedsgenen. Übergeben Sie Gensymbole (TP53) oder STRING/Ensembl-IDs, für menschlich (Standard) oder jede Spezies nach NCBI-Taxon-ID. Es ist ein Eckpfeiler der Systembiologie — ideal für Netzwerkanalyse, funktionale Genomik, Pathway- und Bioinformatik-Tools. Eine Protein-Interaktionsnetzwerk-Ressource — unterschieden von biologischen Pathways (Reactome), kuratierten Proteinkomplexen (Complex Portal) und Gene-Ontology-Annotationen (QuickGO). Offene Daten von STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

Häufig gestellte Fragen

Schnelle Antworten zu Preisen, Kontingenten und Integration.

Wie bekomme ich einen API-Key für ENA API?
Registriere dich kostenlos auf oanor.com, erstelle einen API-Key im Entwickler-Dashboard und rufe ENA API mit dem x-oanor-key-Header auf. Keine Kreditkarte für den Free-Tier nötig.
Wie hoch ist das Rate-Limit für ENA API?
Der Free-Tier erlaubt 1 Anfrage pro Sekunde. Bezahlte Pläne skalieren bis zu 50 Anfragen pro Sekunde im Mega-Tier. Harte Limits liefern HTTP 429 oberhalb der Quote — keine überraschenden Mehrkosten.
Was kostet ENA API?
ENA API hat einen Free-Tier mit 100 Calls / Monat. Bezahlte Pläne starten bei €9.00 / Monat mit höheren Kontingenten und schnelleren Rate-Limits.
Kann ich mein Abo jederzeit kündigen?
Ja. Pläne werden monatlich abgerechnet und du kannst jederzeit in deinem Billing-Dashboard kündigen. Keine Mindestlaufzeit und keine Kündigungsgebühr.
Ist ENA API DSGVO-konform?
Alle Anfragen an ENA API laufen über unser EU-Gateway. Dein Upstream-API-Key verlässt nie unseren Server und es werden keine personenbezogenen Daten an den Upstream-Anbieter weitergegeben außer der Anfrage selbst.

Wähle einen Endpoint aus der Liste links — Details und Playground erscheinen hier.

Code-Snippets

Registrieren, um einen API-Key zu bekommen, dann jeden Pfad unter deinem Slug aufrufen.

curl https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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