#ontology

Der EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) als API – ein zentraler Zugangspunkt zu mehr als 280 biomedizinischen und wissenschaftlichen Ontologien und kontrollierten Vokabularen an einem Ort: der Gene Ontology (GO), der Human Disease Ontology (DOID), der Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (chemische Entitäten), Uberon (Anatomie), der Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt und vielen weiteren. /v1/search?q=diabetes durchsucht Begriffe in allen Ontologien (oder beschränkt auf eine mit ontology=doid) und gibt für jeden Treffer die Bezeichnung, die OBO-ID (wie DOID:9351 oder GO:0008150), die Ontologie, die IRI und eine kurze Definition zurück. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 gibt die Details eines einzelnen Begriffs zurück – seine Bezeichnung, Definition, IRI, Synonyme und ob er veraltet ist. /v1/ontologies listet die verfügbaren Ontologien mit ihrer ID, ihrem Titel, ihrer Beschreibung und der Anzahl der Begriffe auf. OBO-IDs sehen aus wie DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 oder CHEBI:15377. Ideal für biomedizinische Verarbeitung natürlicher Sprache, Datenannotation und -harmonisierung, Autovervollständigung über wissenschaftliche Terminologie sowie semantische und Wissensgraph-Werkzeuge. Daten von EMBL-EBI OLS (offen). Dies ist eine allgemeine Ontologie-/kontrollierte Vokabular-Suche, die viele Bereiche abdeckt – breiter als ein einzelner medizinischer Thesaurus wie MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Medical Subject Headings (MeSH) als API, betrieben durch den offiziellen MeSH-RDF-Dienst der U.S. National Library of Medicine. MeSH ist der maßgebliche kontrollierte Wortschatz der NLM zur Indexierung der biomedizinischen Literatur in PubMed – ein kuratierter Thesaurus von Krankheiten, Anatomie, Chemikalien und Arzneimitteln, Organismen, Psychiatrie und Psychologie, analytischen und diagnostischen Techniken, Gesundheitsversorgung und mehr. Jedes Konzept ist ein „Deskriptor“ mit einer stabilen eindeutigen ID (z. B. D003920), einem bevorzugten Namen, einer Reihe von Eintragsbegriffen (Synonyme und Laienvarianten) und einer Liste zulässiger Qualifikatoren (Unterüberschriften wie Arzneimitteltherapie, Diagnose oder Epidemiologie). /v1/search?q=diabetes durchsucht Deskriptoren nach ihrem bevorzugten Namen (Übereinstimmung=enthält, exakt oder beginnt mit) und gibt die ID und Bezeichnung jedes Deskriptors zurück. /v1/term?q=heart attack löst einen Laienbegriff oder ein Synonym in den zugehörigen MeSH-Deskriptor(en) auf, sodass umgangssprachliche Sprache auf den kontrollierten Wortschatz abgebildet wird (heart attack zu Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 gibt den vollständigen Datensatz eines Deskriptors zurück – seinen bevorzugten Namen, alle Eintragsbegriffe (Synonyme), die zulässigen Qualifikatoren und Siehe-auch-Querverweise, mit einem Link zum MeSH-Browser. Ideal für biomedizinische Verarbeitung natürlicher Sprache und Text Mining, Tagging und Indexierung von Literatur, Erstellung klinischer und forschungsbezogener Suchwerkzeuge, Autovervollständigung über medizinische Terminologie und Abbildung von Freitext auf eine Standardontologie. Daten von NLM MeSH (Public Domain). Für arzneimittelspezifische klinische Nomenklatur und Wechselwirkungen siehe die RxNorm API.

api.oanor.com/mesh-api

Biomedizinische Ontologien als API, unterstützt durch den EBI Ontology Lookup Service (OLS). Durchsuchen Sie über 280 kuratierte Ontologien — Krankheiten (MONDO), menschliche Phänotypen (HP), die Gene Ontology (GO), Anatomie (UBERON), Zelltypen (CL), Chemie (ChEBI), experimentelle Faktoren (EFO), den NCI Thesaurus und viele mehr — um Begriffe nach Namen zu finden; durchstöbern Sie den vollständigen Ontologiekatalog mit Versionen und Begriffszahlen; lesen Sie jeden Begriff für seine Definition, exakte Synonyme, OBO-ID, IRI und Veraltungsstatus; und durchlaufen Sie die Klassenhierarchie über die direkten Eltern- und Kindknoten eines Begriffs. Ideal für klinische Datenharmonisierung und -kodierung, biomedizinische Suche und Autovervollständigung, Wissensgraphenanreicherung, Annotation und Kuratierungspipelines sowie Forschungs- und EHR-Anwendungen, die standardisierte Vokabulare benötigen. OBO-IDs sehen aus wie MONDO:0005148 oder GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api