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OLS Ontology API

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Der EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) als API – ein zentraler Zugangspunkt zu mehr als 280 biomedizinischen und wissenschaftlichen Ontologien und kontrollierten Vokabularen an einem Ort: der Gene Ontology (GO), der Human Disease Ontology (DOID), der Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (chemische Entitäten), Uberon (Anatomie), der Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt und vielen weiteren. /v1/search?q=diabetes durchsucht Begriffe in allen Ontologien (oder beschränkt auf eine mit ontology=doid) und gibt für jeden Treffer die Bezeichnung, die OBO-ID (wie DOID:9351 oder GO:0008150), die Ontologie, die IRI und eine kurze Definition zurück. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 gibt die Details eines einzelnen Begriffs zurück – seine Bezeichnung, Definition, IRI, Synonyme und ob er veraltet ist. /v1/ontologies listet die verfügbaren Ontologien mit ihrer ID, ihrem Titel, ihrer Beschreibung und der Anzahl der Begriffe auf. OBO-IDs sehen aus wie DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 oder CHEBI:15377. Ideal für biomedizinische Verarbeitung natürlicher Sprache, Datenannotation und -harmonisierung, Autovervollständigung über wissenschaftliche Terminologie sowie semantische und Wissensgraph-Werkzeuge. Daten von EMBL-EBI OLS (offen). Dies ist eine allgemeine Ontologie-/kontrollierte Vokabular-Suche, die viele Bereiche abdeckt – breiter als ein einzelner medizinischer Thesaurus wie MeSH.

#ontology #ols #embl-ebi #biomedical #gene-ontology #controlled-vocabulary #semantic
api.oanor.com/ols-api
API-Key holen Im Playground testen → Anbieter kontaktieren

Maschinenlesbare Spezifikation, damit KI-Agenten diese API integrieren können.

/api/ols-api/openapi.json
/api/ols-api/llms.txt

Discovery: GET /api/index.json listet alle APIs.

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MeSH API

Medical Subject Headings (MeSH) als API, betrieben durch den offiziellen MeSH-RDF-Dienst der U.S. National Library of Medicine. MeSH ist der maßgebliche kontrollierte Wortschatz der NLM zur Indexierung der biomedizinischen Literatur in PubMed – ein kuratierter Thesaurus von Krankheiten, Anatomie, Chemikalien und Arzneimitteln, Organismen, Psychiatrie und Psychologie, analytischen und diagnostischen Techniken, Gesundheitsversorgung und mehr. Jedes Konzept ist ein „Deskriptor“ mit einer stabilen eindeutigen ID (z. B. D003920), einem bevorzugten Namen, einer Reihe von Eintragsbegriffen (Synonyme und Laienvarianten) und einer Liste zulässiger Qualifikatoren (Unterüberschriften wie Arzneimitteltherapie, Diagnose oder Epidemiologie). /v1/search?q=diabetes durchsucht Deskriptoren nach ihrem bevorzugten Namen (Übereinstimmung=enthält, exakt oder beginnt mit) und gibt die ID und Bezeichnung jedes Deskriptors zurück. /v1/term?q=heart attack löst einen Laienbegriff oder ein Synonym in den zugehörigen MeSH-Deskriptor(en) auf, sodass umgangssprachliche Sprache auf den kontrollierten Wortschatz abgebildet wird (heart attack zu Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 gibt den vollständigen Datensatz eines Deskriptors zurück – seinen bevorzugten Namen, alle Eintragsbegriffe (Synonyme), die zulässigen Qualifikatoren und Siehe-auch-Querverweise, mit einem Link zum MeSH-Browser. Ideal für biomedizinische Verarbeitung natürlicher Sprache und Text Mining, Tagging und Indexierung von Literatur, Erstellung klinischer und forschungsbezogener Suchwerkzeuge, Autovervollständigung über medizinische Terminologie und Abbildung von Freitext auf eine Standardontologie. Daten von NLM MeSH (Public Domain). Für arzneimittelspezifische klinische Nomenklatur und Wechselwirkungen siehe die RxNorm API.

api.oanor.com/mesh-api

Ontology API

Biomedizinische Ontologien als API, unterstützt durch den EBI Ontology Lookup Service (OLS). Durchsuchen Sie über 280 kuratierte Ontologien — Krankheiten (MONDO), menschliche Phänotypen (HP), die Gene Ontology (GO), Anatomie (UBERON), Zelltypen (CL), Chemie (ChEBI), experimentelle Faktoren (EFO), den NCI Thesaurus und viele mehr — um Begriffe nach Namen zu finden; durchstöbern Sie den vollständigen Ontologiekatalog mit Versionen und Begriffszahlen; lesen Sie jeden Begriff für seine Definition, exakte Synonyme, OBO-ID, IRI und Veraltungsstatus; und durchlaufen Sie die Klassenhierarchie über die direkten Eltern- und Kindknoten eines Begriffs. Ideal für klinische Datenharmonisierung und -kodierung, biomedizinische Suche und Autovervollständigung, Wissensgraphenanreicherung, Annotation und Kuratierungspipelines sowie Forschungs- und EHR-Anwendungen, die standardisierte Vokabulare benötigen. OBO-IDs sehen aus wie MONDO:0005148 oder GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api

BioSamples API

BioSamples als API, betrieben von EMBL-EBI – die Datenbank, die die Metadaten biologischer Proben speichert und verknüpft, die physischen Exemplare hinter biologischen Experimenten. Eine Probe in BioSamples trägt eine stabile Zugangsnummer (wie SAMEA3231268) und eine umfangreiche Reihe von Merkmalen – Organismus, Gewebe oder Organbestandteil, Zelltyp, Geschlecht, Krankheit, Entwicklungsstadium, Stamm und alle vom Einreicher bereitgestellten Attribute – und wird von anderen EBI-Archiven referenziert, darunter das European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress und PRIDE. /v1/search?q=liver durchsucht Proben nach Freitext und gibt für jede Übereinstimmung die Zugangsnummer, den Namen, den Organismus und das Veröffentlichungsdatum zurück. /v1/sample?id=SAMEA3231268 gibt die Metadaten einer Probe zurück – ihre Zugangsnummer, ihren Namen, die NCBI-Taxon-ID, den Organismus, das Veröffentlichungs- und Aktualisierungsdatum, die Anzahl der Beziehungen zu anderen Proben und ihre Merkmale, reduziert auf eine saubere Schlüssel→Wert-Zuordnung. Zugangsnummern sehen aus wie SAMEA…, SAMN… oder SAMD…; erhalten Sie eine vom Such-Endpunkt. Ideal für die Integration lebenswissenschaftlicher Daten, Probenverfolgung, Metadatenharmonisierung und die Verknüpfung von Sequenzierungs- oder Expressionsdaten mit ihrem Ursprungsexemplar. Daten von EMBL-EBI BioSamples (öffentlich). Dies ist ein Register für biologische Probenmetadaten – zu unterscheiden von Studien- (BioStudies), Sequenz- (ENA), Varianten- (ClinVar) und Strukturdatenbanken.

api.oanor.com/biosamples-api

BioStudies API

BioStudies als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – die Datenbank, die die Beschreibungen biologischer Studien enthält und ihre Daten über EBI-Ressourcen hinweg verknüpft, einschließlich Bildgebung (BioImage Archive), funktioneller Genomik (ArrayExpress), Proteomik und der Literatur (Europe PMC). Jede Studie hat eine Accession, einen Titel und ein Abstract, die Sammlung, zu der sie gehört, sowie Links zu ihren zugrunde liegenden Daten und Publikationen. /v1/search?query=covid durchsucht die Studien und gibt für jede Übereinstimmung die Accession (z. B. S-EPMC8017430), den Titel, den Autor, den Studientyp, das Veröffentlichungsdatum und die Anzahl der Links/Dateien zurück. /v1/study?id=S-EPMC8017430 gibt die Metadaten einer Studie zurück – ihre Accession, die Sammlung, zu der sie gehört (wie EuropePMC, ArrayExpress oder BioImages), Titel, Abstract, Veröffentlichungsdatum, Autoren und die Anzahl der verknüpften Ressourcen. Accessions sehen aus wie S-EPMC8017430 oder S-BSST123; eine davon erhalten Sie vom Such-Endpunkt. Ideal für die Entdeckung von Forschungsdaten, die Verknüpfung von Literatur mit ihren zugrunde liegenden Datensätzen, systematische Übersichtsarbeiten und Reproduzierbarkeits-Tools. Daten von EMBL-EBI BioStudies (öffentlich). Dies ist ein Index für Studien- und Datensatz-Metadaten – unterscheidet sich von den Sequenz- (UniProt, ENA), Struktur- (PDB, EMDB), Varianten- (ClinVar) und Ontologie-Datenbanken.

api.oanor.com/biostudies-api

Häufig gestellte Fragen

Schnelle Antworten zu Preisen, Kontingenten und Integration.

Wie bekomme ich einen API-Key für OLS Ontology API?
Registriere dich kostenlos auf oanor.com, erstelle einen API-Key im Entwickler-Dashboard und rufe OLS Ontology API mit dem x-oanor-key-Header auf. Keine Kreditkarte für den Free-Tier nötig.
Wie hoch ist das Rate-Limit für OLS Ontology API?
Der Free-Tier erlaubt 1 Anfrage pro Sekunde. Bezahlte Pläne skalieren bis zu 50 Anfragen pro Sekunde im Mega-Tier. Harte Limits liefern HTTP 429 oberhalb der Quote — keine überraschenden Mehrkosten.
Was kostet OLS Ontology API?
OLS Ontology API hat einen Free-Tier mit 100 Calls / Monat. Bezahlte Pläne starten bei €6.50 / Monat mit höheren Kontingenten und schnelleren Rate-Limits.
Kann ich mein Abo jederzeit kündigen?
Ja. Pläne werden monatlich abgerechnet und du kannst jederzeit in deinem Billing-Dashboard kündigen. Keine Mindestlaufzeit und keine Kündigungsgebühr.
Ist OLS Ontology API DSGVO-konform?
Alle Anfragen an OLS Ontology API laufen über unser EU-Gateway. Dein Upstream-API-Key verlässt nie unseren Server und es werden keine personenbezogenen Daten an den Upstream-Anbieter weitergegeben außer der Anfrage selbst.

Wähle einen Endpoint aus der Liste links — Details und Playground erscheinen hier.

Code-Snippets

Registrieren, um einen API-Key zu bekommen, dann jeden Pfad unter deinem Slug aufrufen.

curl https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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