#ontology

EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) jako API — jeden punkt dostępu do ponad 280 biomedycznych i naukowych ontologii oraz kontrolowanych słowników w jednym miejscu: Gene Ontology (GO), Human Disease Ontology (DOID), Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (jednostki chemiczne), Uberon (anatomia), Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt i wiele innych. /v1/search?q=diabetes wyszukuje terminy we wszystkich ontologiach (lub ogranicza do jednej za pomocą ontology=doid), zwracając etykietę, identyfikator OBO (np. DOID:9351 lub GO:0008150), ontologię, IRI oraz krótką definicję każdego dopasowania. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 zwraca szczegóły pojedynczego terminu — jego etykietę, definicję, IRI, synonimy oraz informację, czy jest przestarzały. /v1/ontologies przegląda dostępne ontologie z ich identyfikatorem, tytułem, opisem i liczbą terminów. Identyfikatory OBO wyglądają jak DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 lub CHEBI:15377. Idealne do biomedycznego przetwarzania języka naturalnego, adnotacji i harmonizacji danych, autouzupełniania terminologii naukowej oraz narzędzi semantycznych i grafów wiedzy. Dane z EMBL-EBI OLS (otwarte). Jest to ogólne wyszukiwanie ontologii/kontrolowanych słowników obejmujące wiele dziedzin — szersze niż pojedynczy tezaurus medyczny, taki jak MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Medical Subject Headings (MeSH) como API, alimentado pelo serviço oficial MeSH RDF da U.S. National Library of Medicine. MeSH é o vocabulário controlado autoritativo da NLM usado para indexar a literatura biomédica no PubMed — um tesauro curado de doenças, anatomia, produtos químicos e drogas, organismos, psiquiatria e psicologia, técnicas analíticas e diagnósticas, assistência médica e muito mais. Cada conceito é um "descritor" com um ID único estável (ex. D003920), um nome preferido, um conjunto de termos de entrada (sinônimos e variantes leigas) e uma lista de qualificadores permitidos (subcabeçalhos como farmacoterapia, diagnóstico ou epidemiologia). /v1/search?q=diabetes pesquisa descritores pelo nome preferido (correspondência=contém, exato ou começa com) e retorna o ID e rótulo de cada descritor. /v1/term?q=heart attack resolve um termo leigo ou sinônimo para o(s) descritor(es) MeSH ao(s) qual(is) pertence, então a linguagem coloquial mapeia para o vocabulário controlado (heart attack para Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 retorna o registro completo de um descritor — seu nome preferido, todos os termos de entrada (sinônimos), os qualificadores permitidos e referências cruzadas veja-também, com um link para o navegador MeSH. Ideal para processamento de linguagem natural biomédica e mineração de texto, etiquetagem e indexação de literatura, construção de ferramentas de busca clínica e de pesquisa, preenchimento automático sobre terminologia médica e mapeamento de texto livre para uma ontologia padrão. Dados do NLM MeSH (domínio público). Para nomenclatura clínica e interações específicas de drogas, veja a API RxNorm.

api.oanor.com/mesh-api

Ontologías biomédicas como API, impulsadas por el Servicio de Búsqueda de Ontologías del EBI (OLS). Busque en más de 280 ontologías seleccionadas: enfermedades (MONDO), fenotipos humanos (HP), la Ontología Génica (GO), anatomía (UBERON), tipos celulares (CL), química (ChEBI), factores experimentales (EFO), el Tesauro del NCI y muchas más — para encontrar términos por nombre; explore el catálogo completo de ontologías con versiones y recuentos de términos; lea cualquier término para obtener su definición, sinónimos exactos, ID OBO, IRI y estado de obsoleto; y recorra la jerarquía de clases a través de los padres e hijos directos de un término. Ideal para armonización y codificación de datos clínicos, búsqueda y autocompletado biomédico, enriquecimiento de grafos de conocimiento, anotación y pipelines de curación, y aplicaciones de investigación y EHR que necesiten vocabularios estándar. Los IDs OBO se ven como MONDO:0005148 o GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api