#reference-genome

Referenz-Genomassemblies als API – unterstützt durch NCBI Assembly, das Register der Genombuilds für Organismen im gesamten Baum des Lebens. Durchsuchen Sie Assemblies nach Organismus (oder Freitext) und rufen Sie die Metadaten jedes Assemblies ab: seine Accession (GCF_… RefSeq oder GCA_… GenBank), Name (z. B. GRCh38.p14), Organismus und Taxon-ID, Assembly-Level (vollständiges Genom, Chromosom, Scaffold oder Contig), Kontiguitätsstatistiken (Contig- und Scaffold-N50), Sequenzierungsabdeckung, RefSeq-Kategorie, UCSC- und Ensembl-Namen, die einreichende Organisation, Veröffentlichungsdatum und FTP-Download-Pfade. Vom menschlichen Referenzgenom bis zu jedem sequenzierten Mikroben, Pflanze oder Tier verwandelt es das Genom-Assembly-Register in eine saubere Such- und Abruf-API. Ein Genom-Assembly-Register – unterschieden von Sequenz- (ENA), Genomannotation- (Ensembl), Varianten- (ClinVar, dbVar) und Genexpressionsdatenbanken (GEO). Offene Daten von NCBI Assembly (Public Domain).

api.oanor.com/genomes-api

Der UCSC Genome Browser als API – Referenzgenomdaten für Hunderte von Arten, vom renommierten UCSC Genome Browser an der UC Santa Cruz. /v1/genomes listet die über 220 Genom-Assemblies, die UCSC hostet, jeweils mit ihrer Assembly-ID (wie hg38 für Mensch, mm39 für Maus, danRer11 für Zebrafisch), Organismus, Beschreibung und Datenquelle. /v1/chromosomes?genome=hg38 gibt die Chromosomen und Sequenzen einer Assembly mit ihren Größen in Basenpaaren zurück, beginnend mit dem größten. /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 ruft die rohe DNA-Sequenz einer beliebigen Genomregion ab (0-basierter Start, halboffenes Ende; Regionen sind auf 100.000 Basen pro Aufruf begrenzt). Assembly-IDs stammen von /v1/genomes und Chromosomennamen sehen aus wie chr1, chrX oder chrM. Ideal für Bioinformatik-Pipelines, Genomvisualisierungs- und Primerdesign-Tools, Regions- und Sequenzabfragen, vergleichende Genomik und Lehre. Daten vom UCSC Genome Browser (kostenlos für akademische, gemeinnützige und persönliche Nutzung). Dies sind die Assemblies und die rohe Referenzsequenz des Genom-Browsers – zu unterscheiden von Genannotations- und Proteinsequenzdatenbanken wie Ensembl, UniProt und ENA.

api.oanor.com/ucsc-api