#reference-genome

Referentie-genoomassemblages als een API — aangedreven door NCBI Assembly, het register van genoomversies voor organismen in de hele levensboom. Zoek assemblages op organisme (of vrije tekst) en raadpleeg de metadata van elke assemblage: de accession (GCF_… RefSeq of GCA_… GenBank), naam (bijv. GRCh38.p14), organisme en taxon-id, assemblage-niveau (volledig genoom, chromosoom, scaffold of contig), contiguïteitsstatistieken (contig- en scaffold-N50), sequentiedekking, RefSeq-categorie, UCSC- en Ensembl-namen, de indienende organisatie, releasedatum en FTP-downloadpaden. Van het menselijke referentiegenoom tot elk gesequenced microbe, plant of dier, het verandert het genoomassemblage-register in een schone zoek-en-haal API. Een genoomassemblage-register — te onderscheiden van sequentie (ENA), genoomannotatie (Ensembl), variant (ClinVar, dbVar) en genexpressie (GEO) databases. Open data van NCBI Assembly (publiek domein).

api.oanor.com/genomes-api

De UCSC Genome Browser als API — referentiegenoomgegevens voor honderden soorten, van de gerenommeerde UCSC Genome Browser aan UC Santa Cruz. /v1/genomes toont de 220+ genoomassemblages die UCSC host, elk met zijn assemblage-ID (zoals hg38 voor mens, mm39 voor muis, danRer11 voor zebravis), organisme, beschrijving en gegevensbron. /v1/chromosomes?genome=hg38 retourneert de chromosomen en sequenties van een assemblage met hun grootte in basenparen, grootste eerst. /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 haalt de ruwe DNA-sequentie op van elk genomisch gebied (0-gebaseerde start, half-open einde; gebieden zijn beperkt tot 100.000 basen per aanroep). Assemblage-ID's komen van /v1/genomes en chromosoomnamen zien eruit als chr1, chrX of chrM. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, genoomvisualisatie- en primerontwerptools, regio- en sequentieopzoekingen, vergelijkende genomica en onderwijs. Gegevens van de UCSC Genome Browser (gratis voor academisch, non-profit en persoonlijk gebruik). Dit is de genoomassemblages en ruwe referentiesequentie van de browser — te onderscheiden van gen-annotatie- en eiwitsequentiedatabases zoals Ensembl, UniProt en ENA.

api.oanor.com/ucsc-api