#reference-genome

Assemblages de génomes de référence sous forme d'API — alimentée par NCBI Assembly, le registre des constructions de génomes pour les organismes de l'arbre de la vie. Recherchez des assemblages par organisme (ou texte libre) et consultez les métadonnées de tout assemblage : son accession (GCF_… RefSeq ou GCA_… GenBank), son nom (par exemple GRCh38.p14), l'organisme et l'identifiant taxonomique, le niveau d'assemblage (génome complet, chromosome, échafaudage ou contig), les statistiques de contiguïté (N50 des contigs et des échafaudages), la couverture de séquençage, la catégorie RefSeq, les noms UCSC et Ensembl, l'organisation soumettrice, la date de publication et les chemins de téléchargement FTP. Du génome de référence humain à tout microbe, plante ou animal séquencé, il transforme le registre des assemblages de génomes en une API propre de recherche et de récupération. Un registre d'assemblages de génomes — distinct des bases de données de séquences (ENA), d'annotation de génomes (Ensembl), de variants (ClinVar, dbVar) et d'expression génique (GEO). Données ouvertes de NCBI Assembly (domaine public).

api.oanor.com/genomes-api

Le navigateur de génome UCSC en tant qu'API — données de génome de référence pour des centaines d'espèces, du célèbre navigateur de génome UCSC à l'Université de Californie à Santa Cruz. /v1/genomes répertorie les 220+ assemblages de génome hébergés par UCSC, chacun avec son identifiant d'assemblage (tel que hg38 pour l'humain, mm39 pour la souris, danRer11 pour le poisson zèbre), organisme, description et source de données. /v1/chromosomes?genome=hg38 retourne les chromosomes et séquences d'un assemblage avec leurs tailles en paires de bases, du plus grand au plus petit. /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 récupère la séquence brute d'ADN de toute région génomique (début basé sur 0, fin demi-ouverte ; les régions sont limitées à 100 000 bases par appel). Les identifiants d'assemblage proviennent de /v1/genomes et les noms de chromosomes ressemblent à chr1, chrX ou chrM. Idéal pour les pipelines bioinformatiques, les outils de visualisation de génome et de conception d'amorces, les recherches de régions et de séquences, la génomique comparative et l'enseignement. Données du navigateur de génome UCSC (gratuit pour usage académique, à but non lucratif et personnel). Il s'agit des assemblages et de la séquence de référence brute du navigateur de génome — distinct des bases de données d'annotation de gènes et de séquences protéiques telles qu'Ensembl, UniProt et ENA.

api.oanor.com/ucsc-api