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Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke als API — betrieben von STRING, der Datenbank bekannter und vorhergesagter Proteinassoziationen, die Evidenz aus Laborexperimenten, kuratierten Pathway-Datenbanken, Gen-Coexpression, genomischem Kontext und automatisiertem Text-Mining zu einem einzigen Konfidenzwert kombiniert, über Tausende von Organismen hinweg. Erhalten Sie die wichtigsten Interaktionspartner eines Proteins (jeweils mit dem kombinierten Konfidenzwert und den sieben Evidenzkanal-Unterwerten), das Interaktionsnetzwerk zwischen beliebigen Proteinsätzen als bewertete Kanten und funktionale Anreicherung für einen Gensatz — die überrepräsentierten GO-Terme, KEGG-Pathways, Pfam-Domänen und mehr, jeweils mit p-Wert, FDR und Mitgliedsgenen. Übergeben Sie Gensymbole (TP53) oder STRING/Ensembl-IDs, für menschlich (Standard) oder jede Spezies nach NCBI-Taxon-ID. Es ist ein Eckpfeiler der Systembiologie — ideal für Netzwerkanalyse, funktionale Genomik, Pathway- und Bioinformatik-Tools. Eine Protein-Interaktionsnetzwerk-Ressource — unterschieden von biologischen Pathways (Reactome), kuratierten Proteinkomplexen (Complex Portal) und Gene-Ontology-Annotationen (QuickGO). Offene Daten von STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

BioModels als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – das weltweit größte Repository kuratierter, veröffentlichter mathematischer Modelle biologischer Systeme. BioModels sammelt Computermodelle (hauptsächlich in SBML, der Systems Biology Markup Language) von Stoffwechsel, Zellsignalisierung, Genregulationsnetzwerken, Zellzyklus, Krankheitsprozessen und Physiologie, jeweils verknüpft mit der begutachteten Veröffentlichung, aus der sie stammen. /v1/search?query=glycolysis durchsucht das Repository und gibt für jedes passende Modell die ID (wie BIOMD0000000012), den Namen, das Format, den Einreicher sowie die Einreichungs-/Änderungsdaten zurück. /v1/model?id=BIOMD0000000012 gibt die Metadaten eines Modells zurück – seinen Namen und Beschreibung, das Kodierungsformat, den Modellierungsansatz (z. B. gewöhnliches Differentialgleichungsmodell), den Kuratierungsstatus, die zugrunde liegende Veröffentlichung (Titel, Zeitschrift, Jahr, Autoren) und die Modelldateien. Modell-IDs sehen aus wie BIOMD0000000012 für kuratierte Modelle oder MODEL1234567890 für nicht kuratierte Einreichungen; erhalten Sie sie vom Such-Endpunkt. Ideal für Systembiologie- und Computermodellierungswerkzeuge, reproduzierbare Forschungs- und Modellwiederverwendungs-Workflows sowie Lehre. Daten von EMBL-EBI BioModels (CC0). Dies ist ein Systembiologie-/Computermodell-Repository – abzugrenzen von Sequenz- (UniProt, ENA), Struktur- (PDB, AlphaFold), Pathway- und Varianten-Datenbanken (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

Die STRING-Protein-Protein-Interaktionsdatenbank als API – das kuratierte und vorhergesagte Netzwerk funktionaler Assoziationen zwischen Proteinen, unterstützt durch die offizielle STRING API. Lösen Sie Gen- oder Proteinnamen in STRING-Identifikatoren mit Annotationen auf; erhalten Sie die wichtigsten Interaktionspartner eines Proteins mit einem kombinierten Konfidenzwert und kanalspezifischen Evidenzen (experimentell, kuratierte Datenbanken, Co-Expression, Text-Mining, Genfusion, Nachbarschaft und Co-Occurrence); erstellen Sie das Interaktionsnetzwerk zwischen einer Gruppe von Proteinen als bewertete Kanten; führen Sie eine funktionale Anreicherung eines Gensets über Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro und mehr mit p-Werten und False-Discovery-Raten durch; und bewerten Sie die Homologie zwischen Proteinen. Deckt über 12.000 Organismen ab (Standard Mensch, NCBI-Taxon 9606). Ideal für Systembiologie- und Netzwerkbiologie-Pipelines, Gen-Set- und Pathway-Analysen, Drug-Target- und Krankheitsgen-Forschung sowie Bioinformatik-Dashboards.

api.oanor.com/string-api

Die Reactome-Pathway-Wissensdatenbank als API — die offene, begutachtete Datenbank biologischer Pathways und Reaktionen, betrieben durch den offiziellen Reactome ContentService. Durchsuchen Sie das kuratierte Archiv von Pathways, Reaktionen und Molekülen; lesen Sie jede Entität anhand ihrer stabilen Reactome-ID (ein Pathway, eine Reaktion, ein Komplex oder ein Protein: Name, Typ, Spezies, Kompartimente, Zusammenfassung und Krankheitsflag); listen Sie die Ereignisse (Unter-Pathways und Reaktionen) auf, die in einem Pathway enthalten sind; listen Sie die Moleküle auf, die an einem Pathway oder einer Reaktion teilnehmen, mit ihren Referenzkennungen; erhalten Sie die Top-Level-Pathways für jeden Modellorganismus; ordnen Sie ein UniProt-Protein den Pathways zu, an denen es beteiligt ist; und listen Sie die unterstützten Spezies auf. Deckt den Menschen und über 15 Modellorganismen ab, darunter Stoffwechsel, Signaltransduktion, Zellzyklus, Immunsystem, Krankheiten und mehr. Ideal für Systembiologie- und Bioinformatik-Pipelines, Pathway-Anreicherungs- und Wirkstoff-Target-Tools, biomedizinische Forschungs-Apps, Lehrmaterialien und Life-Science-Chatbots.

api.oanor.com/reactome-api