#systems-biology

Protein-protein interaction networks as an API — powered by STRING, the database of known and predicted protein associations that combines evidence from laboratory experiments, curated pathway databases, gene co-expression, genomic context and automated text mining into a single confidence score, across thousands of organisms. Get a protein's top interaction partners (each with the combined confidence score and the seven evidence-channel subscores), the interaction network among any set of proteins as scored edges, and functional enrichment for a gene set — the over-represented GO terms, KEGG pathways, Pfam domains and more, each with its p-value, FDR and member genes. Pass gene symbols (TP53) or STRING/Ensembl ids, for human (default) or any species by NCBI taxon id. It is a cornerstone of systems biology — ideal for network analysis, functional genomics, pathway and bioinformatics tools. A protein-interaction-network resource — distinct from biological pathways (Reactome), curated protein complexes (Complex Portal) and Gene Ontology annotations (QuickGO). Open data from STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

BioModels como API, impulsado por EMBL-EBI — el repositorio más grande del mundo de modelos matemáticos curados y publicados de sistemas biológicos. BioModels recopila modelos computacionales (principalmente en SBML, el Lenguaje de Marcado de Biología de Sistemas) de metabolismo, señalización celular, redes de regulación genética, ciclo celular, procesos de enfermedades y fisiología, cada uno vinculado a la publicación revisada por pares de la que proviene. /v1/search?query=glycolysis busca en el repositorio y devuelve el id de cada modelo coincidente (como BIOMD0000000012), nombre, formato, remitente y fechas de envío/modificación. /v1/model?id=BIOMD0000000012 devuelve los metadatos de un modelo: su nombre y descripción, el formato de codificación, el enfoque de modelado (por ejemplo, modelo de ecuaciones diferenciales ordinarias), el estado de curación, la publicación detrás (título, revista, año, autores) y los archivos del modelo. Los ids de modelo se ven como BIOMD0000000012 para modelos curados o MODEL1234567890 para envíos no curados; obténgalos del endpoint de búsqueda. Ideal para herramientas de biología de sistemas y modelado computacional, flujos de trabajo de investigación reproducible y reutilización de modelos, y enseñanza. Datos de EMBL-EBI BioModels (CC0). Este es un repositorio de modelos computacionales / biología de sistemas — distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructuras (PDB, AlphaFold), rutas y variantes (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

The STRING protein–protein interaction database as an API — the curated and predicted network of functional associations between proteins, powered by the official STRING API. Resolve gene or protein names to STRING identifiers with annotations; get a protein's top interaction partners with a combined confidence score and per-channel evidence (experimental, curated databases, co-expression, text-mining, gene fusion, neighbourhood and co-occurrence); build the interaction network among a set of proteins as scored edges; run functional enrichment of a gene set over Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro and more with p-values and false-discovery rates; and score homology between proteins. Covers 12,000+ organisms (default human, NCBI taxon 9606). Ideal for systems-biology and network-biology pipelines, gene-set and pathway analysis, drug-target and disease-gene research, and bioinformatics dashboards.

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La base de conocimiento de rutas Reactome como API — la base de datos abierta y revisada por pares de rutas y reacciones biológicas, impulsada por el Reactome ContentService oficial. Busque en el archivo curado de rutas, reacciones y moléculas; lea cualquier entidad por su ID estable de Reactome (una ruta, reacción, complejo o proteína: nombre, tipo, especie, compartimentos, resumen y bandera de enfermedad); enumere los eventos (sub-rutas y reacciones) contenidos en una ruta; enumere las moléculas que participan en una ruta o reacción con sus identificadores de referencia; obtenga las rutas de nivel superior para cualquier organismo modelo; asigne una proteína UniProt a las rutas en las que participa; y enumere las especies compatibles. Cubre humanos y más de 15 organismos modelo en metabolismo, transducción de señales, ciclo celular, sistema inmunológico, enfermedades y más. Ideal para pipelines de biología de sistemas y bioinformática, herramientas de enriquecimiento de rutas y dianas farmacológicas, aplicaciones de investigación biomédica, recursos educativos y chatbots de ciencias de la vida.

api.oanor.com/reactome-api