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Réseaux d'interactions protéine-protéine sous forme d'API — propulsé par STRING, la base de données d'associations protéiques connues et prédites qui combine des preuves issues d'expériences de laboratoire, de bases de données de voies organisées, de co-expression génique, de contexte génomique et de fouille de texte automatisée en un seul score de confiance, à travers des milliers d'organismes. Obtenez les principaux partenaires d'interaction d'une protéine (chacun avec le score de confiance combiné et les sept sous-scores des canaux de preuve), le réseau d'interaction entre n'importe quel ensemble de protéines sous forme d'arêtes notées, et l'enrichissement fonctionnel pour un ensemble de gènes — les termes GO sur-représentés, les voies KEGG, les domaines Pfam et plus encore, chacun avec sa valeur p, son FDR et ses gènes membres. Passez des symboles de gènes (TP53) ou des identifiants STRING/Ensembl, pour l'humain (par défaut) ou toute espèce par identifiant taxonomique NCBI. C'est une pierre angulaire de la biologie des systèmes — idéal pour l'analyse de réseaux, la génomique fonctionnelle, les voies et les outils bioinformatiques. Une ressource de réseau d'interactions protéiques — distincte des voies biologiques (Reactome), des complexes protéiques organisés (Complex Portal) et des annotations Gene Ontology (QuickGO). Données ouvertes de STRING (CC BY 4.0).

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BioModels en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — le plus grand référentiel mondial de modèles mathématiques curatés et publiés de systèmes biologiques. BioModels collecte des modèles computationnels (principalement en SBML, le langage de balisage de biologie des systèmes) du métabolisme, de la signalisation cellulaire, des réseaux de régulation génique, du cycle cellulaire, des processus pathologiques et de la physiologie, chacun lié à la publication évaluée par les pairs dont il est issu. /v1/search?query=glycolysis recherche dans le référentiel et renvoie l'identifiant de chaque modèle correspondant (tel que BIOMD0000000012), son nom, son format, son soumetteur et ses dates de soumission/modification. /v1/model?id=BIOMD0000000012 renvoie les métadonnées d'un modèle — son nom et sa description, le format d'encodage, l'approche de modélisation (par exemple, modèle d'équation différentielle ordinaire), le statut de curation, la publication sous-jacente (titre, revue, année, auteurs) et les fichiers du modèle. Les identifiants de modèle ressemblent à BIOMD0000000012 pour les modèles curatés ou MODEL1234567890 pour les soumissions non curatées ; obtenez-les à partir du point de terminaison de recherche. Idéal pour les outils de biologie des systèmes et de modélisation computationnelle, les flux de travail de recherche reproductible et de réutilisation de modèles, et l'enseignement. Données provenant d'EMBL-EBI BioModels (CC0). Il s'agit d'un référentiel de modèles computationnels / biologie des systèmes — distinct des bases de données de séquences (UniProt, ENA), de structures (PDB, AlphaFold), de voies et de variants (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

La base de données d'interactions protéine-protéine STRING sous forme d'API — le réseau curé et prédit d'associations fonctionnelles entre protéines, propulsé par l'API STRING officielle. Résolvez les noms de gènes ou de protéines en identifiants STRING avec annotations ; obtenez les principaux partenaires d'interaction d'une protéine avec un score de confiance combiné et des preuves par canal (expérimental, bases de données curées, co-expression, text-mining, fusion de gènes, voisinage et co-occurrence) ; construisez le réseau d'interactions entre un ensemble de protéines sous forme d'arêtes pondérées ; exécutez l'enrichissement fonctionnel d'un ensemble de gènes sur Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro et plus avec des valeurs p et des taux de fausses découvertes ; et évaluez l'homologie entre protéines. Couvre plus de 12 000 organismes (humain par défaut, taxon NCBI 9606). Idéal pour les pipelines de biologie des systèmes et de biologie des réseaux, l'analyse de jeux de gènes et de voies, la recherche de cibles médicamenteuses et de gènes de maladies, et les tableaux de bord bioinformatiques.

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La base de connaissances des voies de signalisation Reactome sous forme d'API — la base de données ouverte et évaluée par les pairs des voies biologiques et des réactions, propulsée par le service officiel Reactome ContentService. Recherchez dans l'archive organisée des voies, réactions et molécules ; lisez toute entité par son identifiant stable Reactome (une voie, une réaction, un complexe ou une protéine : nom, type, espèce, compartiments, résumé et indicateur de maladie) ; listez les événements (sous-voies et réactions) contenus dans une voie ; listez les molécules participant à une voie ou réaction avec leurs identifiants de référence ; obtenez les voies de premier niveau pour tout organisme modèle ; mappez une protéine UniProt aux voies auxquelles elle participe ; et listez les espèces prises en charge. Couvre l'humain et plus de 15 organismes modèles dans le métabolisme, la transduction du signal, le cycle cellulaire, le système immunitaire, les maladies et plus encore. Idéal pour les pipelines de biologie des systèmes et de bioinformatique, les outils d'enrichissement de voies et de cibles médicamenteuses, les applications de recherche biomédicale, les ressources pédagogiques et les chatbots en sciences de la vie.

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