#embl-ebi

BioSamples ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που αποθηκεύει και συνδέει τα μεταδεδομένα βιολογικών δειγμάτων, τα φυσικά δείγματα πίσω από βιολογικά πειράματα. Ένα δείγμα στο BioSamples φέρει μια σταθερή πρόσβαση (όπως SAMEA3231268) και ένα πλούσιο σύνολο χαρακτηριστικών — οργανισμός, ιστός ή μέρος οργανισμού, τύπος κυττάρου, φύλο, ασθένεια, αναπτυξιακό στάδιο, στέλεχος και οποιαδήποτε χαρακτηριστικά παρέχονται από τον υποβάλλοντα — και αναφέρεται από άλλα αρχεία του EBI, συμπεριλαμβανομένων του European Nucleotide Archive (ENA), του ArrayExpress και του PRIDE. Το /v1/search?q=liver αναζητά δείγματα με ελεύθερο κείμενο και επιστρέφει την πρόσβαση, το όνομα, τον οργανισμό και την ημερομηνία κυκλοφορίας κάθε αντιστοιχίας. Το /v1/sample?id=SAMEA3231268 επιστρέφει τα μεταδεδομένα ενός δείγματος — την πρόσβαση, το όνομα, το αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI, τον οργανισμό, τις ημερομηνίες κυκλοφορίας και ενημέρωσης, τον αριθμό σχέσεων με άλλα δείγματα και τα χαρακτηριστικά του που έχουν μετατραπεί σε έναν καθαρό χάρτη κλειδιού→τιμής. Οι προσβάσεις μοιάζουν με SAMEA…, SAMN… ή SAMD…· μπορείτε να λάβετε μία από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ενοποίηση δεδομένων βιοεπιστημών, παρακολούθηση δειγμάτων, εναρμόνιση μεταδεδομένων και σύνδεση δεδομένων αλληλούχισης ή έκφρασης με το αρχικό δείγμα. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioSamples (δημόσια). Πρόκειται για ένα μητρώο μεταδεδομένων βιολογικών δειγμάτων — διακριτό από βάσεις δεδομένων μελετών (BioStudies), αλληλουχιών (ENA), παραλλαγών (ClinVar) και δομών.

api.oanor.com/biosamples-api

Το BioStudies ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που περιέχει τις περιγραφές βιολογικών μελετών και συνδέει τα δεδομένα τους σε όλους τους πόρους του EBI, συμπεριλαμβανομένων της απεικόνισης (BioImage Archive), της λειτουργικής γονιδιωματικής (ArrayExpress), της πρωτεομικής και της βιβλιογραφίας (Europe PMC). Κάθε μελέτη έχει έναν κωδικό πρόσβασης, έναν τίτλο και μια περίληψη, τη συλλογή στην οποία ανήκει και συνδέσμους προς τα υποκείμενα δεδομένα και τις δημοσιεύσεις της. Το /v1/search?query=covid αναζητά τις μελέτες και επιστρέφει τον κωδικό πρόσβασης κάθε αντιστοιχίας (π.χ. S-EPMC8017430), τον τίτλο, τον συγγραφέα, τον τύπο μελέτης, την ημερομηνία κυκλοφορίας και τον αριθμό συνδέσμων/αρχείων. Το /v1/study?id=S-EPMC8017430 επιστρέφει τα μεταδεδομένα μιας μελέτης — τον κωδικό πρόσβασης, τη συλλογή στην οποία ανήκει (όπως EuropePMC, ArrayExpress ή BioImages), τον τίτλο, την περίληψη, την ημερομηνία κυκλοφορίας, τους συγγραφείς και τον αριθμό των συνδεδεμένων πόρων. Οι κωδικοί πρόσβασης μοιάζουν με S-EPMC8017430 ή S-BSST123· λάβετε έναν από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ανακάλυψη ερευνητικών δεδομένων, σύνδεση βιβλιογραφίας με τα υποκείμενα σύνολα δεδομένων, συστηματικές ανασκοπήσεις και εργαλεία αναπαραγωγιμότητας. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioStudies (δημόσια). Πρόκειται για ένα ευρετήριο μεταδεδομένων μελετών και συνόλων δεδομένων — διακριτό από τις βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (UniProt, ENA), δομής (PDB, EMDB), παραλλαγών (ClinVar) και οντολογιών.

api.oanor.com/biostudies-api

Η Τράπεζα Δεδομένων Ηλεκτρονικής Μικροσκοπίας (EMDB) ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το δημόσιο αρχείο τρισδιάστατων χαρτών πυκνότητας ηλεκτρονικής μικροσκοπίας πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων και μεγάλων μακρομοριακών συμπλόκων. Το EMDB είναι το αντίστοιχο της Τράπεζας Δεδομένων Πρωτεϊνών για την ηλεκτρονική μικροσκοπία, περιέχοντας χάρτες που επιλύθηκαν με κρυο-ΗΜ μονοσωματιδίου, ηλεκτρονική τομογραφία και ηλεκτρονική κρυσταλλογραφία, την τεχνική πίσω από την πρόσφατη «επανάσταση ανάλυσης» στη δομική βιολογία. Το /v1/search?q=ribosome αναζητά στο αρχείο και επιστρέφει για κάθε αντίστοιχη εγγραφή το αναγνωριστικό EMDB (π.χ. EMD-1010), τον τίτλο, τη μέθοδο ηλεκτρονικής μικροσκοπίας και την ανάλυση σε ångström. Το /v1/entry?id=EMD-1010 επιστρέφει τα μεταδεδομένα μιας εγγραφής — τον τίτλο της, τη μέθοδο ΗΜ (μονοσωματίδιο, τομογραφία, …), την κατάσταση συσσωμάτωσης, την ανάλυση, το βιολογικό δείγμα που μελετήθηκε, λέξεις-κλειδιά ταξινόμησης, τις ημερομηνίες κατάθεσης, απελευθέρωσης χάρτη και τελευταίας ενημέρωσης, και τους συγγραφείς κατάθεσης. Τα αναγνωριστικά EMDB μοιάζουν με EMD-1010, και μπορείτε να περάσετε μόνο τον αριθμό. Ιδανικό για εργαλεία δομικής βιολογίας και κρυο-ΗΜ, εφαρμογές σύγκρισης δομών και οπτικοποίησης, και εκπαίδευση. Δεδομένα από το EMBL-EBI EMDB (δημόσιος τομέας). Αυτό είναι το αρχείο πειραματικών ΧΑΡΤΩΝ ηλεκτρονικής μικροσκοπίας — διακριτό από δομές ατομικών συντεταγμένων (PDB), προβλεπόμενες δομές (AlphaFold) και βάσεις δεδομένων αλληλουχιών πρωτεϊνών (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

BioModels ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το μεγαλύτερο αποθετήριο στον κόσμο επιμελημένων, δημοσιευμένων μαθηματικών μοντέλων βιολογικών συστημάτων. Το BioModels συλλέγει υπολογιστικά μοντέλα (κυρίως σε SBML, τη Γλώσσα Σήμανσης Συστημάτων Βιολογίας) μεταβολισμού, σηματοδότησης κυττάρων, γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων, κυτταρικού κύκλου, διαδικασιών ασθενειών και φυσιολογίας, το καθένα συνδεδεμένο με την αξιολογημένη από ομοτίμους δημοσίευση από την οποία προέρχεται. Το /v1/search?query=glycolysis αναζητά στο αποθετήριο και επιστρέφει κάθε ταιριαστό μοντέλο με το id του (όπως BIOMD0000000012), όνομα, μορφή, υποβολέα και ημερομηνίες υποβολής/τροποποίησης. Το /v1/model?id=BIOMD0000000012 επιστρέφει τα μεταδεδομένα ενός μοντέλου — το όνομα και την περιγραφή του, τη μορφή κωδικοποίησης, την προσέγγιση μοντελοποίησης (π.χ. μοντέλο συνήθων διαφορικών εξισώσεων), την κατάσταση επιμέλειας, τη δημοσίευση πίσω από αυτό (τίτλος, περιοδικό, έτος, συγγραφείς) και τα αρχεία μοντέλου. Τα id μοντέλων μοιάζουν με BIOMD0000000012 για επιμελημένα μοντέλα ή MODEL1234567890 για μη επιμελημένες υποβολές· λάβετε τα από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για εργαλεία συστημικής βιολογίας και υπολογιστικής μοντελοποίησης, ροές εργασίας αναπαραγώγιμης έρευνας και επαναχρησιμοποίησης μοντέλων, και διδασκαλία. Δεδομένα από EMBL-EBI BioModels (CC0). Πρόκειται για ένα αποθετήριο συστημικής βιολογίας / υπολογιστικών μοντέλων — διακριτό από βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (UniProt, ENA), δομής (PDB, AlphaFold), μονοπατιών και παραλλαγών (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

Η Υπηρεσία Αναζήτησης Οντολογιών (OLS) του EMBL-EBI ως API — ένα ενιαίο σημείο πρόσβασης σε περισσότερες από 280 βιοϊατρικές και επιστημονικές οντολογίες και ελεγχόμενα λεξιλόγια σε ένα μέρος: τη Γονιδιακή Οντολογία (GO), την Οντολογία Ανθρώπινων Ασθενειών (DOID), την Οντολογία Ανθρώπινου Φαινοτύπου (HP), ChEBI (χημικές οντότητες), Uberon (ανατομία), την Οντολογία Πειραματικών Παραγόντων (EFO), Mondo, NCIt και πολλές άλλες. Το /v1/search?q=diabetes αναζητά όρους σε όλες τις οντολογίες (ή περιορίζεται σε μία με ontology=doid), επιστρέφοντας την ετικέτα κάθε αντιστοίχισης, το OBO id (όπως DOID:9351 ή GO:0008150), την οντολογία, το IRI και έναν σύντομο ορισμό. Το /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 επιστρέφει τις λεπτομέρειες ενός μόνο όρου — την ετικέτα, τον ορισμό, το IRI, τα συνώνυμα και αν είναι απαρχαιωμένος. Το /v1/ontologies περιηγείται στις διαθέσιμες οντολογίες με το id, τον τίτλο, την περιγραφή και τον αριθμό όρων τους. Τα OBO ids μοιάζουν με DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 ή CHEBI:15377. Ιδανικό για βιοϊατρική επεξεργασία φυσικής γλώσσας, σχολιασμό και εναρμόνιση δεδομένων, αυτόματη συμπλήρωση επιστημονικής ορολογίας και εργαλεία σημασιολογίας και γράφων γνώσης. Δεδομένα από το EMBL-EBI OLS (ανοιχτά). Πρόκειται για μια γενική αναζήτηση οντολογίας / ελεγχόμενου λεξιλογίου που καλύπτει πολλούς τομείς — ευρύτερη από ένα μόνο ιατρικό θησαυρό όπως το MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Το Ευρωπαϊκό Αρχείο Νουκλεοτιδίων (ENA) ως API, υποστηριζόμενο από το EMBL-EBI — ένας από τους τρεις συνεργάτες του INSDC μαζί με τα NCBI GenBank και DDBJ, και το ολοκληρωμένο δημόσιο αρχείο των δεδομένων νουκλεοτιδικών αλληλουχιών του κόσμου. Το ENA περιέχει ακατέργαστες αναγνώσεις αλληλουχιών, συναρμολογημένα και σχολιασμένα γονιδιώματα, μεμονωμένες αλληλουχίες, βιολογικά δείγματα και τις μελέτες πίσω από αυτά, για κάθε τομέα της ζωής — τον βασικό πόρο για γονιδιωματική, μικροβιολογία, οικολογία, εξέλιξη και κλινική έρευνα. Αυτό το API παρέχει μια καθαρή ροή εργασίας τριών βημάτων πάνω από αυτό το αρχείο. Πρώτα, το /v1/taxon αναλύει ένα όνομα οργανισμού (π.χ. "Homo sapiens") στο αναγνωριστικό taxon NCBI, επιστημονική ονομασία, ταξινομική βαθμίδα και πλήρη γενεαλογία — ή αναζητά ένα taxon απευθείας με αναγνωριστικό. Στη συνέχεια, το /v1/search αναζητά στο αρχείο εγγραφές αυτού του taxon ενός επιλεγμένου τύπου: γονιδιωματικές συναρμολογήσεις (με όνομα συναρμολόγησης, επίπεδο και αριθμό βάσεων), αλληλουχίες αλληλούχησης (με πλατφόρμα, όργανο και αριθμούς αναγνώσεων), βιολογικά δείγματα (με ημερομηνία συλλογής και χώρα), σχολιασμένες αλληλουχίες, πειράματα ανάγνωσης, αναλύσεις, κωδικές και μη κωδικές αλληλουχίες και μελέτες — από προεπιλογή συμπεριλαμβάνοντας όλα τα απόγονα taxa, ή περιορισμένα στο ακριβές taxon. Τέλος, το /v1/record επιστρέφει μια περίληψη για οποιαδήποτε πρόσβαση ENA — συναρμολογήσεις (GCA_…), μελέτες και έργα (PRJ…), δείγματα (SAM…/ERS…), αλληλουχίες αλληλούχησης (ERR…/SRR…) και αλληλουχίες — με τον τίτλο, τον τύπο δεδομένων, το taxon, την επιστημονική ονομασία, τον αριθμό βάσεων και αλληλουχιών και τη δημόσια κατάσταση. Ιδανικό για βιοπληροφορικές σωληνώσεις, ανακάλυψη γονιδιωματικών δεδομένων, συλλογή μεταδεδομένων αλληλούχησης, εργαλεία βιοποικιλότητας και μεταγονιδιωματικής και αναπαραγωγιμότητα έρευνας. Τα αναγνωριστικά taxon μοιάζουν με 9606 (άνθρωπος); οι προσβάσεις όπως GCA_000001405. Δεδομένα από το EMBL-EBI ENA, ένα αρχείο INSDC, δωρεάν για χρήση.

api.oanor.com/ena-api