#protein-structure

La base de données de structures protéiques AlphaFold sous forme d'API, propulsée par EMBL-EBI et Google DeepMind. AlphaFold prédit la structure tridimensionnelle d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés avec une précision de niveau expérimental, et la base de données couvre désormais plus de 200 millions de protéines — presque toutes les séquences d'UniProt. Recherchez le modèle AlphaFold pour n'importe quelle protéine par son accession UniProt et obtenez sa description de gène et de protéine, son organisme et sa longueur de séquence, la version du modèle et sa date de création, la métrique de confiance globale, la séquence complète d'acides aminés, et des liens de téléchargement directs vers la structure prédite au format mmCIF, PDB et BinaryCIF ainsi que l'image et les données du tracé de l'erreur alignée prédite (PAE) ; et lisez la couverture structurale d'une protéine — le(s) modèle(s) prédit(s) par AlphaFold et toute structure liée avec leur fournisseur, catégorie de modèle, méthode et la plage de résidus UniProt couverte. Idéal pour la biologie structurale, la découverte de médicaments et l'évaluation de cibles, l'ingénierie des protéines, la visualisation moléculaire et l'enseignement. Les protéines sont identifiées par l'accession UniProt (par exemple P00520 ou P38398). Données provenant de la base de données AlphaFold (CC-BY 4.0). Pour les structures 3D déterminées expérimentalement, voir l'API PDB, pour les séquences protéiques et l'annotation fonctionnelle, l'API UniProt, et pour les familles et domaines, InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

La RCSB Protein Data Bank en tant qu'API — structures macromoléculaires 3D de protéines, acides nucléiques et complexes, alimentées par les données et services de recherche officiels de la RCSB PDB. Récupérez une entrée de structure par son identifiant PDB à 4 caractères pour son titre, sa méthode expérimentale (rayons X, cryo-ME, RMN), sa résolution, ses mots-clés, ses dates de dépôt et de publication, ses auteurs, sa citation principale et les comptes d'entités et d'assemblages ; effectuez une recherche en texte intégral dans l'ensemble des archives, renvoyant les identifiants PDB correspondants et le nombre total de résultats ; lisez une entité polymère pour son nom de protéine ou d'acide nucléique, sa séquence en une lettre, sa longueur, son organisme source, ses chaînes et les identifiants UniProt liés ; lisez un assemblage biologique pour son état oligomérique, sa symétrie et les comptes de chaînes et d'atomes ; listez les ligands liés dans une structure avec leurs identifiants de composants et leurs noms ; et recherchez tout composant chimique (ligand) par code pour sa formule, son poids, son SMILES et son InChIKey. Idéal pour les outils de biologie structurale et de découverte de médicaments, les visualiseurs moléculaires, les pipelines bioinformatiques, les applications éducatives et les tableaux de bord de recherche.

api.oanor.com/pdb-api