#protein-structure

De AlphaFold-eiwitstructuurdatabase als API, aangedreven door EMBL-EBI en Google DeepMind. AlphaFold voorspelt de driedimensionale structuur van een eiwit op basis van de aminozuursequentie met experimentele nauwkeurigheid, en de database bevat nu meer dan 200 miljoen eiwitten — bijna elke sequentie in UniProt. Zoek het AlphaFold-model voor elk eiwit op via de UniProt-toegangscode en verkrijg de gen- en eiwitbeschrijving, organisme en sequentielengte, modelversie en aanmaakdatum, de globale betrouwbaarheidsmaatstaf, de volledige aminozuursequentie en directe downloadlinks naar de voorspelde structuur als mmCIF, PDB en BinaryCIF samen met de Predicted Aligned Error (PAE)-plotafbeelding en -gegevens; en lees de structurele dekking van een eiwit — de voorspelde AlphaFold-modellen en eventuele gekoppelde structuren met hun aanbieder, modelcategorie, methode en het gedekte UniProt-residubereik. Ideaal voor structurele biologie, medicijnontdekking en doelwitevaluatie, eiwitengineering, moleculaire visualisatie en onderwijs. Eiwitten worden geïdentificeerd door UniProt-toegangscodes (bijvoorbeeld P00520 of P38398). Gegevens van de AlphaFold DB (CC-BY 4.0). Voor experimenteel bepaalde 3D-structuren, zie de PDB API, voor eiwitsequenties en functionele annotatie de UniProt API, en voor families en domeinen InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

De RCSB Protein Data Bank als API — 3D-macromoleculaire structuren van eiwitten, nucleïnezuren en complexen, aangedreven door de officiële RCSB PDB-gegevens en zoekdiensten. Haal een structuurinvoer op met de 4-karakter PDB-id voor de titel, experimentele methode (röntgen, cryo-EM, NMR), resolutie, trefwoorden, deponerings- en releasedatums, auteurs, primaire citatie en entiteit- & assemblage-aantallen; voer een full-text zoekopdracht uit over het hele archief die overeenkomende PDB-id's en het totale aantal hits retourneert; lees een polymeer-entiteit voor de eiwit- of nucleïnezuurnaam, één-letter sequentie, lengte, bronorganisme, ketens en gekoppelde UniProt-id's; lees een biologische assemblage voor de oligomere toestand, symmetrie en keten- & atoomtellingen; vermeld de liganden die in een structuur zijn gebonden met hun component-id's en namen; en zoek een chemische component (ligand) op code voor de formule, gewicht, SMILES en InChIKey. Ideaal voor structurele biologie en geneesmiddelenontdekkingstools, moleculaire viewers, bioinformatica-pijplijnen, onderwijsapps en onderzoeksdashboards.

api.oanor.com/pdb-api