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OLS Ontology API

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EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) jako API — jeden punkt dostępu do ponad 280 biomedycznych i naukowych ontologii oraz kontrolowanych słowników w jednym miejscu: Gene Ontology (GO), Human Disease Ontology (DOID), Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (jednostki chemiczne), Uberon (anatomia), Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt i wiele innych. /v1/search?q=diabetes wyszukuje terminy we wszystkich ontologiach (lub ogranicza do jednej za pomocą ontology=doid), zwracając etykietę, identyfikator OBO (np. DOID:9351 lub GO:0008150), ontologię, IRI oraz krótką definicję każdego dopasowania. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 zwraca szczegóły pojedynczego terminu — jego etykietę, definicję, IRI, synonimy oraz informację, czy jest przestarzały. /v1/ontologies przegląda dostępne ontologie z ich identyfikatorem, tytułem, opisem i liczbą terminów. Identyfikatory OBO wyglądają jak DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 lub CHEBI:15377. Idealne do biomedycznego przetwarzania języka naturalnego, adnotacji i harmonizacji danych, autouzupełniania terminologii naukowej oraz narzędzi semantycznych i grafów wiedzy. Dane z EMBL-EBI OLS (otwarte). Jest to ogólne wyszukiwanie ontologii/kontrolowanych słowników obejmujące wiele dziedzin — szersze niż pojedynczy tezaurus medyczny, taki jak MeSH.

#ontology #ols #embl-ebi #biomedical #gene-ontology #controlled-vocabulary #semantic
api.oanor.com/ols-api
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/api/ols-api/openapi.json
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MeSH API

Medical Subject Headings (MeSH) como API, alimentado pelo serviço oficial MeSH RDF da U.S. National Library of Medicine. MeSH é o vocabulário controlado autoritativo da NLM usado para indexar a literatura biomédica no PubMed — um tesauro curado de doenças, anatomia, produtos químicos e drogas, organismos, psiquiatria e psicologia, técnicas analíticas e diagnósticas, assistência médica e muito mais. Cada conceito é um "descritor" com um ID único estável (ex. D003920), um nome preferido, um conjunto de termos de entrada (sinônimos e variantes leigas) e uma lista de qualificadores permitidos (subcabeçalhos como farmacoterapia, diagnóstico ou epidemiologia). /v1/search?q=diabetes pesquisa descritores pelo nome preferido (correspondência=contém, exato ou começa com) e retorna o ID e rótulo de cada descritor. /v1/term?q=heart attack resolve um termo leigo ou sinônimo para o(s) descritor(es) MeSH ao(s) qual(is) pertence, então a linguagem coloquial mapeia para o vocabulário controlado (heart attack para Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 retorna o registro completo de um descritor — seu nome preferido, todos os termos de entrada (sinônimos), os qualificadores permitidos e referências cruzadas veja-também, com um link para o navegador MeSH. Ideal para processamento de linguagem natural biomédica e mineração de texto, etiquetagem e indexação de literatura, construção de ferramentas de busca clínica e de pesquisa, preenchimento automático sobre terminologia médica e mapeamento de texto livre para uma ontologia padrão. Dados do NLM MeSH (domínio público). Para nomenclatura clínica e interações específicas de drogas, veja a API RxNorm.

api.oanor.com/mesh-api

Ontology API

Ontologías biomédicas como API, impulsadas por el Servicio de Búsqueda de Ontologías del EBI (OLS). Busque en más de 280 ontologías seleccionadas: enfermedades (MONDO), fenotipos humanos (HP), la Ontología Génica (GO), anatomía (UBERON), tipos celulares (CL), química (ChEBI), factores experimentales (EFO), el Tesauro del NCI y muchas más — para encontrar términos por nombre; explore el catálogo completo de ontologías con versiones y recuentos de términos; lea cualquier término para obtener su definición, sinónimos exactos, ID OBO, IRI y estado de obsoleto; y recorra la jerarquía de clases a través de los padres e hijos directos de un término. Ideal para armonización y codificación de datos clínicos, búsqueda y autocompletado biomédico, enriquecimiento de grafos de conocimiento, anotación y pipelines de curación, y aplicaciones de investigación y EHR que necesiten vocabularios estándar. Los IDs OBO se ven como MONDO:0005148 o GO:0008150.

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BioSamples API

BioSamples como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que almacena y vincula los metadatos de muestras biológicas, los especímenes físicos detrás de los experimentos biológicos. Una muestra en BioSamples lleva un acceso estable (como SAMEA3231268) y un rico conjunto de características — organismo, tejido o parte del organismo, tipo celular, sexo, enfermedad, etapa de desarrollo, cepa y cualquier atributo proporcionado por el remitente — y es referenciada por otros archivos de EBI, incluidos el Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA), ArrayExpress y PRIDE. /v1/search?q=liver busca muestras por texto libre y devuelve el acceso, nombre, organismo y fecha de publicación de cada coincidencia. /v1/sample?id=SAMEA3231268 devuelve los metadatos de una muestra — su acceso, nombre, ID de taxón NCBI, organismo, fechas de publicación y actualización, el número de relaciones con otras muestras, y sus características aplanadas en un mapa limpio clave→valor. Los accesos tienen el formato SAMEA…, SAMN… o SAMD…; obtenga uno desde el endpoint de búsqueda. Ideal para integración de datos en ciencias de la vida, seguimiento de muestras, armonización de metadatos y vinculación de datos de secuenciación o expresión con su espécimen fuente. Datos de EMBL-EBI BioSamples (público). Este es un registro de metadatos de muestras biológicas — distinto de las bases de datos de estudios (BioStudies), secuencias (ENA), variantes (ClinVar) y estructuras.

api.oanor.com/biosamples-api

BioStudies API

BioStudies as an API, powered by EMBL-EBI — the database that holds the descriptions of biological studies and links their data together across EBI resources, including imaging (BioImage Archive), functional genomics (ArrayExpress), proteomics, and the literature (Europe PMC). Each study has an accession, a title and abstract, the collection it belongs to and links to its underlying data and publications. /v1/search?query=covid searches the studies and returns each match's accession (e.g. S-EPMC8017430), title, author, study type, release date and link/file counts. /v1/study?id=S-EPMC8017430 returns a study's metadata — its accession, the collection it belongs to (such as EuropePMC, ArrayExpress or BioImages), title, abstract, release date, authors and the number of linked resources. Accessions look like S-EPMC8017430 or S-BSST123; get one from the search endpoint. Ideal for research-data discovery, linking literature to its underlying datasets, systematic reviews and reproducibility tooling. Data from EMBL-EBI BioStudies (public). This is a studies and datasets metadata index — distinct from the sequence (UniProt, ENA), structure (PDB, EMDB), variant (ClinVar) and ontology databases.

api.oanor.com/biostudies-api

Domande frequenti

Risposte rapide su prezzi, quote e integrazione.

Come ottengo una chiave API per OLS Ontology API?
Registrati gratuitamente su oanor.com, genera una chiave API dalla dashboard sviluppatore e chiama OLS Ontology API con l'header x-oanor-key. Nessuna carta di credito richiesta per il piano gratuito.
Qual è il limite di velocità di OLS Ontology API?
Il piano gratuito consente 1 richiesta al secondo. I piani a pagamento arrivano fino a 50 richieste al secondo nel piano Mega. I limiti rigorosi restituiscono HTTP 429 oltre la quota — nessuna spesa imprevista.
Quanto costa OLS Ontology API?
OLS Ontology API ha un piano gratuito con 100 chiamate / mese. I piani a pagamento partono da €6.50 / mese con quote più alte e limiti di velocità più rapidi.
Posso cancellare l'abbonamento in qualsiasi momento?
Sì. I piani sono fatturati mensilmente e puoi cancellare in qualsiasi momento dalla dashboard di fatturazione. Nessun contratto a lungo termine e nessuna penale di cancellazione.
OLS Ontology API è conforme al GDPR?
Tutte le richieste a OLS Ontology API passano attraverso il nostro gateway in UE. La tua chiave upstream non lascia mai il nostro server e nessun dato personale viene condiviso con il fornitore upstream oltre alla richiesta inviata.

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curl https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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