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BioSamples als API, betrieben von EMBL-EBI – die Datenbank, die die Metadaten biologischer Proben speichert und verknüpft, die physischen Exemplare hinter biologischen Experimenten. Eine Probe in BioSamples trägt eine stabile Zugangsnummer (wie SAMEA3231268) und eine umfangreiche Reihe von Merkmalen – Organismus, Gewebe oder Organbestandteil, Zelltyp, Geschlecht, Krankheit, Entwicklungsstadium, Stamm und alle vom Einreicher bereitgestellten Attribute – und wird von anderen EBI-Archiven referenziert, darunter das European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress und PRIDE. /v1/search?q=liver durchsucht Proben nach Freitext und gibt für jede Übereinstimmung die Zugangsnummer, den Namen, den Organismus und das Veröffentlichungsdatum zurück. /v1/sample?id=SAMEA3231268 gibt die Metadaten einer Probe zurück – ihre Zugangsnummer, ihren Namen, die NCBI-Taxon-ID, den Organismus, das Veröffentlichungs- und Aktualisierungsdatum, die Anzahl der Beziehungen zu anderen Proben und ihre Merkmale, reduziert auf eine saubere Schlüssel→Wert-Zuordnung. Zugangsnummern sehen aus wie SAMEA…, SAMN… oder SAMD…; erhalten Sie eine vom Such-Endpunkt. Ideal für die Integration lebenswissenschaftlicher Daten, Probenverfolgung, Metadatenharmonisierung und die Verknüpfung von Sequenzierungs- oder Expressionsdaten mit ihrem Ursprungsexemplar. Daten von EMBL-EBI BioSamples (öffentlich). Dies ist ein Register für biologische Probenmetadaten – zu unterscheiden von Studien- (BioStudies), Sequenz- (ENA), Varianten- (ClinVar) und Strukturdatenbanken.

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BioStudies als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – die Datenbank, die die Beschreibungen biologischer Studien enthält und ihre Daten über EBI-Ressourcen hinweg verknüpft, einschließlich Bildgebung (BioImage Archive), funktioneller Genomik (ArrayExpress), Proteomik und der Literatur (Europe PMC). Jede Studie hat eine Accession, einen Titel und ein Abstract, die Sammlung, zu der sie gehört, sowie Links zu ihren zugrunde liegenden Daten und Publikationen. /v1/search?query=covid durchsucht die Studien und gibt für jede Übereinstimmung die Accession (z. B. S-EPMC8017430), den Titel, den Autor, den Studientyp, das Veröffentlichungsdatum und die Anzahl der Links/Dateien zurück. /v1/study?id=S-EPMC8017430 gibt die Metadaten einer Studie zurück – ihre Accession, die Sammlung, zu der sie gehört (wie EuropePMC, ArrayExpress oder BioImages), Titel, Abstract, Veröffentlichungsdatum, Autoren und die Anzahl der verknüpften Ressourcen. Accessions sehen aus wie S-EPMC8017430 oder S-BSST123; eine davon erhalten Sie vom Such-Endpunkt. Ideal für die Entdeckung von Forschungsdaten, die Verknüpfung von Literatur mit ihren zugrunde liegenden Datensätzen, systematische Übersichtsarbeiten und Reproduzierbarkeits-Tools. Daten von EMBL-EBI BioStudies (öffentlich). Dies ist ein Index für Studien- und Datensatz-Metadaten – unterscheidet sich von den Sequenz- (UniProt, ENA), Struktur- (PDB, EMDB), Varianten- (ClinVar) und Ontologie-Datenbanken.

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Die Electron Microscopy Data Bank (EMDB) als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – das öffentliche Archiv für dreidimensionale elektronenmikroskopische Dichtekarten von Proteinen, Nukleinsäuren und großen makromolekularen Komplexen. EMDB ist das elektronenmikroskopische Gegenstück zur Protein Data Bank und enthält Karten, die durch Einzelpartikel-Kryo-EM, Elektronentomographie und Elektronenkristallographie gelöst wurden – die Technik hinter der jüngsten „Auflösungsrevolution“ in der Strukturbiologie. /v1/search?q=ribosome durchsucht das Archiv und gibt für jeden Treffer die EMDB-ID (z. B. EMD-1010), den Titel, die elektronenmikroskopische Methode und die Auflösung in Ångström zurück. /v1/entry?id=EMD-1010 gibt die Metadaten eines Eintrags zurück – seinen Titel, die EM-Methode (Einzelpartikel, Tomographie, …), den Aggregatzustand, die Auflösung, die untersuchte biologische Probe, Klassifikationsschlüsselwörter, die Daten der Hinterlegung, Kartenfreigabe und letzten Aktualisierung sowie die hinterlegenden Autoren. EMDB-IDs sehen aus wie EMD-1010, und Sie können nur die Nummer übergeben. Ideal für strukturbiologische und Kryo-EM-Werkzeuge, Strukturvergleichs- und Visualisierungs-Apps sowie Bildung. Daten von EMBL-EBI EMDB (Public Domain). Dies ist das Archiv experimenteller elektronenmikroskopischer KARTEN – zu unterscheiden von Atomkoordinatenstrukturen (PDB), vorhergesagten Strukturen (AlphaFold) und Proteinsequenzdatenbanken (UniProt).

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BioModels als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – das weltweit größte Repository kuratierter, veröffentlichter mathematischer Modelle biologischer Systeme. BioModels sammelt Computermodelle (hauptsächlich in SBML, der Systems Biology Markup Language) von Stoffwechsel, Zellsignalisierung, Genregulationsnetzwerken, Zellzyklus, Krankheitsprozessen und Physiologie, jeweils verknüpft mit der begutachteten Veröffentlichung, aus der sie stammen. /v1/search?query=glycolysis durchsucht das Repository und gibt für jedes passende Modell die ID (wie BIOMD0000000012), den Namen, das Format, den Einreicher sowie die Einreichungs-/Änderungsdaten zurück. /v1/model?id=BIOMD0000000012 gibt die Metadaten eines Modells zurück – seinen Namen und Beschreibung, das Kodierungsformat, den Modellierungsansatz (z. B. gewöhnliches Differentialgleichungsmodell), den Kuratierungsstatus, die zugrunde liegende Veröffentlichung (Titel, Zeitschrift, Jahr, Autoren) und die Modelldateien. Modell-IDs sehen aus wie BIOMD0000000012 für kuratierte Modelle oder MODEL1234567890 für nicht kuratierte Einreichungen; erhalten Sie sie vom Such-Endpunkt. Ideal für Systembiologie- und Computermodellierungswerkzeuge, reproduzierbare Forschungs- und Modellwiederverwendungs-Workflows sowie Lehre. Daten von EMBL-EBI BioModels (CC0). Dies ist ein Systembiologie-/Computermodell-Repository – abzugrenzen von Sequenz- (UniProt, ENA), Struktur- (PDB, AlphaFold), Pathway- und Varianten-Datenbanken (ClinVar).

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Der EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) als API – ein zentraler Zugangspunkt zu mehr als 280 biomedizinischen und wissenschaftlichen Ontologien und kontrollierten Vokabularen an einem Ort: der Gene Ontology (GO), der Human Disease Ontology (DOID), der Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (chemische Entitäten), Uberon (Anatomie), der Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt und vielen weiteren. /v1/search?q=diabetes durchsucht Begriffe in allen Ontologien (oder beschränkt auf eine mit ontology=doid) und gibt für jeden Treffer die Bezeichnung, die OBO-ID (wie DOID:9351 oder GO:0008150), die Ontologie, die IRI und eine kurze Definition zurück. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 gibt die Details eines einzelnen Begriffs zurück – seine Bezeichnung, Definition, IRI, Synonyme und ob er veraltet ist. /v1/ontologies listet die verfügbaren Ontologien mit ihrer ID, ihrem Titel, ihrer Beschreibung und der Anzahl der Begriffe auf. OBO-IDs sehen aus wie DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 oder CHEBI:15377. Ideal für biomedizinische Verarbeitung natürlicher Sprache, Datenannotation und -harmonisierung, Autovervollständigung über wissenschaftliche Terminologie sowie semantische und Wissensgraph-Werkzeuge. Daten von EMBL-EBI OLS (offen). Dies ist eine allgemeine Ontologie-/kontrollierte Vokabular-Suche, die viele Bereiche abdeckt – breiter als ein einzelner medizinischer Thesaurus wie MeSH.

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Das European Nucleotide Archive (ENA) als API, betrieben von EMBL-EBI – einem der drei INSDC-Partner neben NCBI GenBank und DDBJ und dem umfassenden öffentlichen Archiv der weltweiten Nukleotidsequenzdaten. ENA enthält rohe Sequenzierungs-Reads, assemblierte und annotierte Genome, einzelne Sequenzen, biologische Proben und die zugrunde liegenden Studien für alle Bereiche des Lebens – die grundlegende Ressource für Genomik, Mikrobiologie, Ökologie, Evolution und klinische Forschung. Diese API bietet einen klaren dreistufigen Workflow über dieses Archiv. Zunächst löst /v1/taxon einen Organismennamen (z. B. „Homo sapiens“) in seine NCBI-Taxon-ID, den wissenschaftlichen Namen, den taxonomischen Rang und die vollständige Abstammungslinie auf – oder sucht ein Taxon direkt anhand der ID. Dann durchsucht /v1/search das Archiv nach den Datensätzen dieses Taxons eines gewählten Typs: Genomassemblierungen (mit Assemblierungsname, -stufe und Basenzahl), Sequenzierungsläufe (mit Plattform, Instrument und Read-Zahlen), biologische Proben (mit Sammeldatum und Land), annotierte Sequenzen, Read-Experimente, Analysen, kodierende und nicht-kodierende Sequenzen sowie Studien – standardmäßig einschließlich aller abgeleiteten Taxa oder auf das genaue Taxon beschränkt. Schließlich gibt /v1/record eine Zusammenfassung für jede ENA-Accession zurück – Assemblierungen (GCA_…), Studien und Projekte (PRJ…), Proben (SAM…/ERS…), Sequenzierungsläufe (ERR…/SRR…) und Sequenzen – mit Titel, Datentyp, Taxon, wissenschaftlichem Namen, Basis- und Sequenzzahlen sowie öffentlichem Status. Ideal für Bioinformatik-Pipelines, Genomdaten-Entdeckung, Ernte von Sequenzierungsmetadaten, Biodiversitäts- und Metagenomik-Tools sowie Forschungsreproduzierbarkeit. Taxon-IDs sehen aus wie 9606 (Mensch); Accessions wie GCA_000001405. Daten von EMBL-EBI ENA, einem INSDC-Archiv, kostenlos nutzbar.

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