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Gene Ontology API

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Gene function as an API — powered by EMBL-EBI's QuickGO and the Gene Ontology (GO), the standard vocabulary that describes what gene products do across three aspects: molecular function, biological process and cellular component. Given a gene or protein (a UniProt accession), list every GO annotation made for it — the GO term, its aspect, the qualifier, the evidence code, the supporting reference (e.g. a PubMed id), the organism and who assigned it — optionally filtered by aspect or organism. Look up any GO term to get its definition, aspect, synonyms and number of child terms; and search the ontology by name to find the right GO terms. GO term names are resolved automatically on annotations. From TP53 to any protein in any species, it is the backbone of functional genomics — ideal for enrichment analysis, annotation pipelines, bioinformatics and research tools. A gene-function annotation resource (which genes have which functions, with evidence) — distinct from generic ontology-term lookup. Open data from EMBL-EBI QuickGO and the GO Consortium (CC BY 4.0).

#gene-ontology #genomics #bioinformatics #annotations #proteins #science
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OLS Ontology API

EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) jako API — jeden punkt dostępu do ponad 280 biomedycznych i naukowych ontologii oraz kontrolowanych słowników w jednym miejscu: Gene Ontology (GO), Human Disease Ontology (DOID), Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (jednostki chemiczne), Uberon (anatomia), Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt i wiele innych. /v1/search?q=diabetes wyszukuje terminy we wszystkich ontologiach (lub ogranicza do jednej za pomocą ontology=doid), zwracając etykietę, identyfikator OBO (np. DOID:9351 lub GO:0008150), ontologię, IRI oraz krótką definicję każdego dopasowania. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 zwraca szczegóły pojedynczego terminu — jego etykietę, definicję, IRI, synonimy oraz informację, czy jest przestarzały. /v1/ontologies przegląda dostępne ontologie z ich identyfikatorem, tytułem, opisem i liczbą terminów. Identyfikatory OBO wyglądają jak DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 lub CHEBI:15377. Idealne do biomedycznego przetwarzania języka naturalnego, adnotacji i harmonizacji danych, autouzupełniania terminologii naukowej oraz narzędzi semantycznych i grafów wiedzy. Dane z EMBL-EBI OLS (otwarte). Jest to ogólne wyszukiwanie ontologii/kontrolowanych słowników obejmujące wiele dziedzin — szersze niż pojedynczy tezaurus medyczny, taki jak MeSH.

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Ontology API

Ontologías biomédicas como API, impulsadas por el Servicio de Búsqueda de Ontologías del EBI (OLS). Busque en más de 280 ontologías seleccionadas: enfermedades (MONDO), fenotipos humanos (HP), la Ontología Génica (GO), anatomía (UBERON), tipos celulares (CL), química (ChEBI), factores experimentales (EFO), el Tesauro del NCI y muchas más — para encontrar términos por nombre; explore el catálogo completo de ontologías con versiones y recuentos de términos; lea cualquier término para obtener su definición, sinónimos exactos, ID OBO, IRI y estado de obsoleto; y recorra la jerarquía de clases a través de los padres e hijos directos de un término. Ideal para armonización y codificación de datos clínicos, búsqueda y autocompletado biomédico, enriquecimiento de grafos de conocimiento, anotación y pipelines de curación, y aplicaciones de investigación y EHR que necesiten vocabularios estándar. Los IDs OBO se ven como MONDO:0005148 o GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api

Genome Assemblies API

Reference genome assemblies as an API — powered by NCBI Assembly, the registry of genome builds for organisms across the tree of life. Search assemblies by organism (or free text) and look up any assembly's metadata: its accession (GCF_… RefSeq or GCA_… GenBank), name (e.g. GRCh38.p14), organism and taxon id, assembly level (complete genome, chromosome, scaffold or contig), contiguity statistics (contig and scaffold N50), sequencing coverage, RefSeq category, UCSC and Ensembl names, the submitting organization, release date and FTP download paths. From the human reference genome to any sequenced microbe, plant or animal, it turns the genome-assembly registry into a clean search-and-fetch API. A genome-assembly registry — distinct from sequence (ENA), genome annotation (Ensembl), variant (ClinVar, dbVar) and gene-expression (GEO) databases. Open data from NCBI Assembly (public domain).

api.oanor.com/genomes-api

Gene Expression API

Functional-genomics experiments as an API — powered by NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), the largest public repository of gene-expression data. GEO archives expression series and curated datasets from microarray and high-throughput-sequencing experiments across every organism. Search experiments by keyword and optionally by organism, and look up any series or dataset to get its metadata: title, summary, assay type (expression profiling by array or by sequencing), organism, number of samples, platform and the publication behind it. From β-cell stress studies to cancer transcriptomics across human and mouse, it turns the GEO archive into a simple search-and-fetch API for transcriptomics, bioinformatics and research-data discovery. A gene-expression / functional-genomics dataset repository — distinct from sequence (ENA), variant (ClinVar, dbVar), structure (PDB) and ontology databases. Open data from NCBI GEO (public domain).

api.oanor.com/geodatasets-api

Domande frequenti

Risposte rapide su prezzi, quote e integrazione.

Come ottengo una chiave API per Gene Ontology API?
Registrati gratuitamente su oanor.com, genera una chiave API dalla dashboard sviluppatore e chiama Gene Ontology API con l'header x-oanor-key. Nessuna carta di credito richiesta per il piano gratuito.
Qual è il limite di velocità di Gene Ontology API?
Il piano gratuito consente 1 richiesta al secondo. I piani a pagamento arrivano fino a 50 richieste al secondo nel piano Mega. I limiti rigorosi restituiscono HTTP 429 oltre la quota — nessuna spesa imprevista.
Quanto costa Gene Ontology API?
Gene Ontology API ha un piano gratuito con 100 chiamate / mese. I piani a pagamento partono da €7.30 / mese con quote più alte e limiti di velocità più rapidi.
Posso cancellare l'abbonamento in qualsiasi momento?
Sì. I piani sono fatturati mensilmente e puoi cancellare in qualsiasi momento dalla dashboard di fatturazione. Nessun contratto a lungo termine e nessuna penale di cancellazione.
Gene Ontology API è conforme al GDPR?
Tutte le richieste a Gene Ontology API passano attraverso il nostro gateway in UE. La tua chiave upstream non lascia mai il nostro server e nessun dato personale viene condiviso con il fornitore upstream oltre alla richiesta inviata.

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curl https://api.oanor.com/quickgo-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/quickgo-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/quickgo-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/quickgo-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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