#embl-ebi

BioSamples als API, aangedreven door EMBL-EBI — de database die de metadata van biologische monsters opslaat en koppelt, de fysieke specimens achter biologische experimenten. Een monster in BioSamples heeft een stabiele toegang (zoals SAMEA3231268) en een rijke set kenmerken — organisme, weefsel of orgaandeel, celtype, geslacht, ziekte, ontwikkelingsstadium, stam en alle door de indiener verstrekte attributen — en wordt gerefereerd door andere EBI-archieven, waaronder het European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress en PRIDE. /v1/search?q=liver doorzoekt monsters op vrije tekst en retourneert de toegang, naam, organisme en releasedatum van elke overeenkomst. /v1/sample?id=SAMEA3231268 retourneert de metadata van een monster — de toegang, naam, NCBI-taxon-id, organisme, release- en updatedatums, het aantal relaties met andere monsters, en de kenmerken afgevlakt tot een schone sleutel→waarde-kaart. Toegangen zien eruit als SAMEA…, SAMN… of SAMD…; haal er een uit het zoekendpoint. Ideaal voor levenswetenschappelijke data-integratie, monstertracking, metadata-harmonisatie en het koppelen van sequencing- of expressiegegevens terug naar het oorspronkelijke specimen. Gegevens van EMBL-EBI BioSamples (openbaar). Dit is een biologisch-monster-metadataregister — te onderscheiden van studie- (BioStudies), sequentie- (ENA), variant- (ClinVar) en structuurdatabases.

api.oanor.com/biosamples-api

BioStudies als API, aangedreven door EMBL-EBI — de database die de beschrijvingen van biologische studies bevat en hun gegevens verbindt over EBI-bronnen heen, waaronder beeldvorming (BioImage Archive), functionele genomica (ArrayExpress), proteomics en de literatuur (Europe PMC). Elke studie heeft een accession, een titel en samenvatting, de collectie waartoe het behoort en links naar de onderliggende gegevens en publicaties. /v1/search?query=covid doorzoekt de studies en retourneert de accession (bijv. S-EPMC8017430), titel, auteur, studietype, releasedatum en link/bestandtellingen van elke overeenkomst. /v1/study?id=S-EPMC8017430 retourneert de metadata van een studie — de accession, de collectie waartoe het behoort (zoals EuropePMC, ArrayExpress of BioImages), titel, samenvatting, releasedatum, auteurs en het aantal gekoppelde bronnen. Accessions zien eruit als S-EPMC8017430 of S-BSST123; haal er een uit het zoekendpoint. Ideaal voor onderzoeksgegevensontdekking, het koppelen van literatuur aan de onderliggende datasets, systematische reviews en reproduceerbaarheidstools. Gegevens van EMBL-EBI BioStudies (openbaar). Dit is een index van studies en datasets metadata — verschillend van de sequentie- (UniProt, ENA), structuur- (PDB, EMDB), variant- (ClinVar) en ontologiedatabases.

api.oanor.com/biostudies-api

De Electron Microscopy Data Bank (EMDB) als API, aangedreven door EMBL-EBI — het openbare archief van driedimensionale elektronenmicroscopie-dichtheidskaarten van eiwitten, nucleïnezuren en grote macromoleculaire complexen. EMDB is de elektronenmicroscopie-tegenhanger van de Protein Data Bank, met kaarten opgelost door single-particle cryo-EM, elektronentomografie en elektronenkristallografie, de techniek achter de recente 'resolutie-revolutie' in de structurele biologie. /v1/search?q=ribosome doorzoekt het archief en retourneert voor elke overeenkomende vermelding de EMDB-id (bijv. EMD-1010), titel, elektronenmicroscopiemethode en resolutie in ångström. /v1/entry?id=EMD-1010 retourneert de metadata van een vermelding — de titel, de EM-methode (single particle, tomografie, …), de aggregatietoestand, de resolutie, het bestudeerde biologische monster, classificatie-sleutelwoorden, de datums van deponering, kaartpublicatie en laatste update, en de indienende auteurs. EMDB-ids zien eruit als EMD-1010, en u kunt alleen het nummer doorgeven. Ideaal voor structurele-biologie- en cryo-EM-tools, structuurvergelijking- en visualisatie-apps, en onderwijs. Gegevens van EMBL-EBI EMDB (publiek domein). Dit is het archief van experimentele elektronenmicroscopie-KAARTEN — te onderscheiden van atomaire-coördinaatstructuren (de PDB), voorspelde structuren (AlphaFold) en eiwitsequentiedatabases (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

BioModels als API, aangedreven door EMBL-EBI — 's werelds grootste repository van gecureerde, gepubliceerde wiskundige modellen van biologische systemen. BioModels verzamelt computationele modellen (meestal in SBML, de Systems Biology Markup Language) van metabolisme, celsignalering, genregulatienetwerken, de celcyclus, ziekteprocessen en fysiologie, elk gekoppeld aan de peer-reviewed publicatie waaruit het afkomstig is. /v1/search?query=glycolysis doorzoekt de repository en retourneert voor elk overeenkomend model de id (zoals BIOMD0000000012), naam, formaat, indiener en inzendings-/wijzigingsdatums. /v1/model?id=BIOMD0000000012 retourneert de metadata van een model — de naam en beschrijving, het coderingsformaat, de modelleringsaanpak (bijv. gewone differentiaalvergelijkingmodel), de curatiestatus, de publicatie erachter (titel, tijdschrift, jaar, auteurs) en de modelbestanden. Model-ID's zien eruit als BIOMD0000000012 voor gecureerde modellen of MODEL1234567890 voor niet-gecureerde inzendingen; haal ze op uit het zoekendpoint. Ideaal voor systeembiologie- en computationele modelleringstools, reproduceerbaar onderzoek en modelhergebruikworkflows, en onderwijs. Gegevens van EMBL-EBI BioModels (CC0). Dit is een systeembiologie-/computationeel-modelrepository — te onderscheiden van sequentie- (UniProt, ENA), structuur- (PDB, AlphaFold), pathway- en variantdatabases (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

De EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) als een API — een enkel toegangspunt tot meer dan 280 biomedische en wetenschappelijke ontologieën en gecontroleerde vocabularia op één plek: de Gene Ontology (GO), de Human Disease Ontology (DOID), de Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (chemische entiteiten), Uberon (anatomie), de Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt en vele andere. /v1/search?q=diabetes doorzoekt termen in alle ontologieën (of beperk tot één met ontology=doid), en retourneert voor elke overeenkomst het label, OBO-id (zoals DOID:9351 of GO:0008150), ontologie, IRI en een korte definitie. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 retourneert de details van één term — het label, de definitie, IRI, synoniemen en of deze verouderd is. /v1/ontologies bladert door de beschikbare ontologieën met hun id, titel, beschrijving en aantal termen. OBO-id's zien eruit als DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 of CHEBI:15377. Ideaal voor biomedische natuurlijke-taalverwerking, gegevensannotatie en -harmonisatie, automatisch aanvullen van wetenschappelijke terminologie, en semantische en kennisgraaf-tooling. Gegevens van EMBL-EBI OLS (open). Dit is een algemene ontologie / gecontroleerd-vocabularium-opzoeking die vele domeinen bestrijkt — breder dan een enkele medische thesaurus zoals MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Het European Nucleotide Archive (ENA) als API, aangedreven door EMBL-EBI — een van de drie INSDC-partners naast NCBI GenBank en DDBJ, en het uitgebreide openbare archief van 's werelds nucleotidesequentiegegevens. ENA bevat ruwe sequencing-reads, geassembleerde en geannoteerde genomen, individuele sequenties, biologische monsters en de studies erachter, voor elk domein van het leven — de ruggengraatbron voor genomica, microbiologie, ecologie, evolutie en klinisch onderzoek. Deze API biedt een heldere driestappenworkflow over dat archief. Eerst lost /v1/taxon een organismenaam (bijv. "Homo sapiens") op naar zijn NCBI-taxon-id, wetenschappelijke naam, taxonomische rang en volledige afstamming — of zoekt een taxon direct op via id. Vervolgens doorzoekt /v1/search het archief naar records van dat taxon van een gekozen type: genoomassemblages (met assemblagenaam, niveau en basistelling), sequencing-runs (met platform, instrument en leestellingen), biologische monsters (met verzamelingsdatum en land), geannoteerde sequenties, leesexperimenten, analyses, coderende en niet-coderende sequenties, en studies — standaard inclusief alle afstammende taxa, of beperkt tot het exacte taxon. Ten slotte retourneert /v1/record een samenvatting voor elke ENA-accessie — assemblages (GCA_…), studies en projecten (PRJ…), monsters (SAM…/ERS…), sequencing-runs (ERR…/SRR…) en sequenties — met de titel, gegevenstype, taxon, wetenschappelijke naam, basis- en sequentietellingen en openbare status. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, genoomgegevensontdekking, sequencing-metadata-oogst, biodiversiteits- en metagenomica-tooling, en reproduceerbaarheid van onderzoek. Taxon-id's zien eruit als 9606 (mens); accessies zoals GCA_000001405. Gegevens van EMBL-EBI ENA, een INSDC-archief, gratis te gebruiken.

api.oanor.com/ena-api