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API de BioSamples

saludable 4,634 Suscriptoras

BioSamples como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que almacena y vincula los metadatos de muestras biológicas, los especímenes físicos detrás de los experimentos biológicos. Una muestra en BioSamples lleva un acceso estable (como SAMEA3231268) y un rico conjunto de características — organismo, tejido o parte del organismo, tipo celular, sexo, enfermedad, etapa de desarrollo, cepa y cualquier atributo proporcionado por el remitente — y es referenciada por otros archivos de EBI, incluidos el Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA), ArrayExpress y PRIDE. /v1/search?q=liver busca muestras por texto libre y devuelve el acceso, nombre, organismo y fecha de publicación de cada coincidencia. /v1/sample?id=SAMEA3231268 devuelve los metadatos de una muestra — su acceso, nombre, ID de taxón de NCBI, organismo, fechas de publicación y actualización, el número de relaciones con otras muestras, y sus características aplanadas en un mapa limpio clave→valor. Los accesos tienen el formato SAMEA…, SAMN… o SAMD…; obtenga uno desde el endpoint de búsqueda. Ideal para integración de datos de ciencias de la vida, seguimiento de muestras, armonización de metadatos y vinculación de datos de secuenciación o expresión con su espécimen fuente. Datos de EMBL-EBI BioSamples (público). Este es un registro de metadatos de muestras biológicas — distinto de las bases de datos de estudios (BioStudies), secuencias (ENA), variantes (ClinVar) y estructuras.

#biosamples #samples #embl-ebi #metadata #life-sciences #specimens #bioinformatics
api.oanor.com/biosamples-api
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Especificaciones legibles por máquina para que los agentes de IA puedan integrar este API.

/api/biosamples-api/openapi.json
/api/biosamples-api/llms.txt

Descubrimiento: GET /api/index.json enumera todos los API.

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saludable
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  • 5 solicitudes/segundo
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  • Límite máximo (429 por encima de la cuota, sin excedente)
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  • 35 solicitudes/segundo
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Otros APIs con etiquetas superpuestas.

API de BioStudies

BioStudies como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que contiene las descripciones de estudios biológicos y enlaza sus datos a través de los recursos de EBI, incluyendo imágenes (BioImage Archive), genómica funcional (ArrayExpress), proteómica y la literatura (Europe PMC). Cada estudio tiene un acceso, un título y resumen, la colección a la que pertenece y enlaces a sus datos subyacentes y publicaciones. /v1/search?query=covid busca en los estudios y devuelve el acceso de cada coincidencia (ej. S-EPMC8017430), título, autor, tipo de estudio, fecha de publicación y recuentos de enlaces/archivos. /v1/study?id=S-EPMC8017430 devuelve los metadatos de un estudio — su acceso, la colección a la que pertenece (como EuropePMC, ArrayExpress o BioImages), título, resumen, fecha de publicación, autores y el número de recursos enlazados. Los accesos tienen el formato S-EPMC8017430 o S-BSST123; obtenga uno del endpoint de búsqueda. Ideal para el descubrimiento de datos de investigación, vinculación de literatura con sus conjuntos de datos subyacentes, revisiones sistemáticas y herramientas de reproducibilidad. Datos de EMBL-EBI BioStudies (público). Este es un índice de metadatos de estudios y conjuntos de datos — distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructuras (PDB, EMDB), variantes (ClinVar) y ontologías.

api.oanor.com/biostudies-api

API de EMDB

El Banco de Datos de Microscopía Electrónica (EMDB) como API, impulsado por EMBL-EBI — el archivo público de mapas de densidad tridimensionales de microscopía electrónica de proteínas, ácidos nucleicos y grandes complejos macromoleculares. EMDB es la contraparte de microscopía electrónica del Protein Data Bank, que alberga mapas resueltos mediante criomicroscopía electrónica de partícula única, tomografía electrónica y cristalografía electrónica, la técnica detrás de la reciente "revolución de la resolución" en biología estructural. /v1/search?q=ribosoma busca en el archivo y devuelve el ID de EMDB de cada entrada coincidente (p. ej., EMD-1010), título, método de microscopía electrónica y resolución en ångström. /v1/entry?id=EMD-1010 devuelve los metadatos de una entrada: su título, el método de EM (partícula única, tomografía, …), el estado de agregación, la resolución, la muestra biológica estudiada, palabras clave de clasificación, las fechas de depósito, publicación del mapa y última actualización, y los autores depositantes. Los IDs de EMDB tienen el formato EMD-1010, y puede pasar solo el número. Ideal para herramientas de biología estructural y criomicroscopía electrónica, aplicaciones de comparación y visualización de estructuras, y educación. Datos de EMBL-EBI EMDB (dominio público). Este es el archivo de MAPAS experimentales de microscopía electrónica — distinto de las estructuras de coordenadas atómicas (PDB), estructuras predichas (AlphaFold) y bases de datos de secuencias de proteínas (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

API de BioModels

BioModels como API, impulsado por EMBL-EBI, el repositorio más grande del mundo de modelos matemáticos curados y publicados de sistemas biológicos. BioModels recopila modelos computacionales (principalmente en SBML, el Lenguaje de Marcado de Biología de Sistemas) de metabolismo, señalización celular, redes de regulación genética, ciclo celular, procesos de enfermedades y fisiología, cada uno vinculado a la publicación revisada por pares de la que proviene. /v1/search?query=glycolysis busca en el repositorio y devuelve el id de cada modelo coincidente (como BIOMD0000000012), nombre, formato, remitente y fechas de envío/modificación. /v1/model?id=BIOMD0000000012 devuelve los metadatos de un modelo: su nombre y descripción, el formato de codificación, el enfoque de modelado (por ejemplo, modelo de ecuaciones diferenciales ordinarias), el estado de curación, la publicación detrás de él (título, revista, año, autores) y los archivos del modelo. Los ids de los modelos se ven como BIOMD0000000012 para modelos curados o MODEL1234567890 para envíos no curados; obténgalos del endpoint de búsqueda. Ideal para herramientas de biología de sistemas y modelado computacional, flujos de trabajo de investigación reproducible y reutilización de modelos, y enseñanza. Datos de EMBL-EBI BioModels (CC0). Este es un repositorio de modelos computacionales / biología de sistemas, distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructura (PDB, AlphaFold), rutas y variantes (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

API de Ontología OLS

El Servicio de Búsqueda de Ontologías (OLS) de EMBL-EBI como una API — un punto de acceso único a más de 280 ontologías biomédicas y científicas y vocabularios controlados en un solo lugar: la Ontología Génica (GO), la Ontología de Enfermedades Humanas (DOID), la Ontología del Fenotipo Humano (HP), ChEBI (entidades químicas), Uberon (anatomía), la Ontología de Factores Experimentales (EFO), Mondo, NCIt y muchos más. /v1/search?q=diabetes busca términos en todas las ontologías (o restringe a una con ontology=doid), devolviendo la etiqueta de cada coincidencia, el id OBO (como DOID:9351 o GO:0008150), la ontología, el IRI y una definición breve. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 devuelve el detalle de un solo término: su etiqueta, definición, IRI, sinónimos y si está obsoleto. /v1/ontologies navega por las ontologías disponibles con su id, título, descripción y número de términos. Los ids OBO se ven como DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 o CHEBI:15377. Ideal para procesamiento de lenguaje natural biomédico, anotación y armonización de datos, autocompletado sobre terminología científica, y herramientas semánticas y de grafos de conocimiento. Datos de EMBL-EBI OLS (abierto). Esta es una búsqueda general de ontologías/vocabularios controlados que abarca muchos dominios — más amplia que un solo tesauro médico como MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Preguntas frecuentes

Respuestas rápidas sobre precios, cuotas e integración.

¿Cómo obtengo una clave API para API de BioSamples?
Regístrate gratis en oanor.com, genera una clave API desde el panel de desarrollador y llama a API de BioSamples con la cabecera x-oanor-key. No se necesita tarjeta de crédito para el plan gratuito.
¿Cuál es el límite de velocidad de API de BioSamples?
El plan gratuito permite 1 solicitud por segundo. Los planes de pago escalan hasta 50 solicitudes por segundo en el nivel Mega. Los límites rígidos devuelven HTTP 429 por encima de la cuota — sin cargos sorpresa por exceso.
¿Cuánto cuesta API de BioSamples?
API de BioSamples ofrece un plan gratuito con 100 llamadas / mes. Los planes de pago empiezan en €6.00 / mes con cuotas más altas y límites de tasa más rápidos.
¿Puedo cancelar mi suscripción en cualquier momento?
Sí. Los planes se facturan mensualmente y puedes cancelar en cualquier momento desde el panel de facturación. Sin contratos a largo plazo ni penalización por cancelación.
¿Cumple API de BioSamples con el RGPD?
Todas las solicitudes a API de BioSamples pasan por nuestra pasarela en la UE. Tu clave API upstream nunca sale de nuestro servidor y no se comparten datos personales con el proveedor upstream más allá de la solicitud enviada.

Elija un punto final de la lista de la izquierda para ver sus detalles y pruébelo.

Fragmentos de código

Regístrese para obtener una clave API, luego llame a cualquier ruta debajo de su slug.

curl https://api.oanor.com/biosamples-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/biosamples-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/biosamples-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/biosamples-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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