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API · /biostudies-api

API de BioStudies

saludable 3,872 Suscriptoras

BioStudies como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que contiene las descripciones de estudios biológicos y enlaza sus datos a través de los recursos de EBI, incluyendo imágenes (BioImage Archive), genómica funcional (ArrayExpress), proteómica y la literatura (Europe PMC). Cada estudio tiene un acceso, un título y resumen, la colección a la que pertenece y enlaces a sus datos subyacentes y publicaciones. /v1/search?query=covid busca en los estudios y devuelve el acceso de cada coincidencia (ej. S-EPMC8017430), título, autor, tipo de estudio, fecha de publicación y recuentos de enlaces/archivos. /v1/study?id=S-EPMC8017430 devuelve los metadatos de un estudio — su acceso, la colección a la que pertenece (como EuropePMC, ArrayExpress o BioImages), título, resumen, fecha de publicación, autores y el número de recursos enlazados. Los accesos tienen el formato S-EPMC8017430 o S-BSST123; obtenga uno del endpoint de búsqueda. Ideal para el descubrimiento de datos de investigación, vinculación de literatura con sus conjuntos de datos subyacentes, revisiones sistemáticas y herramientas de reproducibilidad. Datos de EMBL-EBI BioStudies (público). Este es un índice de metadatos de estudios y conjuntos de datos — distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructuras (PDB, EMDB), variantes (ClinVar) y ontologías.

#biostudies #research-data #embl-ebi #datasets #life-sciences #metadata #bioinformatics
api.oanor.com/biostudies-api
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Especificaciones legibles por máquina para que los agentes de IA puedan integrar este API.

/api/biostudies-api/openapi.json
/api/biostudies-api/llms.txt

Descubrimiento: GET /api/index.json enumera todos los API.

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saludable
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  • Límite máximo (429 por encima de la cuota, sin excedente)
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  • 35 req/seg
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Otros APIs con etiquetas superpuestas.

API de DataCite

DataCite como API: el registro global de DOIs (Identificadores de Objetos Digitales) para resultados de investigación. Mientras que Crossref registra DOIs para artículos de revistas, DataCite registra y describe DOIs para datos de investigación, software, muestras, disertaciones, preprints, modelos, imágenes y otros resultados, de repositorios como Zenodo, Dryad y miles de instituciones. /v1/search?query=climate realiza búsquedas de texto completo en el registro y se puede acotar por tipo de recurso (type=dataset, software, text, image, audiovisual, collection, model y más), devolviendo cada DOI con su título, tipo, creadores, editorial y año de publicación. /v1/doi?id=10.5281/zenodo.3509134 devuelve los metadatos completos de un solo DOI: título, tipo de recurso, creadores, editorial, año de publicación, descripción, materias, versión, licencia y fecha de registro. Los DOIs se ven como 10.5281/zenodo.3509134 (Zenodo) o 10.5061/dryad.xxxx (Dryad). Ideal para herramientas de descubrimiento y citación de datos de investigación, repositorios de datos y gestión de referencias, funciones de citación de software y flujos de trabajo de reproducibilidad. Los metadatos son CC0 de DataCite. Este es el registro de DOIs de datos de investigación y software, distinto del índice de DOIs de artículos de revistas (Crossref) y de servicios de preprints y acceso abierto.

api.oanor.com/datacite-api

API de BioSamples

BioSamples como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que almacena y vincula los metadatos de muestras biológicas, los especímenes físicos detrás de los experimentos biológicos. Una muestra en BioSamples lleva un acceso estable (como SAMEA3231268) y un rico conjunto de características — organismo, tejido o parte del organismo, tipo celular, sexo, enfermedad, etapa de desarrollo, cepa y cualquier atributo proporcionado por el remitente — y es referenciada por otros archivos de EBI, incluidos el Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA), ArrayExpress y PRIDE. /v1/search?q=liver busca muestras por texto libre y devuelve el acceso, nombre, organismo y fecha de publicación de cada coincidencia. /v1/sample?id=SAMEA3231268 devuelve los metadatos de una muestra — su acceso, nombre, ID de taxón de NCBI, organismo, fechas de publicación y actualización, el número de relaciones con otras muestras, y sus características aplanadas en un mapa limpio clave→valor. Los accesos tienen el formato SAMEA…, SAMN… o SAMD…; obtenga uno desde el endpoint de búsqueda. Ideal para integración de datos de ciencias de la vida, seguimiento de muestras, armonización de metadatos y vinculación de datos de secuenciación o expresión con su espécimen fuente. Datos de EMBL-EBI BioSamples (público). Este es un registro de metadatos de muestras biológicas — distinto de las bases de datos de estudios (BioStudies), secuencias (ENA), variantes (ClinVar) y estructuras.

api.oanor.com/biosamples-api

API de EMDB

El Banco de Datos de Microscopía Electrónica (EMDB) como API, impulsado por EMBL-EBI — el archivo público de mapas de densidad tridimensionales de microscopía electrónica de proteínas, ácidos nucleicos y grandes complejos macromoleculares. EMDB es la contraparte de microscopía electrónica del Protein Data Bank, que alberga mapas resueltos mediante criomicroscopía electrónica de partícula única, tomografía electrónica y cristalografía electrónica, la técnica detrás de la reciente "revolución de la resolución" en biología estructural. /v1/search?q=ribosoma busca en el archivo y devuelve el ID de EMDB de cada entrada coincidente (p. ej., EMD-1010), título, método de microscopía electrónica y resolución en ångström. /v1/entry?id=EMD-1010 devuelve los metadatos de una entrada: su título, el método de EM (partícula única, tomografía, …), el estado de agregación, la resolución, la muestra biológica estudiada, palabras clave de clasificación, las fechas de depósito, publicación del mapa y última actualización, y los autores depositantes. Los IDs de EMDB tienen el formato EMD-1010, y puede pasar solo el número. Ideal para herramientas de biología estructural y criomicroscopía electrónica, aplicaciones de comparación y visualización de estructuras, y educación. Datos de EMBL-EBI EMDB (dominio público). Este es el archivo de MAPAS experimentales de microscopía electrónica — distinto de las estructuras de coordenadas atómicas (PDB), estructuras predichas (AlphaFold) y bases de datos de secuencias de proteínas (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

API de BioModels

BioModels como API, impulsado por EMBL-EBI, el repositorio más grande del mundo de modelos matemáticos curados y publicados de sistemas biológicos. BioModels recopila modelos computacionales (principalmente en SBML, el Lenguaje de Marcado de Biología de Sistemas) de metabolismo, señalización celular, redes de regulación genética, ciclo celular, procesos de enfermedades y fisiología, cada uno vinculado a la publicación revisada por pares de la que proviene. /v1/search?query=glycolysis busca en el repositorio y devuelve el id de cada modelo coincidente (como BIOMD0000000012), nombre, formato, remitente y fechas de envío/modificación. /v1/model?id=BIOMD0000000012 devuelve los metadatos de un modelo: su nombre y descripción, el formato de codificación, el enfoque de modelado (por ejemplo, modelo de ecuaciones diferenciales ordinarias), el estado de curación, la publicación detrás de él (título, revista, año, autores) y los archivos del modelo. Los ids de los modelos se ven como BIOMD0000000012 para modelos curados o MODEL1234567890 para envíos no curados; obténgalos del endpoint de búsqueda. Ideal para herramientas de biología de sistemas y modelado computacional, flujos de trabajo de investigación reproducible y reutilización de modelos, y enseñanza. Datos de EMBL-EBI BioModels (CC0). Este es un repositorio de modelos computacionales / biología de sistemas, distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructura (PDB, AlphaFold), rutas y variantes (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

Preguntas frecuentes

Respuestas rápidas sobre precios, cuotas e integración.

¿Cómo obtengo una clave API para API de BioStudies?
Regístrate gratis en oanor.com, genera una clave API desde el panel de desarrollador y llama a API de BioStudies con la cabecera x-oanor-key. No se necesita tarjeta de crédito para el plan gratuito.
¿Cuál es el límite de velocidad de API de BioStudies?
El plan gratuito permite 1 solicitud por segundo. Los planes de pago escalan hasta 50 solicitudes por segundo en el nivel Mega. Los límites rígidos devuelven HTTP 429 por encima de la cuota — sin cargos sorpresa por exceso.
¿Cuánto cuesta API de BioStudies?
API de BioStudies ofrece un plan gratuito con 100 llamadas / mes. Los planes de pago empiezan en €6.00 / mes con cuotas más altas y límites de tasa más rápidos.
¿Puedo cancelar mi suscripción en cualquier momento?
Sí. Los planes se facturan mensualmente y puedes cancelar en cualquier momento desde el panel de facturación. Sin contratos a largo plazo ni penalización por cancelación.
¿Cumple API de BioStudies con el RGPD?
Todas las solicitudes a API de BioStudies pasan por nuestra pasarela en la UE. Tu clave API upstream nunca sale de nuestro servidor y no se comparten datos personales con el proveedor upstream más allá de la solicitud enviada.

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curl https://api.oanor.com/biostudies-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/biostudies-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/biostudies-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/biostudies-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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