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API · /ena-api

API ENA

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L'European Nucleotide Archive (ENA) en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — l'un des trois partenaires INSDC aux côtés de NCBI GenBank et DDBJ, et l'archive publique complète des données de séquences nucléotidiques mondiales. ENA contient des lectures de séquençage brutes, des génomes assemblés et annotés, des séquences individuelles, des échantillons biologiques et les études qui les sous-tendent, pour chaque domaine du vivant — la ressource fondamentale pour la génomique, la microbiologie, l'écologie, l'évolution et la recherche clinique. Cette API offre un flux de travail propre en trois étapes sur cette archive. D'abord, /v1/taxon résout un nom d'organisme (par exemple "Homo sapiens") en son identifiant taxonomique NCBI, nom scientifique, rang taxonomique et lignée complète — ou recherche un taxon directement par son identifiant. Ensuite, /v1/search interroge l'archive pour les enregistrements de ce taxon d'un type choisi : assemblages de génomes (avec nom d'assemblage, niveau et nombre de bases), runs de séquençage (avec plateforme, instrument et nombres de lectures), échantillons biologiques (avec date de collecte et pays), séquences annotées, expériences de lecture, analyses, séquences codantes et non codantes, et études — par défaut incluant tous les taxons descendants, ou restreint au taxon exact. Enfin, /v1/record retourne un résumé pour tout accession ENA — assemblages (GCA_…), études et projets (PRJ…), échantillons (SAM…/ERS…), runs de séquençage (ERR…/SRR…) et séquences — avec son titre, type de données, taxon, nom scientifique, nombre de bases et de séquences, et statut public. Idéal pour les pipelines bioinformatiques, la découverte de données génomiques, la récolte de métadonnées de séquençage, les outils de biodiversité et de métagénomique, et la reproductibilité de la recherche. Les identifiants de taxon ressemblent à 9606 (humain) ; les accessions comme GCA_000001405. Données provenant d'EMBL-EBI ENA, une archive INSDC, libre d'utilisation.

#ena #nucleotide #genomics #sequencing #bioinformatics #embl-ebi #insdc #life-sciences
api.oanor.com/ena-api
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/api/ena-api/openapi.json
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Autres APIs avec des balises qui se chevauchent.

API des assemblages de génomes

Assemblages de génomes de référence sous forme d'API — alimentée par NCBI Assembly, le registre des constructions de génomes pour les organismes de l'arbre de la vie. Recherchez des assemblages par organisme (ou texte libre) et consultez les métadonnées de tout assemblage : son accession (GCF_… RefSeq ou GCA_… GenBank), son nom (par exemple GRCh38.p14), l'organisme et l'identifiant taxonomique, le niveau d'assemblage (génome complet, chromosome, échafaudage ou contig), les statistiques de contiguïté (N50 des contigs et des échafaudages), la couverture de séquençage, la catégorie RefSeq, les noms UCSC et Ensembl, l'organisation soumettrice, la date de publication et les chemins de téléchargement FTP. Du génome de référence humain à tout microbe, plante ou animal séquencé, il transforme le registre des assemblages de génomes en une API propre de recherche et de récupération. Un registre d'assemblages de génomes — distinct des bases de données de séquences (ENA), d'annotation de génomes (Ensembl), de variants (ClinVar, dbVar) et d'expression génique (GEO). Données ouvertes de NCBI Assembly (domaine public).

api.oanor.com/genomes-api

API d'expression génique

Expériences de génomique fonctionnelle sous forme d'API — propulsée par NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), le plus grand référentiel public de données d'expression génique. GEO archive des séries d'expression et des ensembles de données organisés provenant d'expériences de puces à ADN et de séquençage à haut débit pour chaque organisme. Recherchez des expériences par mot-clé et éventuellement par organisme, et consultez toute série ou ensemble de données pour obtenir ses métadonnées : titre, résumé, type de test (profilage d'expression par puce ou par séquençage), organisme, nombre d'échantillons, plateforme et publication associée. Des études sur le stress des cellules β à la transcriptomique du cancer chez l'humain et la souris, il transforme l'archive GEO en une API simple de recherche et de récupération pour la transcriptomique, la bioinformatique et la découverte de données de recherche. Un référentiel de données d'expression génique / génomique fonctionnelle — distinct des bases de données de séquences (ENA), de variants (ClinVar, dbVar), de structures (PDB) et d'ontologies. Données ouvertes de NCBI GEO (domaine public).

api.oanor.com/geodatasets-api

API des Variants Structuraux

Variation structurelle génomique humaine sous forme d'API — alimentée par NCBI dbVar, l'archive des variants structuraux (SV) : variants du nombre de copies (CNV), grandes délétions, duplications, insertions, inversions et translocations, généralement de plus de 50 paires de bases. Il s'agit de la contrepartie structurelle des bases de données de variants nucléotidiques uniques : recherchez les variants structuraux chevauchant un gène (ou par texte libre) et obtenez pour chaque variant son accession dbVar, l'étude dont il provient, son type, les gènes qu'il chevauche, son placement génomique sur GRCh38 et sa signification clinique ; puis consultez n'importe quel variant pour obtenir l'enregistrement complet — placements sur les assemblages GRCh37 et GRCh38, type de variant, gènes, signification clinique, type d'étude, méthodes et comptages de variants. Des CNV de BRCA1 aux délétions du Cri-du-chat, c'est idéal pour la génomique, la cytogénétique, les maladies rares et la bioinformatique. Une ressource de variation structurelle / CNV — distincte de l'interprétation clinique des variants nucléotidiques uniques (ClinVar), des fréquences alléliques de population (gnomAD) et des associations de traits (GWAS). Données ouvertes de NCBI dbVar (domaine public).

api.oanor.com/dbvar-api

API Interactions Protéiques

Réseaux d'interactions protéine-protéine sous forme d'API — propulsé par STRING, la base de données d'associations protéiques connues et prédites qui combine des preuves issues d'expériences de laboratoire, de bases de données de voies organisées, de co-expression génique, de contexte génomique et de fouille de texte automatisée en un seul score de confiance, à travers des milliers d'organismes. Obtenez les principaux partenaires d'interaction d'une protéine (chacun avec le score de confiance combiné et les sept sous-scores des canaux de preuve), le réseau d'interaction entre n'importe quel ensemble de protéines sous forme d'arêtes notées, et l'enrichissement fonctionnel pour un ensemble de gènes — les termes GO sur-représentés, les voies KEGG, les domaines Pfam et plus encore, chacun avec sa valeur p, son FDR et ses gènes membres. Passez des symboles de gènes (TP53) ou des identifiants STRING/Ensembl, pour l'humain (par défaut) ou toute espèce par identifiant taxonomique NCBI. C'est une pierre angulaire de la biologie des systèmes — idéal pour l'analyse de réseaux, la génomique fonctionnelle, les voies et les outils bioinformatiques. Une ressource de réseau d'interactions protéiques — distincte des voies biologiques (Reactome), des complexes protéiques organisés (Complex Portal) et des annotations Gene Ontology (QuickGO). Données ouvertes de STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

Questions fréquentes

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Comment obtenir une clé API pour API ENA ?
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Quelle est la limite de débit de API ENA ?
Le forfait gratuit permet 1 requête par seconde. Les forfaits payants montent jusqu'à 50 requêtes par seconde sur le palier Mega. Les limites strictes renvoient HTTP 429 au-delà du quota — sans frais surprises.
Combien coûte API ENA ?
API ENA dispose d'un forfait gratuit avec 100 appels / mois. Les forfaits payants commencent à €9.00 / mois avec des quotas plus élevés et des limites de débit plus rapides.
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Oui. Les abonnements sont facturés mensuellement et tu peux résilier à tout moment depuis le tableau de bord de facturation. Aucun engagement à long terme ni frais de résiliation.
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Toutes les requêtes vers API ENA transitent par notre passerelle européenne. Ta clé API upstream ne quitte jamais notre serveur et aucune donnée personnelle n'est partagée avec le fournisseur upstream au-delà de la requête envoyée.

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curl https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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