Resolve an organism name to its NCBI taxon id
API · /ena-api
API de ENA
El Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA) como API, impulsado por EMBL-EBI — uno de los tres socios de INSDC junto con NCBI GenBank y DDBJ, y el archivo público integral de los datos de secuencias de nucleótidos del mundo. ENA contiene lecturas de secuenciación sin procesar, genomas ensamblados y anotados, secuencias individuales, muestras biológicas y los estudios detrás de ellos, para cada dominio de la vida — el recurso fundamental para genómica, microbiología, ecología, evolución e investigación clínica. Esta API proporciona un flujo de trabajo limpio de tres pasos sobre ese archivo. Primero, /v1/taxon resuelve un nombre de organismo (por ejemplo, "Homo sapiens") a su ID de taxón de NCBI, nombre científico, rango taxonómico y linaje completo — o busca un taxón directamente por ID. Luego, /v1/search consulta el archivo para los registros de ese taxón de un tipo elegido: ensamblajes de genoma (con nombre de ensamblaje, nivel y recuento de bases), ejecuciones de secuenciación (con plataforma, instrumento y recuentos de lecturas), muestras biológicas (con fecha de recolección y país), secuencias anotadas, experimentos de lectura, análisis, secuencias codificantes y no codificantes, y estudios — por defecto incluyendo todos los taxones descendientes, o restringido al taxón exacto. Finalmente, /v1/record devuelve un resumen para cualquier acceso de ENA — ensamblajes (GCA_…), estudios y proyectos (PRJ…), muestras (SAM…/ERS…), ejecuciones de secuenciación (ERR…/SRR…) y secuencias — con su título, tipo de datos, taxón, nombre científico, recuentos de bases y secuencias y estado público. Ideal para pipelines bioinformáticos, descubrimiento de datos genómicos, recolección de metadatos de secuenciación, herramientas de biodiversidad y metagenómica, y reproducibilidad de la investigación. Los IDs de taxón se ven como 9606 (humano); los accesos como GCA_000001405. Datos de EMBL-EBI ENA, un archivo de INSDC, de uso gratuito.
salud API
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Relacionado APIs
Otros APIs con etiquetas superpuestas.
API de Ensamblajes Genómicos
Ensamblajes genómicos de referencia como una API — impulsada por NCBI Assembly, el registro de construcciones genómicas para organismos en todo el árbol de la vida. Busque ensamblajes por organismo (o texto libre) y consulte los metadatos de cualquier ensamblaje: su acceso (GCF_… RefSeq o GCA_… GenBank), nombre (ej. GRCh38.p14), organismo e ID de taxón, nivel de ensamblaje (genoma completo, cromosoma, andamio o contig), estadísticas de contigüidad (N50 de contig y andamio), cobertura de secuenciación, categoría RefSeq, nombres UCSC y Ensembl, la organización que lo envió, fecha de publicación y rutas de descarga FTP. Desde el genoma de referencia humano hasta cualquier microbio, planta o animal secuenciado, convierte el registro de ensamblajes genómicos en una API limpia de búsqueda y obtención. Un registro de ensamblajes genómicos — distinto de las bases de datos de secuencias (ENA), anotación genómica (Ensembl), variantes (ClinVar, dbVar) y expresión génica (GEO). Datos abiertos de NCBI Assembly (dominio público).
api.oanor.com/genomes-api
API de Expresión Génica
Experimentos de genómica funcional como una API — impulsada por NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), el repositorio público más grande de datos de expresión génica. GEO archiva series de expresión y conjuntos de datos curados de experimentos de microarreglos y secuenciación de alto rendimiento en todos los organismos. Busque experimentos por palabra clave y opcionalmente por organismo, y consulte cualquier serie o conjunto de datos para obtener sus metadatos: título, resumen, tipo de ensayo (perfil de expresión por microarreglo o por secuenciación), organismo, número de muestras, plataforma y la publicación detrás de él. Desde estudios de estrés de células β hasta transcriptómica del cáncer en humanos y ratones, convierte el archivo GEO en una API simple de búsqueda y obtención para transcriptómica, bioinformática y descubrimiento de datos de investigación. Un repositorio de conjuntos de datos de expresión génica / genómica funcional — distinto de las bases de datos de secuencia (ENA), variantes (ClinVar, dbVar), estructura (PDB) y ontología. Datos abiertos de NCBI GEO (dominio público).
api.oanor.com/geodatasets-api
API de Variantes Estructurales
Variación estructural genómica humana como una API — impulsada por NCBI dbVar, el archivo de variantes estructurales (SV): variantes de número de copia (CNV), deleciones grandes, duplicaciones, inserciones, inversiones y translocaciones, típicamente mayores de 50 pares de bases. Este es el equivalente estructural de las bases de datos de variantes de un solo nucleótido: busque variantes estructurales que se superpongan con un gen (o por texto libre) y obtenga el acceso dbVar de cada variante, el estudio del que proviene, su tipo, los genes que superpone, su ubicación genómica en GRCh38 y su significado clínico; luego consulte cualquier variante para obtener el registro completo: ubicaciones en ambos ensamblajes GRCh37 y GRCh38, tipo de variante, genes, significado clínico, tipo de estudio, métodos y recuentos de variantes. Desde CNV de BRCA1 hasta deleciones de Cri-du-chat, es ideal para trabajos de genómica, citogenética, enfermedades raras y bioinformática. Un recurso de variación estructural / CNV — distinto de la interpretación de variantes de un solo nucleótido clínica (ClinVar), frecuencias alélicas poblacionales (gnomAD) y asociaciones de rasgos (GWAS). Datos abiertos de NCBI dbVar (dominio público).
api.oanor.com/dbvar-api
API de Interacciones de Proteínas
Redes de interacción proteína-proteína como una API — impulsada por STRING, la base de datos de asociaciones de proteínas conocidas y predichas que combina evidencia de experimentos de laboratorio, bases de datos de rutas curadas, coexpresión génica, contexto genómico y minería de texto automatizada en una sola puntuación de confianza, en miles de organismos. Obtenga los principales socios de interacción de una proteína (cada uno con la puntuación de confianza combinada y las siete subpuntuaciones de canales de evidencia), la red de interacción entre cualquier conjunto de proteínas como aristas puntuadas y el enriquecimiento funcional para un conjunto de genes: los términos GO sobrerrepresentados, las rutas KEGG, los dominios Pfam y más, cada uno con su valor p, FDR y genes miembros. Pase símbolos de genes (TP53) o identificadores STRING/Ensembl, para humanos (por defecto) o cualquier especie por ID de taxón NCBI. Es una piedra angular de la biología de sistemas — ideal para análisis de redes, genómica funcional, rutas y herramientas de bioinformática. Un recurso de redes de interacción de proteínas — distinto de las rutas biológicas (Reactome), los complejos proteicos curados (Complex Portal) y las anotaciones de ontología génica (QuickGO). Datos abiertos de STRING (CC BY 4.0).
api.oanor.com/stringdb-api
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curl https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH \
-H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH", {
headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
"https://api.oanor.com/ena-api/SOME_PATH",
headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())
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